Seria Fire Red/Leaf Green jest kontynuacją przygód Reda, Greena oraz Blue. Cała trójka przybywa na archipelag Wysp Sevii. Blue ma na celu spotkanie swoich prawdziwych rodziców, których najpierw musi uratować z rąk trio Zespołu Rocket. Trzy Bestie nie oszczędziły również rodziny Greena, który jest zmuszony uwolnić porwanego profesora Oaka. Red z kolei zmaga się z faktem, że nie jest już posiadaczem Pokedexa oraz musi ponownie stawić czoło Giovanniemu.
Japońska nazwa:脱出!! Escape!!
Historia rozpoczyna się wiele lat przed zdarzeniem „Terroru Zamaskowanego Mężczyzny” w Kanto i Johto. Ciemną nocą z
placówki owego Zamaskowanego Mężczyzny, planuje wprowadzić w życie plan ucieczki dwójka zamaskowanych bohaterów. W trakcie ucieczki przed światłami lamp, ukrywają się w krzakach. Postanawiają zdjąć maski, by poznać swoje twarze. Jednym z nich okazuje się mały Silver a druga to… mała Blue. Towarzyszą im Sneasel i Jigglypuff.Silver wspomnieniami opowiada przystąpienie a raczej zaciągnięcie do grupy. Zostali zabrani do regionu Hoenn, gdy byli mali. W placówce dołączyli do innej czwórki. Podzielono ich na trzy zespoły, chłopak i dziewczyna. Byli uczniami, nazywanymi „Zamaskowanymi Dziećmi”, jednak to nie przysłoniło pragnienia wolności Silver i Blue.
Bohaterowie wedle planu Blue udają się sekretnym włazem do podziemia placówki, kontynuując ucieczk
ę. Niestety zostają szybko zauważeni przez pozostałe zamaskowane dzieci. Ukrywając swoje twarze, zarazem unikając ataków Natu, Meowth, Eevee i Houndour, Blue aktywuje gaśnice dymną, zyskując cenne chwile. Pozostała czwóra kontynuuje pościg mimo zasłony dymnej, natrafiając na ślepy zaułek. Zaskoczeni zawracają, szukając innej drogi. Jak się okazało to napowietrzony Jigglypuff. Idąc dalej natrafiają na lodową statuę, obrazującą całą ich grupę wraz z Zamaskowanym Mężczyzną. Okazuje się, że to pokój owego mężczyzny. Silver coraz bardziej czuje się przerażony, jednak Blue uspokaja go, informując, że dzisiejszego dnia nie będzie miał sił się ruszyć.
Silver wspomina historie Zamaskowanego Mężczyzny. Pragnął on podróżować w czasie. Podczas pełni, przy małej kapliczce w lesie Ilex próbował złapać Celebi „Pokemona Czasu”, jednak został dotkliwie zraniony i raz na kilka miesięcy staje się bardzo słaby. Blue nie mogąc się powstrzymać, bierze na pamiątkę dwa różne pióra, po czym trzymając Silvera za rękę, wybiegają na „wolność”.
Tym czasem w pokoju „Zamaskowanego Mężczyzny” osobnik poruszający się na wózku, dowiedziawszy się o ucieczce, nieprzerwanie kończył swoje dzieło z lodu. Rozmyślając, odwrócił się od nowej statuy, która ukazywała cała grupę bez masek, z uśmiechami i radością na twarzy.
Teraźniejszość.
Silver siedząc pod drzewem, prowadzi rozmowę wideo z Blue. Wspiera zdenerwowaną „siostrę”, która oczekuje na spotkanie z prawdziwymi rodzicami. W ramach tej okazji przesyła jej nowy strój. Zaś sam po zakończeniu rozmowy, udaje się w sobie znanym kierunku.
Ich rozmowa odbyła się 6 miesięcy po walce Kyogre z Groudonem.
Japońska nazwa: 姿なき攻撃者
Region Kanto, miasto Pallet. Grupka dzieci próbuje złapać trującego Pokemona Nidorino, jednak kolejne próby rzucania w niego Pokeballem nie odnoszą rezultatów. Kolejny śmiałek rzuca przedmiotem w stworka, ponownie nie przynosi to rezultatu. Podchodzi do nich pewien młodzieniec, wskazując na pasek jednego z nich. Zachęca go do wykorzystania, posiadanego już Pokemona Gengara. Dzieciak nie czekając ani chwili dłużej, wraz z Gengarem rzucają się w wir walki. Po małym dopingu słownym, nieznajomi zostają rozpoznani przez dziewczynkę.
To Red i Green, wraz z Venusaurem i Charizardem. Wrócili oni w rodzinne strony na prośbę Prof. Oaka. Scenka dzieci łapiących Nidorino, przywołała wspomnienia początków naszych bohaterów, z przed dnia dostania Pekedexów. Gr
een nadal lubi dogryzać Redowi i robi to za każdym razem, jak nadarzy się okazja. Entuzjastycznie wchodzą do laboratorium, które okazuje się być puste. Zaskoczeni nie zastają profesora, natomiast zauważają trzy listy z Portu Vermilion oraz dyktafony, leżące na stole i zaadresowane do całej trójki. Już Red miał otworzyć kopertę, gdy doszły ich słuchy toczącej się bitwy. Wybiegli pośpiesznie przed laboratorium, zastając obraz atakowanych Venusaura i Charizarda przez niewidzialnego i bardzo szybkiego wroga. Ostatecznie udaje się go odstraszyć po przez ataki Pokemonów. Zdeterminowany Red postanawia odszukać Profesora, jednak zanim to zrobi, Green zachęca go do odsłuchania wiadomości. Wiadomość ta wprawi bohaterów w osłupienie. Nadawca ma zamiar odebrać bohaterom ich Pokedexy.
Japońska nazwa: 飲み込む闇
W porcie miasta Vermilion czeka już Blue. Zaczepia ją marynarz, informując, że przyszła za wcześnie. Historią o spotkaniu z rodzicami, udaje jej się zdobyć pozwolenie wejścia na pokład statku. Pokazuje swój Tri-Pass i za pomocą wodnej armaty Blasty dostaje się na statek. Zostaje też przez owego marynarza rozpoznana. Zadowolona postanawia zwiedzić statek, wraz z całą swoją drużyną. Przyjemną atmosferę przerywa dziwne zachowanie Ditty, poprzedzające atak nieznanej siły.
W tym czasie do miasta dolatują Green i Red. Wyskakują na
ląd, tuż przed statkiem, strasząc marynarza. Pospiesznie wpycha zaskoczonych trenerów na pokład, informując o obecności Blue, na dodatek żartując z ich spóźnialstwa. Po szybkim potwierdzeniu danych, marynarz a zarazem kapitan statku „Morski Galop”, odbija i kieruje się w stronę pierwszej z siedmiu wysp należących do Archipelagi Wysp Sevii.
W innej części pokładu Blue stara się, odkryć tożsamość przeciwnika za pomocą Goglom Silph. Jej drużyna dzielnie walczy, dając czas swojej trenerce na zidentyfikowanie wroga. Okazuje się, że to Deoxys. Zauważa on poczynania Blue, chwytając za szyję a zarazem niszcząc gogle. Na jej oczach zostają one wchłonięte przez ciemność.
Green i Red zam
yśleni siedząc na kanapach, zastanawiając się nad sensem ich wyprawy. Wtem Pika samowolnie wyskakuje z Pokeballa, radośnie pędząc do pobliskiego przejścia. Zatrzymuje się, chwytając nogawkę spodni nieznajomego mężczyzny. To Bill i Farfetch’d. Na statku znalazł się w służbowej sprawie. Opowiada o problemach sieciowych na wyspie pierwszej i swoim przyjacielu, który jak na zawołanie dzwoni do niego. Cala rozmowa schodzi z czasem dopłynięcia na ową wyspę. Blue nadal zmaga się z Deoxysem na tyłach statku. Mimo zaciśniętej szyi stara się wezwać pomoc, niestety zostaje zauważona przez swoich rodziców na lądzie. Szczęśliwi wbiegają na pokład, biegnąc w jej kierunku. W myślach Blue krzyczy by się nie zbliżali. Dziwnie zachowującą się dziewczynę spostrzega Red z górnego pokładu. Czym prędzej zeskakuje do niej z Greenem, niestety za późno. Tuż przed przerażoną Blue, ciemność pochłania jej rodziców.
Japońska nazwa: シルフスコープの中に Within the Silph Scope
Załamana i zdruzgotana ponownym rozdzieleniem z rodzicami Blue wypada za burtę, tracąc przytomność. Błyskawicznie reaguje Red, wypuszczając Poli. Ten łapie dziewczynę i bezpiecznie ląduje na ziemi. Trener zbiega wraz z Billem, natomiast Green i Scizor zaczęli atakować niewidzialnego wroga. Bez skutku. Chłopaki postanawiają, czym prędzej zabrać Blue do szpitala. W cieniu wyjawia się tajemnicza postać, przyglądająca się całemu zdarzeniu.
Dzięki pomocy Celio, przyjaciela Billa, szybko trafiają do PokeCenter. Chłopaki czytając pamiętnik, dowiadują się, że Blue pojawiła się u profesora przed nimi i osobiście oddała mu Pokedexa. Tak samo jak oni, została zaatakowana przez tajemniczą siłę. Green oddaje pamiętnik Billowi, wyciągając z kieszeni 
część gogli. Odtwarzają ostatnie nagranie, poznając tożsamość przeciwnika. Roznosi on drużynę Blue nieznanymi atakami i niezwykłą szybkością. Niestety, żaden z nich go nie zna. Zdeterminowani trenerzy postanawiają znaleźć stwora i go przyprowadzić, wiedząc jednocześnie, że muszą szybko podnieść swoje umiejętności, by nie powtórzyć sytuacji z Pallet. Kierując się w stronę statku, Bill przekonuje, że nie zna nikogo silniejszego niż Red i Green, i nie jest pewny czy ktoś taki się znajdzie. Przerywa im staruszka, która wspomina znaczenie pierwszej wyspy. Nosi ona nazwę „Wyspy Splecionych ze sobą Przeznaczeń”. Z zachwytem, wymachując swoim berłem, mianuje trenerów następcami jej „niesamowitych zdolności”.
Japońska nazwa: ２の島のキワメ婆 Old Kiwame of Two Island
Starsza pani minuje Reda i Greena swoimi następcami, co wprawia ich w niemałe osłupienie. Green, jak zwykle rzeczowy, „uprzejmie” odmawia, wyprowadzając staruszkę z równowagi. Zezłoszczona, wykonuje zamach berłem, wyrzucając w ich kierunku dwie bransoletki. Nie umknęło to uwadze trenerom. Wezwani Venusaur i Charizard odbijają przedmioty do góry, które ku zaskoczeniu chłopaków i tak lądują na ich nadgarstkach. W miejscu złączenia, pojawił się znak liścia i ognia. Zły Green, rzuca się z pięścią na starszą panią a ta jak niby nigdy nic, powstrzymuje atak, przyzywając swoich podopiecznych. U jej boku pojawiają się Meganium i Typhlosion, chwilę później pokazując potężną siłę połączonych ultra ataków. Miny niedowierzania malują się na twarzy trenerów jak i Pokemonów, gdy spostrzegają ogromną wyrwę w kadłubie statku i głęboki rów zrobiony pomiędzy nimi.
Kapitan statku chcą się przygotować do kolejnej podróży, zauważa pokaźna dziurę. Od razu daje reprymendę s
taruszce, nazywając ja Kimberly. Billowi to imię przypomniało legendę, którą usłyszał będąc małym. Mówiła o pewnej kobiecie, będącej strażniczką przepotężnych Pokemonich zdolności i miała na imię… Kimberly. Mimo wszystko Green, nadal nie ufał kobitce, uważając, że to strata czasu. Już mieli się oddalić, jednak bransoletki, przyciągnęły ich do staruszki. Ostatecznie Red prosił starszą babcię, by nauczyła ich zdolności, których strzeże przez tyle lat.
Statkiem ruszają w kierunku drugiej wyspy. Green szczypcami Sizora próbuje przeciąć bransoletkę, jednak nie przynosi to rezultatów. Podczas rozmowy z Redem, stara się zrozumieć postępowanie przyjaciela, informując, że nie do końca jej ufa, bo ona sama może
być właścicielką Pokemona odpowiedzialnego za ataki. Tuż po zejściu na ląd, z plecaka Reda odkleja się Ditty.
Staruszka prowadzi trenerów do swojego domu na górze, do którego prowadzą schody oraz 3km korytarz. Tuż nad wejściem widniała tabliczka „ścieżka skoków”, do którego chętnie zaprosiła trenerów. Każe im skakać do przodu, przeskakując przez linę zrobioną pnączem Venusaura. Ma to na celu zwiększyć kondycje dolnej części ciała. Zadowolona opuszcza korytarz, doglądając poczynania chłopaków na zewnątrz. Green i Red ponownie ukazują siłę determinacji, jak i odmienność zdań. Tym razem Red dostosowuje się do poleceń kumpla, dzięki czemu szybko kończą 1 km odcinek. Drugim korytarzem okazuje się być „ścieżka chwytu”. Trenerzy dosiadając Dodrio, muszą złapać wszystkie spadające jagody, tak by żaden nie dotknął ziemi. I tu Green wykazuje się większą sprawnością. Ostatnim korytarzem okazuje się „ścieżka walki”, gdzie przeciwnikami będą oni sami, przeciwko sobie. Staruszka wspomina również, iż zdolności, może nauczyć tylko jednego z nich.
Japońska nazwa: 戦ノ道 The Battle Path
Zaskoczeni wiadomością Red i Green, zostają wepchnięci do korytarza. Rozdziela ich niski zagroda. Kimberly pospiesznie tłumaczy zasady pojedynku. Trenerzy będą 
walczyć przeciwko sobie, 2 na 2 z możliwością wycofania Pokemona w dowolnej chwili. Żeby nie było łatwo, podłoga porusza się zależnie od walki. Trafienie porusza podłogę do przodu a oberwanie powoduje cofnięcie się. Ten, kto pierwszy dobiegnie do końca korytarza, wygrywa.
Nie czekając trenerzy rozpoczęli pojedynek. R
ed przywołał Gyare i Laxa, natomiast Green Golducka i Porygona 2. Chłopaki rozważają pójścia na łatwiznę, jednak żadnemu takie rozwiązanie nie podchodzi. Oboje póki mają siebie za przeciwnika, chcą pójść na całość i nie przegrać. W trakcie rozmowy Poki Greena wykonują pierwsze ataki. Rozpoczyna się wymiana ciosów, niestety uderzenia Golducka i Porygona 2, zadane podczas rozmowy, powodują, że Red się cofa. Pojmując pracę podłogi, wpada na nową strategię.
Prowokuje Greena do ruchu, używając Hiper Promienia w Golducka. Ten na rozkaz, zakopuje się, czekając na wykonanie kontrataku. Nie umyka to uwadze Reda. Trzęsieniem Ziemi Laxa, zadaje obrażenia zarówno na powierzchni i zakopanemu Pokemonowi. W efekcie Green zostaje nieco w tyle z uradowanym przeciwnikiem. Mimo pochwały, Gyara odczuwa efekt uboczny pierwszego ataku Porygona 2. Paraliż to coś, na co czekał rywal. Wspominając poprzednie starcie w ubiegłej Lidze Pokemon, nasyła na zaskoczonego Reda nowa parę, Scizora i niesionego przez niego Machampa.
Japońska nazwa: 発動 究極技 Activate: The Ultimate Move
Machamp niesiony przez Sizora, zostaje spuszczony na biegnącego przodem Laxa. Sprawnie chwyta czterema kończynami, wykonując na polecenie Rzut Sejsmiczny. Lax szybko się podnosi, kontratakując, niestety zostaje on pozbawiony przytomności Niskim Kopem. Kimberly lecą na Dragonite obok korytarza, dogląda w okienkach trenerów, chwaląc Greena. Już rywal Reda ruszył z Scizorem na sparaliżowanego Gyara, gdy ten wycofał obojga, przyzywając kolejna parę.Od razu po wyjściu z Pokeballa, Areo zderzył się głową z Scizorem, przyduszając Smoczym Szponem, co zmusiło Greena do przywołania Pokemona. Pika w tym czasie na polecenie Reda, zaatakował elektrycznością biegnącego Machampa. A raczej próbował, bo w ostatniej chwili piorun zamiast w siłacza, powędrował do rogu Rhydona. Umiejętność Piorunochronu, postawiła Reda w trudnej sytuacji. Wtem Green
przypomniał rywalowi, że nie liczba posiadanych Pokemonów jest tu ważna, a kto pierwszy przybiegnie na metę, chwaląc się, że to jego zwycięstwo. Sprowokowany trener nakazał swemu elektrycznemu przyjacielowi skoczyć na dach, po czym z całej siły utworzonej z wykonywanych obrotów, uderzył w głowę Machampa Żelaznym Ogonem. Nie powstrzymało to Greena. Zarówno on jak i Red równocześnie dużym susem stanęli na krawędzi podestu, prowadząc do remisu.Zdyszani, padli na kolana, wołając staruszkę. Nie słysząc odpowiedzi, weszli do kolejnego pomieszczenia. Ukazał im się cień zdarzenia, które działo się za ich plecami. Tajemniczy Pokemon trzymał macką staruszkę za szyję, następnie chwytając trenerów za ramię. W tym samym momencie bransoletki zaczęły mienić się światłem, na które zaś reagowały Saur i Charizard. Nie czekając trenerzy polecili wykonanie nowych ataków, „Podmuchu Ognia” i „Rozszalałej Rośliny”.
Japońska nazwa: 動き始める首領 The Boss Gets Off
W trakcie treningu Reda i Greena, na trzeciej wyspie zwanej „Wyspą Pokrewną” miała zdarzenie inna historia. Poznajemy gang motocyklowy, który postanawia teren ten skołować na swoja bazę. Zauważając las jagodowy, ruszają z zamiarem zawłaszczenia i zniszczenia. Na ich drodze, przez przypadek, wyskoczył Dunsparce a zaraz za nim mała dziewczynka. W ostatniej chwili zatrzymali się, od razu zastraszając biedną ofiarę. Nie spodziewali się oni cichego przybysza, który w mgnieniu oka pojawił się za nimi. Sprawnym ruchem swoich macek, rozniósł cały gang na łopatki.
W tym czasie, na pierwszej wyspie, Bill pomaga przy naprawie sieci. Martwi się o trening Reda i Greena, dogląda również nadal nie przytomną Blue. Myślami wraca do momentu rozstania z trenerami przed treningiem. Obiecuje opiekę nad Blue, dopytując ich o informacje na dyktafonach. Cała trójka zastanawia się, co może być nagrane na dyktafonie Blue, skoro ona sama wcześniej spotkała Profesora i oddała Pokedex. Red postanawia nie odtwarzać treści, mimo że, może ona zawierać jakieś cenne informacje. To zadanie pozostawia Blue. Zawołany przez przyjaciela, wraca do pracy, dowiadując się, że ich system jest atakowany przez jakąś energie z zewnątrz.
Akcja wraca na trzecią wyspę, gdzie nieznany Pokemon triumfuje nad pokonanym gangiem. Już miał udusić przywódcę gangu, gdy ten odrzucił go, znikając. Przerażony motocyklista zauważa cień za sobą. Błagaj
ąc o litość, odwraca się w stronę przybyłej osoby. Okazuje się nim Giovanni, który dumnie mówi o tajemniczym Pokemonie, nazywając go Deoxys.
Japońska nazwa: 伝承 草と炎 Legend Grass and Fire
Akcja rozgrywa się na treningu Reda i Greena. Zaatakowani przez Deoxysa, aktywują przepotężne zdolności Saura i Charizarda, niestety podczas ataku Pokemony straciły panowanie nad siłą ataku a wróg uniknął ciosów. Trenerzy mimo wszystko postanawiają ponownie atakować, jednak nie są w stanie tego zrobić. Ataki nadwyrężyły Pokemony. Green zauważa, że ataki chybiły, przez co nie są godni poznania nowych umiejętności. Staruszka stojąc obok Deoxysa, wyprowadza ich z błędu, chwaląc za i tak dobrze przeprowadzony atak. Zapewnia również, że i celności są w stanie wyćwiczyć z czasem. Green nie wytrzymuje, z wyrzutami krzycząc na nią, oskarża o kłamstwa i współprace z tym „czymś”. Kimberly rozczarowana zachowaniem trenera, berłem wskazuje na Pokemona, zakazując im mrugać. To, co zobaczą, zaskoczy ich. Okazało się, że stwór to przemieniony Ditto, Blue. Przybył on na wyspę, jako element plecaka Reda i szybko zaprzyjaźnił się ze staruszką. Ponieważ trenerzy sami aktywowali umiejętności z bransolet, Kimberly postanawia zrezygnować z dalszych nauk, zdejmując bransolety z nadgarstków. Na pożegnanie, informuje o przeżyciach, jakich świadkami był Ditto. Porównuje też siłę stwora oraz umiejętności, jakich strzegła, motywując swoich następców do użycia ich w walce i zwycięstwie, aby m
ogła nosić głowę dumnie wysoko. Red zmusza Greena do ukłonu, dziękując staruszce za nauki, jakie im podarowała.Zmotywowani do dalszego doskonalenia, mimo braku informacji o tych atakach z Dexa, trenerzy opuszczają korytarz. Po drodze Green prosi Ditto, by ponownie przybrał formę poszukiwanego stwora. Pokazuje zaskoczonemu Redowi obraz z gogli, uświadamiając, że Pokemon, którego widzą przed sobą a ten z urządzenia są podobne, ale nieco się od siebie różnią. Czy to oznacza ich większą ilość a może ma zmienne formy, zależne od sytuacji na polu walki? Uświadamiają sobie, że póki nie poznają jego natury, nie mają z nim szans, mimo nowych umiejętności. Wtem Red odbiera telefon od Billa, w którym dowiadują się o przesyłce od niego, czekającą w Poke Centrum. Mają się udać, czym prędzej na czwartą wyspę.
Bill pośpiesznie tłumaczy chłopakom, co się stało podczas ich treningu. Dowiadują się o obecności poszukiwanego Pokemona na wyspie trzeciej oraz sposobu odbioru tęczowej przepustki, umożliwiającej podróż na wyspę czwartą. Rozmowę kończy dodając miejsce spotkania. Okazuje się nią jaskinia lodowego wodospadu, do której to trenerzy przybywają. Wędrując w głąb, mijają liczne grupki odpoczywających lodowych Pokemonów. Uwagę przykuło stopniowe błyszczenie na jednej ze skałek lodowych. Znaleźli tam dziwne urządzenia, które po wzięciu do ręki, wyemitowały wiązkę światła. Wskazały one stojącego nad nimi Exeggutora. Green bez zbędnej gatki, przywołuje Charizarda, serwując Podmuch Ognia. Ku zaskoczeniu, przed trawiastego Pokemona wyskakuje Bill i w ostatniej chwili Green powstrzymuje atak. Po krótkim powitaniu, Bill tłumaczy działanie swojego nowego wynalazku, wykrywacza wrogów. Niestety szybko zostaje uznany za nieprzydatny, gdyż wykrywa tylko ludzi a nie Pokemony. Widząc niezadowolenie na twarzach trenerów, dzieli się z nimi nowymi wieściami. Opowiada sytuację, jaka się zdarzyła na wyspie trzeciej. Dowiedział się tego od małej Lostelle, głównego świadka. Dowiadują się, że stwór ratuje dziewczynkę i rozpraw
ia się z gangsterami, co jest sporym zaskoczeniem dla wszystkich. Bill dodaje też, że zaraz po tym na miejscu pojawił się straszy pan. Pokazuje chłopakom rysunki świadka, które natychmiast rozpoznaje Red. Czyżby Zespół Rocket ponownie się zebrał? A ten stwór to ich nowy nabytek? A może jest dziki? Nowe pytania, jakie się pojawiły, jeszcze bardziej zezłościły Reda, który ponowni obiecuje zniweczyć ich niecne plany. W tym celu zostali wezwani właśnie na tą wyspę, gdyż, jak wspomina Bill, byli tu wiedzeni ludzie ubiorem przypominający Zespół Rocket. Przyznając użyteczność wynalazku przyjaciela, ruszają za nowo wyświetlonym strumieniem światła, wpadając w grupkę agresywnych Pokemonów. Już chcieli walczyć, gdy tuż obok Reda poleciała smuga lodowego ataku, zamrażająca agresorów. Usłyszawszy za sobą stukot obcasów, odwrócili się gwałtownie, zastając młoda damę w okularach wraz z uśmiechniętym zadziornie Cloysterem.
Japońska nazwa: 三獣士登場 Enter The Three Beasts
Ową damą, która przeprowadziła lodowy atak, okazuje się Lorelei z elitarnej czwórki. Red zaskoczony jej obecnością, wypytuje o przyczynę obecności na czwartej wyspie. Liderka wspomina owa wyspę za swój dom a dowiedziawszy się o działaniach pewnych ludzi, postanowiła tu posprzątać. W tym czasie Cloyster sparował atak, odmrożonych wcześniej Pokemonów. Ona sama zaś, nie spodziewała się ich obecności. Sprawnie podaje komendy swojemu podopiecznemu, pokonując trzech oprawców. Dopytuje się trenerów, czy to, co podsłuchała jest rzeczywiście prawdą. Niestety, nie otrzymuje żadnej odpowiedzi i wcale nie jest tym zdziwiona.Konwersacje przerywa nieznany głos. Red rozwala przy pomocy Saura skałę, za którą było słyc
hać przytłumiony głos. Przed nimi wyrósł olbrzymi robot z chwytaczami, zaś za sterami siedział jeden z członków Zespół Rocket. Niski chłopak w berecie, w mgnieniu oka chwyta zarówno Reda i Greena, jak i Lorelei, pokazując swoją bestialską stronę. Bez żadnych skrupułów, pozbywa się nieprzytomnej trójki Pokemonów, nazywając ich bezużytecznymi, zaraz potem tuląc swoje ukochane Forretressy. Mimo trudnych warunków, chłopaki nakazują Pokemonom użyć ultra ataków, które niestety ponownie nie dosięgają celu. Wtem w słuchawkach wroga, rozbrzmiało polecenie kolejnego członka zespołu. I nie był to ostatni. Z chmury dymu unoszącej się za r
obotem, wyłoniły się dwie kolejne sylwetki. Uprzejmie, przedstawiają się, jako elitarny oddział Zespołu Rocket, „Trzy Bestie” Sird, Orm, oraz ten, który ich schwytał Carr. Przypuszczenia stały się rzeczywistością. Wściekły Red wrzaskiem próbował wymusić na nich odpowiedz, bez skutku. Złość i frustracja, jaka w nim wzrosła, przebrała miarkę. Wyzwoliwszy się z uścisku, ruszył ślepo w kierunku złoczyńców, wpadając na wybuchającego Pokemona. W ostatniej chwili Lorelei za pomocą Slowkinga, wykonała tunel, pozwalając na ucieczkę z kurze dymu. Zmęczeni bohaterowie znajdują schronienie w małym pokoju, wypełnionym pluszakami, jak się okazało w domu liderki. Wiedząc, że jej dom mieści się niedaleko jaskini, zachęca innych do szybkiego opuszczenia go. Wtem pojawia się obraz transmisji telewizyjnej, ukazujący elitarny oddział. Ogłasza wszem i wobec niesienie zagłady wszystkim siedmiu wyspom. Postawiają jeden warunek. Jeśli mieszkańcy chcą powstrzymać fale zniszczeń, muszą oddać w ich ręce Reda, Greena i Blue.
Japońska nazwa: 全島攻撃 Attacking the Entire Island
Grupa bohaterów ukrywająca się w domu Lorelei, ogląda transmisje telewizyjną, w której to niedawno poznany, elitarny oddział Zespołu Rocket wyjawia niecne zamiary zniszczenia ostatnich trzech wysp archipelagu. Stawiają jeden warunek. Jeśli mieszkańcy chcą uratować swoje domy, muszą wydać im trójkę trenerów z Pallet Town, czyli Reda, Greena i Blue. Zaraz potem odczuli potężne trzęsienie ziemi. Z widniejącej niedaleko góry wyłoniła się owa wroga trójka. Zadowoleni obwieścili, kto zajmie się, jaką wyspą. Carr wziął wyspę piątą, Orm przygarną szóstą zaś ostatnią siódmą przejęła Sird. Oglądając przez okno oddalających się wrogów, Bill zaczął panikować, chcą dowiedzieć się, dlaczego chcą całej trójki. Gdyby tylko sami zainteresowani wiedzieli. Green przewidując dalsze konsekwencje, postanawia ich gonić. Dołącza się do niego Red, który mimo ciężkich obrażeni po wybuchu, próbuje ustać na nogach. Tylko, że jest ich dwójka. Naprzeciw wychodzi Lorelei proponując rozwiązanie problemu. Red ruszy na wyspę piątą, Green będzie walczył na szóstej, zaś ona zaopiekuje się siódmą. Trenerzy przytakują, ruszając pospiesznie na statek.Mimo późnej pory i dość nieprzyjemnej sytuacji trenerzy i liderka znajdują się na statku i pędzą 
w kierunku trzech ostatnich wysp. Tuż po pojawieniu się piątej wyspy na horyzoncie, Lorelei wskazuje kierunek Redowi, który od razu wzbija się na skrzydłach Aero w powietrze, zostawiając Greena i Lorelei wraz z Charizardem i Laprasem. Carr na swoim Steelixie, dotarł nad swoją obraną wyspę. Chwaląc sam siebie, rozkazuje stalowemu wężowi zaatakować Smoczym Oddechem. Niesie on zamęt, rozwalając dwa hotele i pamiątkowy filar. Jednak to dla niego za mało. Zachęca Forretressa do bezpośredniego ataku, nakazuje wbicie się do Centrum Pokemon z zamiarem Eksplozji. Tylko, że zamiast eksplozji, zauważył sam dym. Zaciekawiony spogląda przez wyrw w dachu i słupieje. Red zadowolony stoi nad nieprzytomnym Pokemonem, prowokując pewną siebie postawą ciała. Zezłoszczony Carr po krótkim wyrażeniu swoich myśli rozpoczyna atak. Steelix klinuje Reda w swojej paszczy, który szybko zostaje otwarty silnymi rękami Poli. Okazuje się, że eksplozje stłumiła jego zdolność a teraz pokaże mu swoje zdolności bojowe. Poli Ogłuszającym Ciosem, odpycha stalowego Pokemona poza budynek, co nie podoba się wrogowi. Kontratakuje Stalowym Ogonem. Mimo tego zostaje on sprawnie złapany i przerzucony. Skołowany Carr, leżąc obok nieprzytomnego, stalowego węża zostaje na koniec przyparty do muru, ostrym ogonem Pika. Red chwyta za kołnierz, bombardując członka Zespołu Rocket. Dowiaduje się, że mimo starań przeszkodzenia im, przyczynili się do rozwoju planu, który założył ich role, jako wabików na Deoxysa.
Przenosimy się na szóstą wyspę. Będący już na niej Orm, zmienił plażę w pobojowisko pokonanych śmiałków. Już miał zamiar suszyć dalej, gdy usł
yszał głos za sobą. To Green na swoim Goldacku, rozpoczyna atak Charizardem. Powoli opadający dym ukazał efekt. Małe żółwie uniknęły obrażeń, chowając się w swoje skorupy, na dodatek przeprowadzając kontratak. Zaskakująca ilość Pokemonów wyskoczyła z ziemi, wstrzykując Greenowi i jego podopiecznym toksynę. Orm chwali swoje Shuckle, wspominając o „rodzinie” trenera. Na przenośnym ekranie pokazuje uwięzionego i poturbowanego Prof. Oaka. Wracamy do Reda, który dowiaduje się, że Deoxys jest zainteresowany posiadaczami Pokedexa i pojawia się tam gdzie oni.
Japońska nazwa: 降り立つデオキシス Deoxys Gets Down
W Centrum Sieci Pokemon Celio udaje się znaleźć przyczynę awarii, jaką spowodował Zespół Rocket. A tym czasem Red chwytając Carra, chwilowo powstrzymuje dalsze niszczenie wyspy piątej. Zauważa też cierpiących ludzi na około. Próbując pomóc jednej z poszkodowanych mieszkanek, zostaje obrzucony kamieniami. Nadal wspiera go Bill, który przyleciał w między czasie. Mieszkańcy wymuszają pokazanie Pokedexa, którego red aktualnie nie posiada. Zrezygnowany odchodzi, nagle jednak przystaje, czując nie przyjemne dreszcze. Zrozumiał, był z Greenem i Blue przynęta na tego Pokemona. Deoxys objawił się przed Redem, pokazując również swoją umiejętność zmiany formy. Nie czekając Pika atakuje piorunem, zmuszając Legendarnego Pokemona do prezentacji kolejnej formy. Carr mimo związania pnączem Saura, uradowany cała sytuacją, czerpie z niej przyjemność. Red wraz z Pika i Aero, ponownie przeprowadzają atak. Macki Deoxysa chwytają ich w locie, drugie zaś przybierają kształt pięści, częstując Aero sowitym policzkiem. Trener upada, zaś Legendarny Pokemon, kończy dzieło, przebijając mackami skrzydła Areodactyla. Saur nie wiele myśląc, puszcza Carra, chwytając spadającego Aero, a Red przyzywa Laxa, szarżując ciałem we wroga. Nie widząc efektów przywołuje go z powrotem. Czując brak Pokedexa przy sobie, nadal stara się bacznie obserwować wroga i go analizować. Carr ku radości, podrzuca informacje o dwóch formach, Ofensywnej z ostrymi mackami oraz Defensywnej tzw. grubej. To, co przykuwa uwagę stojącego nieopodal Billa, jest czarny przedmiot trzymany przez członka Zespołu R. okazuje się nim ich w
ersja Pokedexa. Carr nie przejmując się atakiem mądrali, czmycha, kontynuując obserwację z ukrycia.Green na wyspie szóstej nadal walczy z Ormem. Zezłoszczony nakazuje Machampowi i Scizorowi usunąć Shuckle. Jeden z ataków musną wroga, który nadal lekceważąc trenera, pochwalił swoich podopiecznych. Głaskając po główkach, nagle poczuł ukłucie w dłoni, po czym z kilkoma podopiecznymi wyleciał w powietrze a to za sprawą wiertlorogu Rhydona. Okazuje się, że Greenowi udało się rozgryźć działanie manipulacyjne. Większość żółwich Pokemonów była dzika, a kontrole sprawował nad nimi wszystkimi tylko dzięki przywódcy a jak nie ma przywódcy to i nie ma przeciwników. Rhydon trzasnął o ziemię przywódczym Shucklem, rozpraszając tym samym pozostałe. Orm stracił przytomność, dając zwycięstwo Greenowi a tym samym możliwość znalezienia dziadka.
Na statku, kapitan przez lornetkę obserwuje rosnące zniszczenia na ostatnich trzech wyspach. Obserwacje przerywa mu sygnał telefonu. W słuchawce słyszy glos Kimberly. Prosi o przysługę transportu na wyspę pierwszą w trybie natychmiastowym. Otrzymując pozytywną odpowiedź, przygotowuje się do wyprawy, wracając wspomnieniami do ostatnich chwil z Rede
m i Greenem. Red prosi staruszkę, by ostatnią, przepotężną technikę „Hydro Działo” nauczyła Blue.
Red na grzbiecie Gyary przygotowuje się do kolejnego starcia. Ciemne chmury, które zaczęły zbierać się nad nimi, dały trenerowi możliwość przeprowadzenia potężnego ataku. Pika celnie trafił Grzmotem w kryształ na piersi Deoxysa, dając złudne nadzieje chwilowego zwycięstwa. Nadal uciekając Billowi, Carr informuje Reda o Regeneracji użytej przed chwila przez wroga. Pika mimo chęci nie może ponownie zaatakować, czując paraliż, narzucony umiejętnością Presji. To skreśliło szanse na dalszą walkę. Deoxys zaatakował najsilniejszym ciosem, pozwalając Carrowi zakończyć obserwacje.
Japońska nazwa: 敗れし者レッド A Broken Red
W ostatniej chwili Red uniknął większych obrażeń, dzięki poświęceniu ze strony całej swojej drużyny, która zasłoniła go swoim ciałem. Poparzeni i wycieńczeni poupadali na ziemie wraz z zdruzgotanym trenerem.Rozbłysk psychicznego ataku Deoxysa był widoczny nawet na siódmej wyspie, na której to swoją walkę prowadziła Lorelei. Przez nieuwagę o mało nie oberwała od pazurów Persiana, szybko kontratakując swoimi Slowking i Jynx, osłabiając Pokemony Sird. Ta mimo wszystko wyglądała na pewną siebie. Zadowolona poinformowała rywalkę o zastawionej pułapce. Zespół Rocket rozwiązał zagadkę klucza Tanoby, który to był ostatnim krokiem do odkrycia tajemnicy ukrytej w ruinach na całym archipelagu. Ze wszystkich wysp wyleciały czarne cienie, szybko pojawiając się nad zaskoczona elitarna trenerką. To cała zgraja Unown poturbowała Jynx i Slowkinga, nie zastraszając Lorelei. Swoim Cloysterem przeprowadziła skuteczny, igłowy atak
, niestety plan Sird, który miał na celu odwrócić jej uwagę, odniósł sukces. Zakamuflowany Starmie zaatakował, pozbawiając przytomności zarówno Cloystera, jak i Lorelei. Zwycięstwo należało do Sird. Zadowolona odeszła od pokonanej przeciwniczki, łącząc się przez mikrofon z szefem. Giovanni zadowolony z pracy swojej ekipy, daje Sird, przygotowane kamienie energetyczne. Nie zauważa ona dziwnej mgiełki, okalającej prawą nogę.
Tym czasem na pierwszej wyspie, zmęczona ucieczką Blue zostaje zaciągnięta przez mieszkańców do portu. Już mieli rzucić się na biedną trenerkę, ale widok pędzącego statku, odstrasza napastników. Stojąca na ma
szcie Kimberly, zrzuca trenerce linę, próbując wciągnąć ją na pokład. W ostatniej chwili, zostaje złapana za rękę prze mieszkańców. Z odsieczą przybywa Celio oraz wodny atak Kimberly, uwalniający Blue. Celio na pożegnanie, rzuca Blue jej pas z Pokallami. Z szóstej wyspy odlatuje Green, myślami zaprzątając sobie głowę. Zauważa Morskiego Galopa, kierującego się tak jak on na wyspę piątą. Mając zamiar wylądować, zostaje w ostatniej chwili poturbowany przez pędzącego Deoxysa. Pada z hukiem na pokład statku, zwracając uwagę reszty pasażerów. W całym zamieszaniu udaje mu się zobaczyć inną formę wrogiego Pokemona. Dopływających bohaterów wita Bill, pospieszając. Zaprowadza ich do Reda, który nadal nie podniósł się po przegranej walce.
Japońska nazwa: フォルムチェンジの秘密 The Secret of Forme Change
Nadeszła noc. Bohaterowie zebrani na około ogniska, w ciszy odsłuchiwali najnowsze wiadomości z archipelagu. Green upewnia się, czy dobrze usłyszał nowe informacje od Billa. Ich przeciwnik potrafi zmieniać formy i obecnie ma ich aż cztery.Tym czasem Sird i Carr, po udanym wykonaniu misji, wracają do swojej tajnej bazy. Po podaniu hasła, wchodzą do środka, przystępując do kolejnego zadania. Za pomocą Unown i dużego telebimu, obserwują ruch Deoxysa. Ląduje on na wyspie narodzin, zamykając się w czarnym trójkącie. Carr wnioskuje prawdopodobieństwo leczenia, po wykonaniu przez Pokemona swojego najsilniejszego ataku. Giovanni postanawia na chwilę wstrzymać ataki i zalecił dalszą obserwację. Carr siedząc wygodnie na swoj
ej sofie, zauważa wystający skrawek papieru. Chwyta go, bacznie mu się przyglądając. Skrawek papieru okazuje się być zdjęciem szefa za młodu oraz trzymanego w ramionach, rudowłosego dziecka. Okazuje się, iż to właśnie zaginiony syn Giovanniego.
Bill kontynuuje relację z akcji na wyspie piątej. Tuż po druzgocącej porażce, obecnością zaszczyciła ich Sird, obwieszczając porażkę Lorelei. Rzuca w kierunku Deoxysa dwa kamienie, wcześniej otrzymane przez szefa. Kamieniami okazują się Rubin i Szafir, sprawujące kontrole nad klimatem w regionie Hoenn, a teraz uaktywnia one czwartą a zarazem ostania formę Legendarnego Pokemona. Bill jak i dwójka członków Zespołu Rocket zastają 
świadkami narodzin formy szybkości. W nowej odsłonie Deoxys odlatuje z wyspy tak samo jak Zespół Rocket, który jak wcześniej wspomniał, wraca na siódmą wyspę. Wszyscy zebrani siedzą w milczeniu, rozmyślając nad tym, co usłyszeli. Green mimo złych wieści, próbuje zobaczyć sytuację z lepszej strony. Postanawia ruszyć o świcie na ostatnia wyspę w poszukiwaniu Lorelei i Deoxysa. Pomysłu nie popiera Red, nazywając przyjaciela naiwniakiem. Ten nie wytrzymuje. Miedzy przyjaciółmi dochodzi do ostrej wymiany zdań. Red odchodzi załamany, zostawiając zszokowanych towarzyszy. Jak na złość Carr i Sird nadal znajdują się na piątej wyspie.
Japońska nazwa: 所有者の資格 Holders’ Requirements
Rozdział rozpoczyna się rozważaniami Carra na temat plotki o zaginionym synu jego szefa. Rozumie, po co przywołuje do życia Deoxysa. Dzięki niemu zdoła odnaleźć syna. Wtem z bazy rusza Giovanni, na spotkanie z Legendarnym Pokemonem.Na wyspie piątek po kłótni z przyjaciółmi Red biegnie samotnie na plażę. Upada na kolana, nadal będąc przygniecionym porażką. Przeprasza swój team, który w walce odniósł ogromne obrażenia. Aero ma podziurawione skrzydła zaś pozostali są bardzo osłabieni. Red wziął w ramiona nieprzytomnego Pika, tuląc i przepraszając. Przylatuje do niego Blue. Nie pocieszając, ale dziękując z dotychczasowe działania na jej rzecz. Słowa przyjaciółki sprawiają, że niewielki uśmiech gości na twarzy Reda, jednak nadal nie przekonuje załamanego trenera do ponownej walki. Postanawia opuścić wyspy, nie widząc dalszego sensu przebywania tutaj, skoro nie ma Pokedexa przy sobie. Blue wyprowadza go z błędu przekazując prawdziwe intencje oddania Pokedexa profesorowi. Nie chodziło o to, że zwątpił w ich umiejętności, ale chciał zaktualizować je, stwarzając tzw. Narodowe Dexy. Bleu opowiada zaskoczonemu tre
nerowi, co się działo, gdy to ona, jako pierwsza spotkała się z profesorem. Na wieść o spotkaniu z rodzicami, otrzymuje od Prof. Oaka obydwie przepustki, z których sam korzystał, próbując złapać Moltresa. W zamian Blue pozostawia swój Pokedex. Szczęśliwa wybiega z laboratorium. Zaraz po tym profesor zostaje napadnięty przez znaną nam już postać, Orma. Związuje go i dobiera się do Pokedexa. Korzystając z nieuwagi wroga, doktorek włącza jeden z dyktafonów. Na szczęście na jej dyktafon nagrała się cała rozmowa Orma z profesorem, co potwierdza, że Dexy zostały skradzione. Nadal widząc niezdecydowanie na twarzy przyjaciela, tylko raz zachęca go do dalszej walki, pozostawiając mu czas do namysłu. Sama zaś rusza na trening z Kimberly, by zdobyć „Hydro Działo”, przepotężny, wodny atak. Odchodząc, uświadamia Reda, że walka z Deoxysem nie jest dla wysp tylko, dla wolności jej rodziców. Wypowiedz ta wprowadza trenera w osłupienie.
Giovanni przybywa na wyspę narodzin Deoxysa, który obecnie odpoczywa po walce z Redem. Zadowolony z tej chwili, postanawia zawładnąć nim i jego nadprzyrodzonymi mocami.
Japońska nazwa: 戦う訳 Reason to Fight
Giovanni nasyła na Deoxysa Aggrona. Atak nie odnosi skutku, gdyż Pokemon wykorzystał teleport by uniknąć ciosu. To nie zniechęciło szefa Zespołu R, do dalszych działań. Mimo iż trójkąt, w którym chowa się Deoxys regeneruje go i służy za tarczę, nie jest ona trwała. Wiedząc o tym szef postanawia go zmęczyć, używając sprawnego Beedrilla z umiejętnością zwinności. Zapędza Pokemona w kozi róg następnie szarżując „Łamaczem Murów” Aggrona. Trójkąt Deoxysa pęka, pozwalając Giovanniemu, złapać go w specjalny Pokeball. Akcja zakończona sukcesem. Deoxys jest oficjalnie przez niego nazwanym „Pokemonem DNA”. Oglądający to z bazy Sird i Carr, po chwilowym zachwycie, ruszają w fazę drugą swojego planu. Carr w biegu chowa pogięte zdjęcie do kieszeni.
Tym czasem Red trzymając nieprzytomnego Pika w rękach, spaceruje po wyspie piątej, zastanawiając się nad słowami Blue. Po drodze zachodzi do pozostałych kompanów. Widzi starania każdego z nich. Green obmyśla plan walki i jest jeszcze bardziej zdeterminowany, wiedząc o dziadku, Bill ze wszystkich sił stara się naprawić system a Blue walczy dla swoich rodziców. Zatem, dla kogo on walczy i dlaczego? Zadając sobie to pytanie dochodzi do skalistego wzgórza. Przytomny Pika słuch
a uważnie, nagle wyskakując z ramion trenera. Red uświadamia sobie, że poszukuje tylko wymówek, jednak nie potrafi powiedzieć przyjaciołom tego, co czuje. Spoglądając na Pokemona wyjawia mu to, co odczuł. Bał się wyjawić odczucia strachu i przeszywającego zimna, jakie doznał przed pojawieniem się Deoxysa twarzą w twarz. Razem również znaleźli powód walki. Pełni nowej wiary wracają do miasta, gdy nagle coś im staje na drodze. Przed nimi na gigantycznej łyżce leży nieprzytomna Lorelei, zaś w oddali widać zarysy znanej sylwetki. Kojarząc broń i słysząc słowa w myślach redowi udaje się ustalić przybysza. Jest nim Mewtwo, Genetyczny Pokemon stworzony przez Zespół R.
Japońska nazwa: ミュウツー参戦 Mewtwo Participates in the Battle
Zaskoczony obecnością zaginionego Pokemona, Red stara się dowiedzieć, czemu ów stwór uratował Lorelei i dlaczego w ogóle tu jest. Zanim jednak się dowie, oświeci go, iż Mewtwo rozumie jego mowę. Łyżką chwyta Pokeballe trenera, zapraszając go do wspólnej wali przeciwko Deoxys.Tym czasem w innej części wyspy Blue kończy trening, zdobywając przepotężny atak. Efekty przerosły same wyobrażenia Kimberly. W bardzo krótkim czasie dopracowała technikę, z którą chłopaki mieli nie lada problem. Wtem przybiega Green, prosząc Blue o pomoc przy statku, który to okazuje się być zaatakowany Unown. Maluchy oblepiły swoim ciałem śrubę statku, uniemożliwiając włączenie maszyny. Postanawiają wykorzystać nabyte ataki. Mimo wyćwiczonej
celności Blue ataki nie odnoszą skutku. z pomocą przychodzi Saur, który przepotężnym atakiem, stabilizuje pozostałe, łącząc je w jedno. Celnie trafiając we wrogie Pokemony i uwalniając statek. Przyjaciele witają Reda, który trzyma na rękach nieprzytomną Lorelei a na twarzy ponownie gości pewność siebie. Tylko, jakim cudem Red uratował Liderke? I tu jak widmo za Greeni Blue pojawia się Mewtwo.
Kilka godzin później wszyscy znajdują się na pokładzie Morskiego Galopa, pędząc ku spotkaniu z Zespołem R. Obecność Mewtwo nadal nie jest zrozumiała dla Greena i Blue, szczególnie, że nie mogą z nim rozmawiać a jedyną osobą mogącą na chwile obecną jest Red. Mewtwo niezdziwiony takim zachowaniem, tłumaczy Redowi, że oprócz niego to mistrz i Yellow zostali obdarzeni zaufaniem oraz możliwością komunikowania się. Konwersacje przerywa chwyt za ramię. Green zwraca uwagę Reda na wykrywacz, który zaczął reagować, będąc blisko wyspy siódmej. Wszystkie wykrywacze wskazały najwyższy budynek, który swego czasu służył za pole do walk dla trenerów. Kimberly zauważa imprezę powitalną, pędzącą w ich kierunku. Unown otoczyły ich, co raczej nie było większym problemem dla Mewtwo. Otoczył ochronną kulą trójkę trenerów, przeprowadzając szturm na między wrogie Pokemony.
Japońska nazwa: 意志を持つタワー Tower with Will
Mewtwo bez problemu przedziera się przez napierające Unown, natrafiając na gigantyczną, czarną ścianę otaczającą budynek. To Pokemony Symbole kręcąc się w koło, tworzą kilku warstwową ścianę. Mimo to Mewtwo wedle swojej zasady, tworzy dużą łyżkę, zaczynając nią obracać. Jeden atak Psychofazy i wszystkie Unown tracą przytomność, pozwalając bohaterom na bezproblemowe dostanie się do budynku. Stają na szczycie budynku, planując kolejny ruch. Nagle Red zauważa osłupienie przyjaciół. Każdy z nich w kuli widzi członka rodziny. Nie zastanawiając się pędzą w ich kierunku. Wizerunki okazują się być hologramami a z kul wyłoniły się łapy, chwytając trenerów. Szybka reakcja Mewtwo, ratuje sytuację. Pociąga bohaterów za sobą i razem wpadają przez otwór w środku dachu.
Tym sposobem znaleźli się w środku.Red zły na nieczyste zagranie ze strony wrogiego zespołu, szybko zostaje pouczony. Aby uniknąć pułapek, Mewtwo podejmuje się zadania odszukania rodzin trenerów. Pierwszym okazuje się Prof. Oak. Green wypuszcza swoja drużynę, nakazując Scizorowi atak na barierę. Atak nie odnosi skutku tylko budzi pewną istotę. Nazywa siebie „R” i jest głównym komputerem wierzy walk. W potyczce słownej urażony R przeprowadza atak na Team Greena. Nawet atak Mewtwo nie odniósł skutku. Mimo chwilowego triumfu robota, Green nie traci wiary w wygraną, gdyż posiada kogoś odpowiednego do walki z systemem komputerowym. Nim się spostrzegł, Porygon 2 już czyhał przy rdzeniu centralnym. Elektromagnetyczne działo i dziadek Greena był już wolny. Teraz czas uwolnić rodziców Blue. Te kilka szczęśliwych chwil zostaje przerwane przez najście nowych przeciwników.
Japońska nazwa: 襲い来る分身群 Attack of the Clone Herd
Nad głowami bohaterów ukazała się cała zgraja Deoxysów. Red przygląda się im, ale coś mu nie gra. Niestety wrogie Pokemony nie dają czasu bohaterom, rozpoczynając natarcie. Blue nakazuje swoim podopiecznym ochronę rodziców i profesora, zaś Saur, Charizard i Blasty rozpoczęli kontratak.W tym czasie Kimberly próbowała przebić się przez ponowna barierę z Unown, niestety bez rezultatu. Wraca na statek, zdając relacje z tego ci widziała na dachu budynku. Rozmowę przerywa Lorelei, która przed chwila się obudziła. Tłumaczy, ze na
wyspie siódmej nie ma członków Zespołu R a przynajmniej Sird, której to podłożyła pluskwę. Na małym przyrządzie odczytuje, iż zbliża się z dużą szybkością na szóstą wyspę. Zakłada, że to jakiś pojazd. i nie myliła się. Członkowie przylecieli po nieprzytomnego Orma. Bez większych czułości, Carr swoim Steelixem chwyta kompana i rzuca na pokład helikoptera, budząc go.
Skoro nie ma trzech bestii to, na kogo zareagowały wykrywacze? Tym kimś okazuje się Giovanni we własnej osobie. Oświeca trenerów, informując o klonach Deoxysa, które ich właśnie atakowały. Wita bohaterów, zauważając niezapowiedzianego gościa, Mewtwo. Pokemon w przy
pływie złości atakuje Giovanniego, by jak to sam ujął, zakończyć jego niecne plany i nie dopuścić by wykorzystywał kolejnego Pokemona do swoich zachcianek. Tłumaczy również Redowi znaczenia Pokemona Genetycznego i Pokemona DNA. Okazuje się, że Mewtwo widział w Deoxysie siebie, jednak są oni całkiem inni. On ma świadomość swoich czynów, natomiast Deoxys to lalka w rękach Zespołu R. Ta wiedza doprowadza do przebudzenia w Mewtwo nowych pokładów sił czerpanych ze złości. Giovanni i na taka ewentualność był przygotowany. Jednym przyciskiem aktywował specjalną zbroję, która tłumiła moce Mewtwo.
Na wyspie piątej zaczyna się nowy dzień, Bill wychodzi z Centrum Pokemon, rozmyślając na swoimi przyjaciółmi. Przerywa mu nawoływania Celio. Przybył on dopiero, co z wyspy pierwszej. Bill nie czekając prosi kumpla o przysługę. Pożycza telefon, kontaktując się z Centrum Zarządzania Transferami Pokemon w regionie Hoenn, które to prowadzą Lanette i Bridgette.
Japońska nazwa: 故郷トキワシティ Hometown Tokiwa City
Zdarzeniami na krótką chwilę przenosimy się do regionu Hoenn. Lanette i Bridgette zawalone papierami i książkami, pracują w najlepsze. Lanette odbiera telefon, ale coś nikt się nie odzywa a tylko, dlatego że trzyma odwrotnie słuchawkę. Po poprawieniu sprzętu nawiązuje rozmowę z Billem, który prosi współtwórczynie systemu transferów o pomoc w rozwiązaniu problemu na wyspach Sevii.Mewtwo złapany w specjalną zbroje traci siły. Nawet próby zdjęcia zbroi przez pnącza Saura nie przynoszą efektów. Giovanni role tłumacza przekazuje Rowi, który odzyskał kontrole, chwytając antywirusem Porygona Greena. Podczas tłumaczenia ukazuje się również nieco specyficzny charakter komputera a to wszystko przez fakt, iż Carr był jednym z jego twórców (w tym momencie Carr se kichną XD). Szef Zespołu R obwieszcza zwycięstwo, pozostawiając bohaterów z klonami i komputerem. Frustracja bierze Greena, który nie rozumie jak ktoś taki mógł być jego poprzednikiem. Nie rusza to staruszka. Jednym ruchem odpycha trenera, odlatując w poszukiwaniu syna. Chwilę później zjawia się ekipa pomocnicza w postaci Kimberly, kapitana statku i Lorelei. Po krótkim pożegnaniu z rodzicami, Blue wraz Profesorem oddzielają się od reszty, ruszając na poszukiwania skradzionych dexów. Lorelei, mając kontrole nad Pokemon Kimberly zabiera rodziców Blue.
Bill i Celio przez telefon debatują z dziewczynami na temat przemiany Deoxysa. Informuje o powiazaniu z ich regionem oraz kamieniami. Bridgette zasiada przed komputerem, analizując możliwe opcje. Teoria różnych wyglądów np. Spinda, nie pasuje do zachowania Deoxysa, ale już Casform i jego zmiana formy względem pogody, pasuje idealnie. Zmieniając „pogodę” na „miejsce” wnioskują możliwości Deoxysa. Ta wiadomość możne zadecydować o losach bohaterów.
Przenosimy się do Viridian City. Napotykamy Pikachu z wszczepionym kwiatkiem. To Chuchu, podopieczna Yellow. Obydwie biegną na spotkanie z Greenem, do jego stadionu. Niestety wita ich jego hologram oraz grupa wyćwiczonych Pokemonów. Chuchu ciągnąc za skrawek ubrania, daje do zrozumienia, że chce spróbować. Niestety szybko zostaje pokonana. Yellow pociesza swojego Pokemona, wychodząc z sali. Zauważa ona na ścieżce, przybysza wraz z grupką Pokemonów. Okazuje się nim Silver. Rozpoznając siebie, Silver podlatuje do Yellow. Nawiązują rozmowę, z której wynikł powód przybycia trenera. Silver szuka swoich korzeni. Opowiada o poszlakach prowadzących w te rejony. Yellow widzi szansę pomocy przyjacielowi. Postanawia przeczytać wspomnienia Sneasel, który był z trenerem od małego. Mimo uprzedzeń, koncentruje się, natrafiając na ślad. Chw
yta za notes i szkicuje myśli Pokemona. Kończąc pracę, na jej twarzy maluje się niedowierzanie. Czym prędzej wpada do sali, stając przed statuą popiersiu byłego lidera.
Profesor wraz z Blue zbiegają po schodach, gonieni przez klony Deoxysa. Udają się do pokoju badawczego, gdzie prawdopodobnie mogą znajdować się Pokedexy. Blue wykorzystując Jiggly, odcina klony od nich. Wpadają do pokoju, w którym znajdują się poszukiwane urządzenia. Porofesor rozdziera fartuch, wyciągając nowe obudowy i zaczynając przesyłanie danych. Wtem, do środka wdzierają się klony, popychając zmęczonego Jiggly. Za pomocą Dity, Blue tworzy parasol, osłaniając siebie i Profesora. Nie na długo. Macki trafiają w stare Pokedexy. Na szczęście transfer został ukończony
i jedyną rzeczą do zrobienia, jest umieszczenie specjalnych chipów, których to Blue jest posiadaczką. Po chwili nowe Pokedexy były już gotowe do użytku. No wyższym piętrze, Red i Green nadal zmagali się z klonami oraz unieruchomionym Mewtwo. W całym zamieszaniu Mewtwo tłumaczy Redowi sposób zniszczenia zbroi, używając wszystkich trzech przepotężnych ataków. Trenerzy przystają na ten plan, jednocześnie Red informuje, że prawdziwego Deoxysa nie ma w pobliżu a Mewtwo będzie musiał im pomóc z klonami.
W trakcie wali bohaterów z klonami w wierzy, prawdziwy Deoxys wraz z Giovanni przemieszczali się samolotem w nieznanym kierunku. Szef wita swoje trzy bestie, po czym z chodzi do Legendarnego Pokemona. Podając mu chusteczkę, każe mu znaleźć właściciela. Pokemon w mgnieniu oka jedną z macek wskazuje Viridian City, rodzinne miasto Giovanniego. Uradowany, nakazuje ustawić kurs do regionu Kanto.
Japońska nazwa: 拘束具を破れ Breaking the Restraint
Na pokładzie samolotu Zespołu R Giovanni wraz z trzema bestiami udają się w stronę regionu Kanto. Deoxys upuszcza chusteczkę, która chwyta Carr. Szeptem próbuje dopytać Sird, a raczej potwierdzić swoje domysły, kogo szuka Szef. Potwierdza przypuszczenia Carr, na które to on sam wybucha gniewem. Nie mógł sobie wybaczyć, że pomógł szukać zastępcy szefa, choć było mówione, że to któreś z nich nim zostanie. Przyzywa Forretress, jednak wystarczył jeden atak Deoxysa, by Carr padł nieprzytomny na ziemię. Na rozkaz przywódcy Sird i Orm zamykają zdrajcę w bagażowni.Tym czasem Red i Green, nadal zmagają się z klonami w wierzy. Chłopaki są oddaleni od siebie dwiema rozwalonymi ścianami. Green wpada na pomysł, jednak, aby się on sprawdził, musi przejąć dowództwo. Mewtwo czując siłę Greena, pozwala na współpracę. Czekając na odpowiedni moment, Green i Red wykonują wymianę sw
oich starterowych Pokemonów. To umożliwia przeprowadzenie akcji ratunkowej dla Mewtwo. Pierwszy atak przeprowadza Blue z niższego pietra, przebijając podłogę. Chwile później dołączają Charizarad i Saur. Green widząc różnicę poziomu ataków, prosi Blue o zwiększenie siły. Dziewczyna spełnia prośbę, ale pokemon zaczyna tracić podparcie. Z pomocą Balsty wychodzą pozostałe Pokemony, które dzięki specjalnej umiejętności Blue oraz sytuacji zaczynają ewoluować. Ostatecznie Blasty zostaje wsparta Granbullem, Nidoqueen oraz Wigglytuff, swoimi przyjaciółmi w nowych formach. Wszystkie trzy ataki zostają nakierowane na środek podłogi. Mewtwo wskakuje w środek, pozbywając się zbroi. To koniec dla biednego komputera. Jeden ruch łyżko podobnej broni sprawia, że wieża zostaje przecięta na pół. Zablokowało to klony oraz pozostałych bohaterów. W ostatniej chwili, za pomocą wodnego ataku, Red dostaje nowy Pokedex. Na grzbiecie Charizarda oraz z Mewtwo ruszają w pościg za Deoxysem.
Japońska nazwa: 心の奥のトキワ Tokiwa in the Heart
Red odlatuje na grzbiecie Charizarda, kontynuując pościg. W tym czasie pozostali bohaterowie, łapią oddech. Green chwali Blue za sprawna akcję. Ta żartuje, dając mu Pokedex. Niestety trener nie chwyta urządzenia, tylko upada z wycieńczenia.Yellow i Silver przebywają w Sali Gym w mieście Viridian City. Yellow zaprowadza trenera przed statuę, którą to widzi w myślach Sneasel. Nie dziwi to rudowłosego bohatera. Opowiada o wcześniejszych sytuacjach i sposobach dowiedzenia się o sobie. Ostatecznie przybył tutaj i nie żałuje. Staje przed posągiem, następnie odwraca się w stronę Yellow, dopytując się o imię gościa. Dziewczyna przez chwilę wacha się. Mimo sprzecznych uczuć, krzyczy, że to Giovanni, były lider tej Sali oraz szef Zespołu Rocket. Po tym jak, wypowiedziała te słowa, las zaczął się dziwnie zachowywać. Drzewa zaczęły szumieć, kołysać się na boki. Zaniepokojona Yellow wybiegła przed budynek, nasłuchując. Las swym zachowaniem ostrzega przed czymś wielkim i niebezpiecznym. Jeden gwizd a z pobliskiego krzaka wystają trzy głowy Dodrio. Podbiega do trenerki daj
ąc pas z Pokeballami oraz słomiany kapelusz. Yellow gotowa do walki, pyta Silvera, co dalej ma zamiar zrobić, skoro wie, że jest w jakiś sposób powiązany z Zespołem R. Chłopak uśmiecha się, dodając, że nawet walka wchodzi w grę. Rozmowę przerywa huk nadlatującego samolotu. Samolotu Zespołu R.
Giovanni wraz z Sird i Orm na pokładzie samolotu nadlatują nad Sale Gym. Giovanni postanawia posłuchać wskazań Deoxysa i zejść na dół. Jednak silny ból w okolicach klatki piersiowej wstrzymuje go. Prosi swoich oficerów oby to oni zabrali go na pokład, wprost do niego. Zlatują mniejszym pojazdem i zostają powitani „Ognistym Uderzeniem” Pokemona Silvera. Mimo to statek dalej nadlatywał, a tuz obok z „Cienistą Kulą” w rękach pędził Banette. Atak Pokemona ducha trafia Gyaradosa. Silver nakazuje Pokemonowi „Sen i regeneracje”, jednak Banette zabiera mu zdolność regeneracji (Gyarados, jaki wkurzony. ^^). W pojeździe Sird i Orm analizują dane, potwierdzając zgodność. Lądują na ziemi, obwieszczając chęć zabrania go. Silver stosując szantaż, domaga spotkania z Giovannim. Sird widząc braki w wychowaniu chłopca, postanawia sprawdzić go, wyzywając na pojedynek.
Japońska nazwa: 宙空の決戦場 Aerial Battleground
Sird rozpoczyna atak Banette. Silver nie czekając kontratakuje, pozostawiając ślad poparzenia na policzku przeciwniczki. W tym czasie Yellow jest atakowana przez Orma. Zostaje otoczona przez dużą chmurę pyłków Jumpluffa. Silver staje obok przyjaciółki, starając się ja osłonić. Orm otwiera Pokedex informując o pyłkach i ich różnych odmianach, co odczuwają Chuchu oraz Gyarados. Wtem Yellow wpada na pomysł. Prosi trenera by staną obok niej, zaś ona sama wypuściła Pokeball na żyłce wędki. Pokeball zaczął się poruszać jak żywy, wychodząc poza wir pyłków, wprost pod wrogów. Z Nienacka wyskakuje Oma, atakując celnie zamiecią. Atak odnosi skutek, gdyż wszystkie pyłki zamrożone opadają na ziemię. Sird nie dowierzając sile tego ciosu, sprawdza wraz z Ormem po przez dodatek w ich Pokedexie, pozio
m mocy Pokemonów Yellow. Okazuje się on bardzo niski, co powoduje, że przeciwnicy zaczynają lekceważyć trenerkę. Yellow słysząc głos lasu, staje się coraz bardziej zdenerwowana. Uprzejmie prosi napastników by zaprzestali walk i odeszli. Ku zaskoczeniu oprawców, poziomy mocy jej Pokemonów zaczęły gwałtownie rosnąć.W głównym samolocie Giovanni klęczy z bólu przed monitorem w oczekiwaniu na powrót swoich podwładnych. Jednak to nie ich widzi na telebimie, tylko kierujących się na nich Reda i Mewtwo. Uśmiecha się na myśl o stoczeniu walki rewanżowej, za tą, którą przegrał 5 lat temu, w tym samym mieście. Uruchamia dźwignię, która rozpoczyna proces zmiany wyglądu pojazdu. Transformacje samolotu Zespołu R w oddali widzi Red. Teraz samolot był również podniebnym stadionem walk.
Japońska nazwa: 頂上対決 Summit Confrontation
Red zbliżając się wraz z Mewtwo do podniebnej areny, poczuł przeszywający dreszcz, taki, jaki towarzyszył przy pojawieniu się Deoxysa, co oznaczało, że oryginał właśnie na nich czekał. Ląduję na arenie a z środka wyłania się owy przeciwnik u boku Giovanniego. Stosuje wobec Reda grę psychologiczną, stawiając go na podeście, wyżej od siebie. Nawiązuje do walki, w której to Red go pokonał. Sam zaś nazywa siebie trenerem bez tytułów i rzuca mu wyzwanie. Oboje zdejmują swoje kamizelki na znak przystąpienia do pojedynku. Stają przed sobą, ustalając warunki. Mewtwo kontra Doexys. Pokemony zaczęły chodzić po okręgu. Mewtwo mimo napięcia zażartował z klonów, jednocześnie pokazując szacunek wobec przeciwnika.
Zderzenie łyżkowej broni z mackami rozpoczęło pojedynek. Pierwszym była wymiana standardowych ciosów. Genetyczny Pokemon daje Redowi przyzwolenie na wydawanie poleceń. Prosi trenera by poprowadził ich do zwycięstwa, jednak na twarzy trenera maluje się niepewność. Jeden ruch dłoni Giovanniego sprawia, że Deoxys zmienia swoje formy tuz przed zaskoczonym Mewtwo, ostatecznie przeprowadzając atak w formie ofensywnej. Pokemon wbija się z impetem w ścianę statku. Szef Zespołu R zadowolony chwali poczynania swojej „broni”, informując jednocześnie o możliwościach zmiany formy. Red nie mając żadnej taktyki nakazuje Mewtwo bombardować klejnot na piersi Pokemona DNA, gdyż jest to jego słaby punkt.
Japońska nazwa: Father’s Name is Sakaki
zytnik mocy Pokemonów, będący w Pokedexie Orma, zaczął niebezpiecznie wrastać. Z przerażeniem patrzył to na licznik, to na zdeterminowaną Yellow i jej team. Czuć od nich było potężną siłę. Mimo pokazu, Sird spokojnie obserwowała całą sytuację. Uspokoiła Orma, wskazując w niebo. Wszyscy podnieśli głowy, zauważając powietrzny stadion. Sird z uśmiechem tłumaczy Silverowi akcje na stadionie, oświecając trenera, iż jego ojcem jest Giovanni, szef Zespoły R. Informacja ta dogłębnie wstrząsa trenerem, co wykorzystuje Sird, ogłuszając go atakiem Banette, a następnie uciekając statkiem wraz z zakładnikiem. W pościg ruszyła Yellow. Orm zaskoczony zmianą taktyki Sird, pyta o powód. Ta spokojnie i bez ogródek uznaje przewagę Yellow nad nimi, więc przed starciem woli oddać Silvera szefowi.W tym czasie na powietrznym stadionie, trwa w najlepsze starcie miedzy Deoxysem a Mewtwo. Red wskazuje Mewtwo cel ataku, którym to jest kryształ na piersi przeciwnika. Niestety Deoxys okazuje się trudnym przeciwnikiem, bez problemu odbija atak, od razu kontr atakując. Taktyka Reda rozczarowuje Giovanniego, który więcej oczekiwał od swojego r
ywala. Ujawnia nawet specjalny kontratak, który miał w rękawie. Między Pokemonami dochodzi do intensywnej wymiany ciosów, w której to większe obrażenia dostaje Mewtwo. Giovanni kontynuując konwersacje, dopytuje się, dlaczego za cel wziął kryształ. Z tego, co tłumaczy Red, kryształ jest źródłem życia Deoxysa. W tym momencie wcześniej odbity atak Mewtwo, wraca i w formie łyżki, przebija kryształ na piersi Pokemona DNA.
Przenosimy się na siódmą wyspę. Z gruzów, z wielka werwą wyłania się Kimberly. Na nieszczęście, wyszła spod gruzów na krawędzi klifu, zaraz po tym spadając do morza. W porę zauważają ją Lorelei i Kapitan statku. Trenerka z pomocą Shelldera ratuje zwariowaną kobitkę i bezpiecznie ląduje w rękach swojego Dragonite. Po bezpiecznym wylądowaniu na stałym ladzie, Lorelei dopytuje staruszkę o prawdziwy powód podróży do wieży. Kobitka, wiedząc, że nie może jej oszukać pokazuje swoja zdobycz – Stara Mape, pokazującą lokalizację wyspy Faraway.
~Melody
Japońska nazwa: まやかしのオーロラ The Fake Aurora
Rozdział zaczyna się sceną, gdzie psychiczna energia przebija kryształ Deoxysa. Pokemon zaczął bez kontroli zmieniać swoje formy. Mewtwo dumnie uświadamia Giovanniemu, jaka więź łączy go i Red’a. W tym samym momencie Pika zaczął szamotać się w swoim Pokeballu. Dało to Redowi do zrozumienia, że walka się jeszcze nie skończyła, wracając wspomnieniami do wcześniejszej potyczki. Trener szybko tłumaczy Mewtwo, co się wtedy działo, na co Pokemon podnosi palec, przyzywając nagromadzoną energię w powietrzu. Spada ona na niestabilnego Deoxysa, który nie może przybrać formy defensywnej, obrywając z każdego pocisku. Widząc poważne osłabienie przeciwnika, Mewt
wo postanawia wykorzystać okazję, napierając. Ponownie wywiązuje się między nimi potyczka, która spycha Deoxysa pod ścianę. Już Mewtwo miał wykonać ostateczny cios, gdy nagle zatrzymał się, przebity mackami… z formy ofensywnej?! Red spostrzega zanikającą zorzę polarna, która to tworzyła iluzję, myląc ich. Deoxys zakończył proces regeneracji, tym samy szykując się do ostatecznego i najsilniejszego ataku, psychicznego wyładowania.Podczas pościgu Yellow wypuszcza Ratty, która szybko wygryza dziurę w poszyciu samolotu, pozwalając trenerce dostać się do środka. Ratty podnosi nos do góry, łapiąc zapach Silvera. Nieco dalej Orm wraz z Sird, zanoszą ogłupionego Silvera do małej kabiny, gdzie przebierają syna Giovanniego w bardziej pasujące ubranie, niż to, co miał na sobie dotychczas. Teraz wyglądał jak następca szefa, kolejny przywódca Zespołu Rocket.
~Melody
Japońska nazwa: 幻は最果てに Mirage is Far Away
Kimberly wraz z Lorelei, kapitanem statku oraz rodzicami Blue znajdują się na siódmej wyspie w zgliszczach rozwalonego budynku. Staruszka uradowana znaleziskiem, przeszukuje swoje… „wypchane” rękawy, wyciągając potrzebny telefon. Osobą, do której się dodzwania jest Briney, staruszek, który małą łódką transportuje chętnych do Dewford Town (posiadacz Pokemona o imieniu Peeko). Uświadamia swojej przyjaciółce jej spóźniony refleks, gdyż w tym momencie stoi przed ową wyspą. Dodaje, że zwiedził cała wyspę i udaje się do powrotu. Napotyka tam Mew, który według legendy, żyje na tej wyspie, jednak zos
taje spłoszony i ucieka. Kimberly dopytuje czy nadal chce go złapać. Mówi, że to nie problem, gdyż ma radar namierzający, jednak nie to jest zastanawiającym faktem. Mew zgodnie z odczytem kieruje się na wyspy Sevii w stronę Kanto. Uwagę zwraca kapitan statku, który to przyprowadza Blue, Greena i Oaka.W tym czasie na powietrznym stadionie, Red próbuje zmotywować rannego Mewtwo do ucieczki. Ich obecna pozycja była bardzo nieciekawa. Znajdowali się zbyt blisko Deoxysa, który na dodatek szykował na nich ostateczny atak. Ostatkami sił Mewtwo powstał, osłaniając Reda. Niestety atak przyniósł poważne obrażenia zarówno jemu jak i trenerowi. Red już chciał wezwać swój team, został jednak powstrzymany przez Mewtwo, wspominający o zasadach tego pojedynku. Ledwo przytomny partner Reda staje na swoich nogach, podchodząc do Deoxysa. Drżącą pięścią dotyka kryształ rywala, dostając w odpowiedzi serie uderzeń mackami. Giovanni czując szale z
wycięstwa po swoje stronie, namawia Reda do poddania się. Mimo niesprzyjającej sytuacji, Red nie przyjmuje do wiadomości przegranej, póki tli się ogień w oczach Mewtwo a on nie do pełni przeznaczenia, czyli zakończenia tyranii Giovanniego.
Na pokładzie pędzącego Morskiego Galopa Green, Blue oraz pozostali ruszyli za świetlistym cieniem pędzącego w powietrzu Mew.
~Melody
Japońska nazwa: ラストショット Last Shot
Z historią przenosimy się na wyspę Cinnibar. Do dużych, metalowych drzwi umieszonych w skale, zmierza dwóch mężczyzn. Widząc pewnego staruszka, wesoło się witają go. Okazuje się nim Pan Blain, były mistrz Mewtwo. Wiedząc o wizycie przyjaciół, zebrało mu się na wspomnienia, przeglądając album ze zdjęciami. Nagle silny ból przeszywa jego lewa rękę. Szramy po złączeniu z Mewtwo dawały o sobie znać. Przeczuwał, że coś niepokoi jego byłego pobratymca a może to również powód powrotu Mew.Red rzuca się z pięściami na zaskoczonego Giovanniego, który to robi unik. Co się okazuje chwile później, było tylko pretekstem do złapania zdalnego sterownika statku. Jeden przycisk a promienie utworzyły trójkąt z Mewtwo w środku. Nie spodobało się to Deoxysowi, który mackami owinął Rad, unieruchamiając go. Każe partnerowi zacząć regenerację, korzystając z tarczy energetycznej, on zaś spróbuje powstrzymać pokemona DNA. Mewtwo regeneracją tworzy jeden pocisk, co zauważa red, niwelując tarczę. Giovanni postanawia im przeszkodzić, każąc Deoxysowi zmienić formę na szybkości i wzbić się w powietrze. Red nie przejmując się nawet sobą, rozkazuje Mewtwo strzelić w kryształ nawet przeszywając je
go, gdy ten będzie w formie ofensywnej. Rzuca pocisk a Deoxys zmienia formę i zostaje trafiony. Upadają na posadzkę stadionu. Giovanni, nie dowierzając przegranej i nie rozumiejąc zachowania swojego Pokemona, zauważa jeszcze inne modyfikacje. Zaczyna przeskakiwać między formą ofensywna a defensywną i nie z powodu uszkodzenia kryształu, tylko modyfikacji u źródła. Uświadomił sobie, że cos niedobrego dzieje się z kamieniami szafiru i rubinu, będącymi na wyspie piątej.
A osobami odpowiedzialnymi za modyfikacje są Bill i Celio, którzy to dostali się do ukrytej bazy Zespołu Rocket i wyciągnęli kamienie regionu Hoenn z urządzenia.
Natomiast po statku nadal krąży Yellow. Zagubiona, otwiera jedne z drzwi, które to prowadzą na powietrzny stadion. Widząc Reda, krzyczy do niego, zbiegając po platformie. Pospiesznie tłumaczy swoja sytuacje, gdy nagle przerywa, zwracając swoja twarz w stronę leżącego Pokemona. Pyta się zaskoczona, czy to właśnie on próbuje się z nią porozumieć.
Japońska nazwa: デオキシス そのルーツ Deoxys’s Roots
Yellow zadaje pytanie Deoxysowi. Przypomina to siedzącemu za Redowi Mewtwo umiejętności, jakie posiada trenerka. Kładzie ona dłoń na głowie Pokemona, przekazując każde słowo, jakie chce oddać Deoxys. Pierwsze słowa, wstrząsają trenerem. Pokemon stwierdza, że jest Redem, sam zaś zainteresowany, klęka przy nim, dopytując się, o co dokładnie mu chodzi. Rozmowę przerywa nadejście Sird. Uprzejmie wyjaśnia bohaterom, co Deoxys miał na myśli, na dodatek ich okrążając Pokemonami. Orm w tym czasie zabiera szefa na pokład statku.Sird powoli schodzi do bohaterów, rozpoczynając historie o narodzinach pokemona DNA. To, że Pokemon pochodzi z kosmosu tylko ułatwiło jej opowieść. Będąc jeszcze w postaci wisusa, podzielił się na dwie formy życia, przyczepił się do spadającego meteorytu i upadł na ziemię. Owe formy nazwano „Wielkimi Meteorytem” a następnie zostały odtworzone w Centrum Kosmicznym Mossdeep. Tam również byli szpiedzy, którzy to donosili o potędze nowych form. W tym momencie instytut został zaatakowany przez Zespól Magma, zaś Sird korzystając z okazji zabrała oba obiekty. Kontynuowali obserwacje w swoim laboratorium na terenie Hoenn, potwierdz
ając ich psychiczne umiejętności. Dla bezpieczeństwa obiekty miały zostać odtransportowane do regionu Kanto, jedna podczas podróży zaczęły dziać się dziwne rzeczy. Zmiana regionu odkryła przed nami możliwości zmiany formy u Deoxysa, których to okazały się obecne cztery formy: zwykła, szybkości, ofensywna i defensywna, jednak związana była ona z klimatem regionu. I tu był jeden z problemów, jaki musieliśmy rozwiązać, ale także nie jedynym na tamtą chwilę. Druga forma życia uwolniła się, znajdując nasze laboratorium na terenie Kanto i doszczętnie go demolując. Znajdowały się tam próbki tkanek oraz kamienie energetyczne. Szybko zbiegłą formę udało się zlokalizować i skupić na dokończeniu procesu narodzin. Obiektem drugim jest obecny obok Reda i Yellow Deoxys. Aby przyspieszyć jego rozwój wykorzystali obiekt pierwszy, który to był odpowiedzialny za atak w Pallet Town i porwanie rodziców Blue, tylko po to by go sprowokować. Powolne łączenie faktów doprowadza do zaskakującego odkrycia. Obiekt numer dwa miał na celu tylko i wyłącznie Reda a nie tak jak mówiły trzy bestie, wszystkich trzech posiadaczy Pokedexów. Dodaje z uśmiechem o śmierci obiektu pierwszego.
W tym czasie z szoku budzi się Silver, stojący obok zmęczonego Giovanniego.
~Melody
Japońska nazwa: 反乱のチャクラ Rebellious Chakra
Silver zdezorientowany rozgląda się w koło, powoli przypominając sobie wcześniejsze zdarzenie. Wtem z Pokeballa wyskakuje Sneasel, zwracając uwagę trenera na leżącego nieopodal mężczyznę. Przypominał z twarzy tamtą statuę. To był jego ojciec. Zaczął wracać wspomnieniami do czasów bycia jeszcze zamaskowanym dzieckiem. Uświadomił sobie, że zamaskowany mężczyzna znał go i wiedział, że jest synem Giovanniego. Zauważył tez inne ubranie, jakby chcieli go wchłonąć do organizacji. Nieco załamany Silver ze zrezygnowaniem siada pod ścianą, zwierzając się swojemu ukochanemu Pokemonowi ze swoich snów. Marzył o cieple, szczęściu, które było tylko złudzeniem. Coraz bardziej wierzył, że przypisana jest mu tylko ciemność. Inną sprawą był fakt, że jego ojciec jest przywódcą organizacji przestępczej. Nie wiedział czy miał go nazywać ojcem, skoro jest zły. Odwrócony tyłem, próbuje odejść, nagle chwyta go dłoń. Giovanni przebudził się i rozpoznaje syna.Bohaterowie wysłuchali opowieści Sird do końca z niedowierzaniem w oczach. Wszystko to, co się zdarzyło, było ich planem. Dodaje, że Silver oraz Pan Giovanni są w jednym pokoju i zapewne doszło już do ich spotkania. Yellow postanawia dalej wyczytać myśli Deoxysa, gdy cała sytuacje przerywa potężny wstrząs. Statek gwałtownie przyspieszył, o mało nie zrzucając wszystkich obecnych na platformie stadionu. W ostatniej chwili Mewtwo uformował łyżkę, jednym końcem chwytając poręczy a drugim końcem chwytając Yellow i Reda. Red chwycił jeszcze Deoxysa. Czyżby to część ich planu? Me
wtwo stwierdza, że nie, widząc zaskoczenie na twarzach bestii. Orm i Sird wylądowali na wysokości kabiny pilota, zastanawiając się, kto przejąć statek. Intruzem okazuje się Carr, któremu udało się zbiec, dzięki umiejętnościom hackerskim. Postanawia w ramach zadość uczynienia zabić wszystkich obecnych na statku, mianując siebie nowym liderem zespołu Rocket.
Japońska nazwa: 脱出のブラックホール Black Hole Escape
Carr siedzący za sterami powietrznego stadionu, zaczął wywijać orły, chcąc zapewne pozbyć się pasażerów. Sird wraz Ormem postanawia dostać się do kokpitu, niestety Orm nie wytrzymuje i puszcza się, znikając. Z kieszeni Reda wypada sterownik statku, który wraca do rak Sird z pomocą Persiana. Wyłącza tryb stadionu, wrzucając wszystkich do środka samolotu. Tak samo ja Sird, tak i Red postanawia udać się do kokpitu. Zabiera ze sobą Deoxysa i ruszają przed siebie. Niestety drzwi są zamknięte i ni drgną. Rozbawiony Carr widząc ich w monitorze, śmieje się pod nosem. Nagle ekran pokazuje twarz Sird. Ukryta Starmie atakuje młodzieńca, odciągając go od steru. Jednak nie jest to niespodzianka na miarę Carra. Dzięki eksplozji Forretressa pozbywa się Sird i uszkadza statek, pozostawiając go samopas, zaś sam ucieka na Skarmory, dodając, że cały statek jest jedną wielką bombą zegarową, przez umieszczenie w dziesięciu różnych miejscach swoich bombowych Pokemonów.Red mimo zagrożenia postanawia pozostać na statku, unieszkodliwiając Forretressy. Prosi o pomoc Yellow, któr
a hmm… śpi niedaleko. Nawoływania Reda budzą ją. Domyślił się, że Sird wiedziała o słabościach umiejętności trenerki. Jednak nie to było teraz ważne. Dymiący statek powietrzny ujawnił się na niebie nad miastem Vermilion, zaczynają wzbudzać powszechna panikę. W tym samym momencie do brzegu przybił Morski Galop, pozwalając grupce bohaterów wyskoczyć na ląd. Blue i Green postanawiają spróbować zmniejszyć szkody, jakie mogą się zdarzyć po upadku samolotu.
Red będąc na pokładzie statku, rozkminia jak uratować przyjaciół. Prosi o pomoc Deoxysa, mając w pamięci sposób porwania rodziców Blue. Najpierw za pomocą czarnej dziury zabiera Silvera i Giovanniego a następnie Yellow i Mewtwo. Oboje stawiają opór, szczególnie Mewtwo, który nie na takie coś się zgadzał. Pyta partnera o jego zamiary, natomiast w odpowiedzi widzi uśmiechniętą twarz Reda i odpowiedź, że wróci.
Japońska nazwa: 本能の呼びかけ Call of Instinct
W ostatniej chwili Yellow zarzuca wędkę na dłoń Reda. Na końcu był Pokeball z Chuchu. Informuje mu, że przez nadużycie czytania w myślach zaraz zapadnie w głęboki sen i chce zdążyć przekazać mu to, co wyczytała. Chodziło o znaczenie słów „Jestem tobą”. Pokemon powiedział tak, ponieważ w jego żyłach płynie krew Reda. Prawdopodobnie zdobył i wchłonął ją podczas niszczenia laboratorium Zespołu Rocket, zaś sama próbka to krew, którą to Giovanni zdobył podczas walki pięć lat temu w mieście Viridian. Przez to, że Deoxys jest wirusem bez korzeni, krew Reda stała się krwią przodka i instynktownie chciał do znaleźć a język, jakim potrafił się porozumiewać był język walki, objawiający się u Reda 
sensacjami w klatce piersiowej. Yellow czując opuszczające ją siły i przychodzący sen, znika w czarnej dziurze, pozostawiając kapelusz oraz Chuchu.Red rozumiejąc przekaz Yellow, zwraca się przyjaźnie do Deoxysa, żartując ze swojego sposobu komunikacji. Spogląda w stronę steru, chwile później wskakując na gorę. Chwyta za stery, próbując opanować pojazd. Cieszy się, że jest komuś potrzeby, nawet Pokemonowi. Daje mu wybór odejścia lub pozostania i wspólnej walki, gdyż on sam nie pozwoli na zniszczenie nowo powstałej przyjaźni miedzy nimi. Na potwierdzenie wypuszcza swój team. Wszyscy radośnie i z zapałem są gotowi walczyć. Sterowanie statku pozostawia sobie, zaś Pokemonom rozkazuje znalezienie i unieszkodliwienie Forretressów. Pokemony ruszyły, natomiast na jednym z monitorów wyskakuje tekst. To myśli Deoxysa. W ramach współpracy lokalizuje wrogie Pokemony i naprowadza team Reda na nie.
Japońska nazwa: 父の魂 Father’s Spirit
niego. Już w ciemności miał chwycić dłoń syna, gdy nagle otworzyła się dziura, która zamiast w bezpieczne miejsce, rzuciła ich prosto w wielki płomień, otaczający wraki jednego z ich statków. Giovanni stojąc na dużym fragmencie wraku, podnosi jedną ręką Silvera do góry, ochraniając przed ogniem. Trawiony gorącem wraca wspomnieniami do czasu, gdzie byli jeszcze razem. Sneasel sięga do kieszeni spodni, wyciągając chusteczkę z wyszytym imieniem. Ostrożnie przeciera zabrudzona twarz nastolatka. Chusteczkę zauważa Giovanni, ciesząc się z faktu, że tą rzecz nie zgubił mimo swoje go talentu. Giovanniego serce wypełnia wzruszenie, szczęście spotkania przed śmiercią swojego syna.Płomienie zauważają Blue i Green, pędząc w jego stronę. Z pomocą Gogli, Blue zauważa nieprzytomnego Silvera. Nie czekając Green przyzywa Rhydona, który ratuje nie tylko trenera, ale także ni
e przytomnego mężczyznę. Akcja ratunkowa budzi Silvera. Zaniepokojona Blue podbiega do chłopaka, zaś ten zaskoczony przygląda się Rhydonowi, nietkniętemu przez ogień. Blue zauważa drugiego osobnika i przeraża się, rozpoznając lidera Zespołu Rocket. Silver przyznaje się, że Giovanni jest jego ojcem. Zarówno Green jak i Blue są kompletnie zszokowani. Rozgniewany swoją bezsilnością, pyta, dlaczego nie dali mu umrzeć, skoro jest powiązany z kryminalistą. Green zaczyna widzieć w Silverze odbicie dawnego siebie. Postanawia nagadać młodemu trenerowi i uświadomić, że już dawno się odciął od rodziny i powinien być dumny z samego siebie i z tego, co dokonał, dając na przykład swój przypadek. Uświadomił mu 
również, że Giovanni mimo swojego obecnego stanowiska, kiedyś i nawet teraz pokazywał ludzkie odruchy. To, że jest cały, może tylko wskazywać na to, że ochronił go własnym ciałem, a Rhydon mógł ich uratować, dzięki zapiskom z książki autorstwa Giovanniego. Te fakty powinny sprawić, że można go podziwiać i szanować. Słowa Greena sprawiły, że Silver wtulił się w ciało ojca, wybuchając płaczem. Oboje trzymali te same chusteczki z wyszytym imieniem Silvera. Tę chwilę przerwało nadejście Mewtwo oraz Yellow przez czarną dziurę.
Japońska nazwa: 戦う者 レッド Red the Fighter
Mewtwo wraz z dotknięciem nogą podłoża, upada a uśpiona Yellow wpada w ręce Blue. Pokemon na pytanie o miejsce pobytu Reda, wskazuje głową, szybujący statek. Okazuje się, że statek ten leci prosto na nich. Nie czekając Rhydon, Golduck i Blasty na rozkaz trenerów, nakierowały atak „Hydro Pompy” na dziób statku, próbując go spowolnić. W trakcie akcji przez sen Yellow uspokaja pozostałych trenerów, zapewniając, że Red wróci, tak jak obiecywał. Green spoglądając to na nieprzytomną Yellow to na wycieńczonego Mewtwo, mógł się tylko domyślać jak ciężkie starcie ich spotkało. Motywuje Blue, uświadamiając, że to ich obowiązek, jako posiadaczy Pokedexów. Silver słysząc całą rozmowę, przywołuje Ursaringa, rozkazując, aby zabrał jego ojca do jedne z kryjówek, zaś sam przyzywa swoje trzy wodne Pokemony, przyłączając się do akcji ratunkowej.Starania przyjaciół widzi Red z kabiny pilota, dalej próbując sterować pojazdem. Tuż obok Deoxys odszukuje ostatnie trzy Forretressy. Problemem okazuje się ostatni, który to jest za nimi, w zbrojowni. Ściąga koszulkę, blokując stery statku, a sam wraz z Deoxysem postanawiając załatwić napastnika. W miedzy czasie w jednym ze schronów na wyspie piątej, Bi
ll rozmawia z Greenem o obecnej sytuacji. Dowiadują się o staraniach Reda, by uniknąć katastrofy. Rozmowę słyszą mieszkańcy, mimo wcześniejszego postepowania wobec trenera, teraz zbierają się na odwagę i krzykiem wspierając bohatera.
Red otwiera drzwi do zbrojowni, stając twarzą w twarz z wrogim Pokemonem. Spokojnym głosem, próbuje dojść do przerażonego Pokemona. Ostrożnie wyciąga rękę w geście zgody, jednak Pokemon rzuca się na Deoxysa. Ten bez problemu chwyta spanikowanego Forretressa, kładąc go na podłogę. Trener głaszcze Pokemona tłumacząc, dlaczego biedak nie wybuchnie. Deoxys wykorzystał zdolność zamiany z Poli i zyskał „tlumienie”, które sparowało wybuch. Cała sytuacja zdziwiła Deoxysa, który z pomocą urządzenia, zadał dość dziwne pytanie, jakiego typu on jest, bo nawet mimo sytuacji bez wyjścia lub bycia ciężko rannym on wstaje i idzie na przód. Odpowiedź jest oczywista, jak na Reda. Nazywa siebie posiadaczem Pokedexa z Pallet – Wojownik.
Wtem, chwilę przerywa duży huk. Bluzka, która trzymała ster, rozerwała się, pozbawiając statek stabilności. Już miał runąć na budynek, gdy ten się zatrzymał i zaczął o wiele wolniej spadać w dół. Po zderzeniu z ziemią ze zbitej szyby wyszedł osłabiony Red, którego to podnosi Green. Zmęczony trener dziękuje przyjaciołom za ratunek, ci zaś zaskoczeni nie pojmują jak to się wszystko stało. Ratunek był sprawką Mew, który to lewitował nad grupką zmęczonych, ale szczęśliwych trenerów.
Japońska nazwa: 所有者たちの絆 Holders’ Bond
Z wraku wyłoniły się Pokemony, pędzące radośnie do trenerów. Za nimi wyłonił się Deoxys, który spokojnie zacisnął rękę z Redem. Mewtwo zadowolony podniósł wzrok w stronę małego gościa, lewitującego w powietrzu. Mew widząc, że sytuacja została opanowana, odlatuje. Dając Mewtwo odpowiedzi na kilka pytań, które do tego czasu go męczyły. Później dziękuje Deoxysowi za pojedynek. Red dziękuję trenerom oraz nowej twarzy. Green przedstawia mu Silvera oraz prosi o pomoc w odszyfrowaniu pewnych informacji. Umożliwiłoby to Rhydonowy ewaluację, tylko potrzebna by była wymiana, specjalność Silvera. Blue, korzystając z okazji, postanawia oddać wszystkim nowe Pokedexy a jeden stary egzemplarz ocalały z walki w wieży, trafia w ręce Yellow. Trenerka żartuje z dzisiejszego spotkania, nazywając ten moment Złotem Posiadaczy Pokedexa. Deoxys powoli oddala się, co nie umyka uwadze Reda. Otwiera się Pokedex, w który wygenerowała się myśl Pokemona. Postanawia odnaleźć swojego kumpla, obiekt pierwszy oraz meteoryt, któr
y by umożliwił mu zmianę formy niezależnie od regionu. Na koniec przybiera formę szybkości, dziękuje trenerowi i odlatuje. Nagle cień pojawia się za Redem.W kierunku wraku kierowali się Kimberly, Lorelei oraz Prof. Oaka. Dźwięk z czytnika Lorelei zaczął reagować, dając do zrozumienia, że Sird jest gdzieś w pobliżu. Nie martwi to trenerki lodu, która to z pomocą Jinx, tworzy lodową laleczkę Vodo. Owa Sird stała naprzeciwko zebranym trenerom, cała poraniona i ledwo przytomną. Próbując zrozumieć źródło ich siły, podziwia ich i postanawia unieszkodliwić, mimo trudności ze strony trenerki lodowych pokemonów. Zaklęcie rzucone przez Jinx powoli zaczęło zmieniać ją w lodową statuę. Nie powstrzymuje to Sird przed poświeceniem. Nakierowuje dziwny promień w stronę odlatującego 
Deoxysa, zaś bohaterowie chcąc ja powstrzymać, wskakują na tor lotu promienia, pokrywając bohaterów dziwną warstwą, zaś sama ginie od zaklęcia. Profesor Oak wraz z innymi przybywają na miejsce, zamierając z przerażenia. Na potykają trenerów zamienionych w posąg.
