Kolejna część przygód Rubyego, Sapphire i Emeralda. Tym razem bohaterowie muszą się zmierzyć z wielką asteroidą, która zmierza w kierunku ziemi. Na szali postawione zostały losy całego świata. Jeżeli w ciągu tygodnia nie uda im się znaleźć sposobu na zniszczenie meteoru, ziemia zostanie zniszczona! Ponadto jeden z tajemniczych Drakonidów – Zinnia, z osobistych powodów ciągle utrudnia wykonanie zadania bohaterom. Pojawią się również bohaterowie innych regionów oraz starzy wrogowie. Wszyscy jednak mają jeden cel: uratowanie planety.
Japońska nazwa: メタグロス、調べる
Rozdział rozpoczyna się pytaniem filozoficznym oraz rozważaniem na temat początku świata.Obecnie w Hoenn Steven bada tajemnicze freski wewnątrz jaskini Granitu. Mężczyzna jest nieco zdziwiony znaleziskiem, ponieważ sądził, że bardzo dobrze zna miejsce. Stwierdza jednak, że musiały być przysłonięte skałami, które osunęły się podczas walk między Groudonem a Kyogre. Kimberly, z którą właśnie rozmawiał Steven, pyta się o trenerów, których przyprowadził ze sobą mężczyzna. Ten stwierdza, że trenują przed jaskinią.
Tymczasem na skalistej plaży Sapphire trenuje dwie Kirlie – Ruru i Kiruru. Emerald zaś leży na pobliskiej skale, co nie podoba się zbytnio dziewczynie. Trenerka zachęca towarzysza do wspólnego treningu, jednak ten postanawia spasować i pyta się dziewczyny, dlaczego trenuje Kirlie. Sapphire przyznaje się, że chciałaby mieć Gardevoira oraz by jej pokemon ewoluował w tym samym momencie, co Kirlia Rubyego. Stwierdzenie te jeszcze bardziej zniechęca Emeralda do treningu. Chłopak żartuje, że w ten sposób by tylko przeszkadzał zakochanej parze. Sapphire nie zaprzecza, na dodatek podchodzi z większym entuzjazmem do treningu, co zwala Emeralda z nóg. Trener zastanawia się, czy dziewczyna zawsze była taka zakochana.
Nagle obydwie Kirlie zaczynają świecić. Jednak jedna z nich dotyka tajemniczego kamienia. W końcu pokemony przybierają swoje nowy formy jako Gardevoir i… Gallade! Sapphire jest zszokowana wyjątkową aparycją jej pokemona. Emerald nie może powstrzymać się od śmiechu, ponieważ teraz stworki wyglądają tak, jak ich trenerzy – dziewczęca Gardevoir dla Rubyego, oraz męski Gallade dla Sapphire. Trenerce nie podoba się nastawienie chłopaka i zaczyna go gonić z wielkim głazem w ręku.
W środku jaskini Granitu. Steven tłumaczy Kimberly, symbolizm rycin. Narysowany Kyogre ma wyrytą alfę, Groudon zaś omegę. Stwierdza, że te symbole musiały mocno wryć się w wiadomość pierwszych ludzi. Po chwili człowiek milknie, zastanawiając się nad głębszym symbolem znaków. Z amoku wyrywa go Kimberly, która 
pyta się mężczyzny, dlaczego sprowadził ją aż z Kanto. Wskazuje, na stojących nieopodal Swamperta, Blazikena i Sceptile’a, że one już nauczyły się ostatecznych ataków. Kobieta przypomina sobie, że trenerzy tych stworków byli w stanie dopracować ataki do perfekcji, dlatego mogli wspólnie przemóc kryzys w Strefie Walk. Steven jednak stwierdza, że dokonały tego, będąc w swoich normalnych formach. Stwierdzenie te zaciekawia kobietę. Mężczyzna przyznaje się, że sprowadził kobietę, by mogła nauczyć trenerów jak używać ostatecznych ataków, gdy pokemony są w stanie megaewolucji. Kobieta ma wątpliwości, ponieważ mało wie o samych megaewolucjach. Pyta się Stevena czy na pewno nada się jako nauczycielka. Mistrz stwierdza, że nie ma lepszej osoby na to miejsce. Zresztą przyznaje, że mega ewolucje to wciąż nieodgadniony fenomen, więc mało kto wie o nich coś więcej. Kimberly, widząc desperację rozmówcy, postanawia przyjąć propozycję.
Kimberly i Steven wychodzą na zewnątrz, tam widzą intensywna kłótnie między Sapphire a Emeraldem. Trenerkę, która trzyma wyrwaną palmę, powstrzymują startery. Dziewczyna opamiętuje się i próbuje wytłumaczyć co się stało z jej Kirlią. Steven wyjaśnia, że musiał dotknąć kamienia świtu. Mężczyzna stwierdza, że przedmiot musiał odłupać się z góry podczas treningu, po czym przedstawia trenerom Kimberly. Steven zauważa, że brakuje Rubyego. Sapphire tłumaczy, że chłopak musiał polecieć, załatwić ważne dla niego sprawy. Dziewczyna podkreśla, że przed tym chłopak podarował jej nowe ubrania. Emerald jest zaskoczony, że chłopak nie powiedział, dokąd zmierzył, ponieważ on sam to wie. Wyciąga prz
enośny telewizor i pokazuje Sapphire relacje z konkursu pokemon. W programie przedstawia się Lisia, idolka całego Hoenn. Jest prowadzącą, która wprowadza w świat Konkursów Pokemon. W dzisiejszym programie pokazał się specjalny gość – Ruby, którego Lisia jest wielką fanką. Sapphire jest wściekła, gdy uświadamia sobie, że to była jego bardzo ważna sprawa.
Po wywiadzie do Rubyego podchodzi Maryann i Ty. Kobieta stwierdza, że chłopak zmienia się nie do poznania, jeżeli chodzi o konkursy. Pyta również, czy chłopak będzie chciał dalej rozwijać się w tym kierunku. Ruby jednak przeczy i stwierdza, że nadchodzące wydarzenia nie pozwolą mu na uczestniczenie w konkursach pokemon, dlatego stwierdza, że to pewnie koniec jego kariery…
Japońska nazwa: ラティアス、飛ぶ
Wyspa Południa. Trener za pomocą Fletu Eon przywołuje do siebie Latias, która przyjęła formę dziewczyny. Chłopcem okazuje się Ruby, który zaczyna łaskotać Pokemona. Wtem pojawia się Latios i ostrzega siostrę, by nie opuszczała gardy. Latias uspokaja go i mówi, że to jeden z przyjaciół, którzy pomagali im w Strefie Walk podczas potyczki z potworem. Latios pyta zatem o powód wizyty, jednak odpowiada sobie sam — znów dzieje się coś niepokojącego. Pokemon zgadza się użyczyć chłopakowi swoich mocy, po czym bierze go na grzbiet i wzlatuje w niebo, zaś Latias nakazuje zostać na wyspie. W drodze pyta Rubiego, czy ma to coś, co posiada również duet Eon. Latios nazywa przeznaczeniem, że mają “to” w tym samym czasie, po czym trener narzuca sobie na rękę bransoletę.Tymczasem w mieście Dewford Sapphire, Emerald i Steven ćwiczą wraz z trójką starterów ataki ostateczne. Kobieta nadzorująca trenerów jest wściekła i rozczarowana efektami treningu. Każe im się skupić i wziąć w garść, bo nie mają teraz czasu na błędy. Dodaje, że niektóre Pokemony mają możliwość osiągnięcia jeszcze wyższej formy, tak zwanej Mega Ewolucji, a Blaziken, Sceptile i Swampert należą do tej grupy. Pyta ich, czy daliby radę kontrolować te ataki, gdyby były jeszcze silniejsze i czy Steven, aby na pewno nie przecenił Sapphire i Emeralda. Te słowa dodają im nowych sił i znów zaczynają doskonalić swoje ruchy. Steven również wydaje polecenie Swampertowi, by ćwiczył Wodny Kanon, a sam informuje Kimberly, czyli kobietę trenującą bohaterów, że musi wykonać pewny telefon. Mężczyzna, który odzywa się po drugiej stronie słuchawki, mówi, że znajduje się na pokładzie SS Tidal wraz z Brineyem i Drakiem. Pyta również o trenerów, o których Steven wspominał wcześniej: jednym z nich okazuje się syn lidera Sali w Petalburgu, Ruby, kolejna jest córką profesora Bircha, Sapphire, a trzeci to nikt inny jak Emerald, który podbił Strefę Walk. Dodaje, że to oni są kluczowymi postaciami w konflikcie między ziemią a morzem w Hoenn oraz w incydencie ze Strefy Walk z zeszłego roku. Mężczyzna zgaduje, że pewnie posiadają oni imponujące umiejętności, na co Steven uśmiecha się z politowaniem, twierdząc, że na początku byli trochę niechętni, jednak teraz trenują zawzięcie pod okiem Kimberly z wysp Sevii. Jako że Ruby załatwia swoje sprawy, na miejscu jest tylko jego Pokemon, Swampert. Nagle pada pytanie, czy Steven powiedział trenerom, co stanie się z ich planetą. Chłopak odpowiada, że jeszcze nie, a przynajmniej nie bezpośrednio i zgadza się, by zrobił to mężczyzna, z którym rozmawia. Ste
ven obiecuje, że odezwie się, gdy zjawi się Ruby, tymczasem wysyła rozmówcy rysunki naskalne i prosi, żeby rzucił na nie okiem, a sam żegna się i rozłącza.Briney zawiesza mężczyźnie rękę na szyi i chwali go, że ma bardzo zaradnego syna. On sam uważa, że punktu widzenia rodzica, jego syn zawsze był zaradny. Drake zaś mówi, że chłopak patrzy na świat ze spokojem i opanowaniem, dokładnie jak jego ojciec, więc wspaniale nadaje się na przywódcę. Mężczyzna zawstydza się i postanawia przyjrzeć się bliżej naskalnym rysunkom. Wszyscy trzej są nieco zdziwieni, bo rysunki przedstawiają Groudona i Kyogra, jednak mają one na rękach symbole omega i alfa. Jednak bardziej ich uwagę przykuwa coś na kształt komety, przecinającej niebo, na której znajduje się symbol delta.
Konus
Japońska nazwa: ネンドール、念じる
Pan Stone, Briney i Drake przyglądają się fotografii przesłanej przez Stevena. Ich uwagę przykuwa szczególnie znak Delty, a Drake, który ma w tej kwestii największą wiedzę, prosi o czas do namysłu, bo nie chce wysuwać pochopnych wniosków. Mimo to pozostała dwójka zauważa, że widok symbolu wcale go nie cieszy.Tymczasem na wyspie Dewford posiadacze Pokexeda kończą swój trening. Kimberly jest zadowolona z ich postępów, mając w pamięci fakt, jak wiele czasu musiała pracować z Goldem. Gdy staruszka widzi startery oczami wyobraźni już widzi ich megawyewoluowane formy. Steven zastanawia się, czy to już pora oddać Kamienie Megaewolucji Pokemonom.
Sapphire niepokoi przedłużająca się nieobecność Ruby’ego. Chłopak, który rzekomo przebywa na występie w Rustboro powinien już dawno dotrzeć na trening. Sapphire zauważa zdenerwowanie Emeralda i domyśla się, że kolega coś przed nią ukrywa. Sapphire wie, że Ruby lubi wszystko robić sam i dziewczyna martwi się, czy tym razem nie wpadł w poważne kłopoty. Emerald uspokaja koleżankę, przypomina jej, że Ruby obiecał spędzić
z nią więcej czasu po dzisiejszym treningu, więc na pewno się pojawi.
Tymczasem Latios z Rubym podróżują w przestworzach. Pokemon poucza chłopaka, że do tej misji będą potrzebne wszystkie jego umiejętności, a ich serca muszą się połączyć. Ruby koncentruje się i chwilę później Latios przechodzi Mega Ewolucję. W tej jego formie możliwe jest Podniebne Szybowanie, które umożliwia błyskawiczne poruszanie się po regionie. Na tej wysokości widać cel ich podróży-Wieżę Włóczni. Ruby przypomina sobie, że jego ojciec opowiadał mu o tym miejscu, gdy szkolił Wally’ego. Budynek ma 50 pięter, a żeby przejść na kolejny poziom, trzeba ominąć wszystkie pułapki i dzikie Pokemony. Latios pociesza kolegę i mówi, że w razie problemów natychmiast się zjawi. Ruby jednak martwi się nie siłą swoich podopiecznych, ale wszechobecnym brudem. Nagle zauważa dzikiego Claydola i przywołuje Castforma. Z jego pomącą, szybko toruje sobie drogę do następnego piętra.
Ruby nagle słyszy żeński głos, który chwali umiejętności jego i Castforma. Jednocześnie wspomina Groudona i Kyogre’a, który też potrafili zmieniać pogodę, oraz ich ostatnią walkę. Dodatkowo wychwala siłę Pokemona, który ostatecznie ich rozdzielił – Rayquazę. Ruby chce złapać dziewczynę z wieży i dowiedzieć się o niej czegoś więcej, ale ona zręcznie ucieka. Latios martwi się o chłopaka, który nie zdaje sobie sprawy z niebezpieczeństw Wieży Włóczni. Gdy Ruby biegnie przez jedno z pięter, podłoga się pod nim zapada, ale Eon zapobiega upadkowi. Dziewczyna, która obserwuje całą scenę, nudzi się pogonią i bezczeszczeniem Wieży stworzonej przez jej przodków, i przywołuje Salamence’a. Smok jednym machnięciem łapy odrzuca na ścianę swoich przeciwników. Ruby ironicznie wypomina wybór Pokemona i pokazuje swoją bliznę na czole, a Salamence jeszcze raz atakuje Ognistym Podmuchem. Nieznajoma dziewczyna chce odejść na szczyt wieży, ale gdy przywołuje swojego Whismura, Pokemon się jej nie słu
cha. Mały Aster jest zajęty zjadaniem Pokeblocków ziemi, a gdy jego trenerka schodzi po niego po schodach, Ruby łapie ją za rękę i unieruchamia. Dowiadujemy się, że dziewczyna nazywa się Zinnia, a Ruby chciał się z nią spotkać w wieży, bo chce dowiedzieć się czegoś więcej o zbliżającej się katastrofie.
Tymczasem w planetarium miasta Mossdeep profesor Cozmo rozmawia przez telefon z panem Stonem. Po rozmowie jeden z jego asystentów podaje mu analizę ostatnich danych, z których jasno wynika, że asteroida pędzi wprost na planetę. Według przewidywań naukowców asteroida uderzy w małą wyspę na trasie 131 już za dziesięć dni, co spowoduje zniszczenie całej Ziemi.
Japońska nazwa: ボーマンダ、化わる
Zinnia nie jest zaskoczona tym, że Ruby chce rozmawiać o asteroidzie. Wykorzystuje fakt, że chłopak skupia na niej całą swoją uwagę i z pomocą Salamence’a uwalnia się z potrzasku. Dziewczyna aktywuje swój Kamień Kluczowy i Mega Ewoluuje swojego smoka. Latios szarżuje na Salamence’a, ale po ewolucji jego obrona znacznie wzrosła i atak nie przynosi żadnego rezultatu. Ruby nie traci czasu i również używa kryształu, a Latios również przechodzi Mega Ewolucję. Salamence używa Hiper Głosu, a Ruby zdaje sobie sprawę, że specjalna umiejętność wrogiego smoka wraz z ewolucją się zmieniła. Wszystkie jego ataki, które normalnie są typu normalnego, stały się ruchami powietrznymi. Po wymianie ciosów Latios powala przeciwnika na ziemię.Zinnia wspomina wydarzenia sprzed 9 lat, gdy jeden ze smoków został uwięziony przez Stowarzyszenie Pokemon. Gdy dziewczyna próbowała go uwolnić, mały Ruby wywołał zamieszanie stając do walki z Salamencem.
Zinnia domyśla się, że PokeBlocki, które zajadał jej Aster, również zostawił chłopak. Podziwia swojego rywala, że tak prędko odgadł naturę stworka i dobrał smak przysmaku, żeby Whismur nie mógł się powstrzymać przed zjedzeniem go. W ramach nagrody dziewczyna postanawia podzielić się wiedzą o zbliżającej się katastrofie.
Tymczasem w mieście Slateport, jedna z fanek Ruby’ego, Lisia, podziwia umiejętności swojego idola. Dziewczyna jest zachwycona tym, że Ruby krótkim spojrzeniem potrafi określić naturę Pokemona. Wraz z nią jest jej kolega, Chaz, który wyraźnie ma dość rozmów o Rubym. Dziewczyna nie chcąc dłużej się kłócić pokazuje mu nowy projekt przebrania Pikachu, który jest również pomysłem Ruby’ego. Projekt przewiduje takie stroje jak Panienkę, Gwiazdę Rocka, Popu, Wojownika i Doktora. Chaz jeszcze bardziej irytuje się tym i gdy postanawia opuścić stadion, Lisia opowiada mu o swojej ostatniej rozmowie z reporterami.
Kilka dni temu Ruby rozmawiał z Gabby na temat swojego ostatniego występu. Chłopak przyznał, że nie ma planów na najbliższą przyszłość, chociaż przewiduje, że ostatni raz startował w konkursach. Załamana Lisia postanowiła śledzić chłopaka i gdy dotarli na wybrzeża, widzi, że Ruby odpłynął na Wailordzie.
Chaz chce zdenerwować Lisię i twierdzi, że Ruby znalazł sobie przyjemniejsze zajęcie od konkurów i chce mu poświęcić całą swoją uwagę. Dziewczyna nie chce w to uwierzyć i na dowód przedstawia inne kostiumy, również zaprojektowane przez Ruby’ego, ale tym razem dla ludzi. Nagle do Lisi dzwoni jej wujek, a dziewczynka żali mu się, że Chaz jest dla niej niemiły.
Na szczycie Wieży Zinnia pokazuje położenie asteroidy na niebie. Dziewczyna opowiada Ruby’emu o nadchodzącej zagładzie i o pozostałym czasie. Jednocześnie przyznaje się, że klan, z którego się wywodzi, już od dawna o katastrofie wie. Członkowie jej rodziny przekazywali sobie wiedzę, która ocali planetę przez blisko 1000 lat, a Zinnia jest ostatnią z rodu i na niej ciąży odpowiedzialność. Dziewczyna mówi, że nie chce od nikogo pomocy i oskarża korporację Devon o celowe utrudnienie jej działań. Ku jej zdziwieniu Ruby zaczyna się śmiać. Pokazuje Zinnie swoją bransoletę z kryształem i przyznaje, że dostał ją od Stevena. Chłopak dziękuje za 
wszystkie informacje, a Zinnia również dziękuje mu i za dzisiejszą walkę i wcześniejszą z Salamencem, dzięki której tajemniczy smok uciekł z laboratorium. Dziewczyna opuszcza wieżę razem z Asterem.
Tymczasem statek SS Tidal dopływa do brzegu wyspy. Pan Stone przez lornetkę obserwuje trening Posiadaczy Pokedexa i widzi, że startery opanowały już Mega Ewolucję. Prezes chce już zejść na brzeg, a Briney dziwi się, że nie czekają na Ruby’ego. Stone oznajmia, że nie ma czasu do stracenia, a Pokemony Sapphire i Emeralda mają dość energii na wykonanie Przesunięcia Wymiarowego.
Japońska nazwa: サクラビス、色づく
Rankiem w Podniebnej wieży. Red rozpalił ognisko za pomocą gałązek i robi swój specjał – zupę z jagód. Danie proponuje Latiosowi, jednak pokemon grzecznie odmawia. Smoczy stwór przyznaje się, że jest zaskoczony, ponieważ, zgodnie z relacją Emeralda, Ruby ma zwyczaj gotowania obiadów, nawet jeżeli znajduje się w oddaleniu od cywilizacji. Chłopak przyznaje się, że zdobył taką umiejętność, gdy trzy lata temu wyruszył wraz z Sapphire w podróż po Hoenn w celu skolekcjonowania danych do pokedexu profesora Birtcha…Czasy po starciu z Archim w Strefie Walk. Ruby i Sapphire wsiadają na Wailulu w celu zbadania świata. Pierwszym krokiem była pobliska wyspa. Potem jakoś to poszło: odkryli mnóstwo pokemonów, które nie należą stricte do regionu Hoenn. Razem jedli, obserwowali zachowania pokemonów oraz spali w tym samym miejscu.
Ruby kończy wspominać i staje się dosyć ponury, ponieważ przypomina sobie, że wszystko jest bez sensu, bo za 10 dni świat się skończy.
W zeszłym tygodniu Ruby i Emerald zostali wezwanie przez Stevena. U niego chłopcy dowiedzieli się o zbliżającym się niebezpieczeństwie, czyli zderzeniu się wielkiego meteorytu z ziemią. Steven również stwierdził, że istnieją ludzie, którzy nie wierzą w możliwości korporacji Devon, dlatego tworzą działania przeciwko ich firmie, by móc powstrzymać ich w stosowaniu środków zapobiegawczych. Tworzą oni zagrożenie, które może doprowadzić do pogorszenia obecnej sytuacji, dlatego Steven nie chce dopuścić do samowolki przeciwników. Wie, że jeżeli plany nabiorą innego obrotu, będą musieli walczyć z wrogiem. Ruby pyta się, co powinni w tym przypadku zrobić i gdzie się udać. Mężczyzna przyznaje, że muszą przygotować się do walki z przeciwnikiem, dlatego prosi, by chłopcy użyczyli mu siły. W razie zgody przygotował dla nich specjalne przedmioty z kolorowym kamieniem pośrodku. Ruby od razu godzi się na prośbę Stevena, ponieważ stwierdza, że kamień w przedmiocie jest piękny. Po chwili chłopak robi się poważny. Przyznaje, że zgodzi się na taki układ, jeżeli Steven spełni jego warunek. Wie, że człowiek wybrał ich, ponieważ są posiadaczami pokedexa, wie, że mężczyzna ma zamiar powiedzieć też Sapphire, która dzierży ten sam tytuł, co chłopcy. Ruby prosi Stevena, by nie mówił dziewczynie o tym, że planeta zostanie zniszczona. Chce, by powiedział jej okrojoną prawdę o tym, że wróg zagraża korporacji Devon, a ona ma pomóc walczyć z przeciwnikiem. Steven zgadza się na ten warunek…
Ruby przyznaje, że nie do końca mógł uwierzyć w koniec świata. Jednak słowa Zinni rozwiały wszelkie jego wątpliwości.
Tymczasem Zinnia leci na swoim Salamance’u. Dziewczyna wierzy, że Ruby jest dobrym chłopakiem. Niestety sprawy mają się inaczej, odkąd pokazał swój kluczowy kamień, który dostał od jej wroga. Zastanawia się jakim cudem korporacja Devon zdobyła kamienie. Kobieta wykrzywia się ze złością na myśl o tej firmie. Zauważa jednak, że straszy swoją Aster. Teraz kobieta chce się skupić na ratowaniu świata. Upewnia Wishmura, że wie, co robi. Musi się skupić na świętym smoku, ponieważ jest to misja, którą powierzyli jej przodkowie.
Tymczasem Sapphire i Emerald są zajęci trenowaniem mega Blazikena i mega Sceptile’a. Steven gratuluje trenerom dokonania megaewolucji. Człowiek tłumaczy, że jest to ewolucja nad ewolucjami. Sapphire jest zaskoczona, że jej Toro jeszcze może ewoluować. Nagle Blaziken wraca do swojej poprzedniej formy. Dziewczyna jest zszokowana tym zjawiskiem. Steven tłumaczy, że megaewolucja działa tylko podczas walki. Człowiek postanawia st
reścić nieświadomym trenerom, czym jest megaewolucja. Tłumaczy również specyfikacje kamieni – jeden musi trzymać pokemon, drugi trener. Sapphire stwierdza, że nosząc bransoletę z kluczowym kamieniem, czuje dziwne ciśnienie oraz siłę wydobywającą się z kamienia. Człowiek tłumaczy, że kamienie pobierają energię życiową od trenera, wtedy mega kamień wchodzi z w interakcję z tą energią. Dzięki nimi człowiek i pokemon są przez jakiś czas połączeni. Dlatego megaewolucje nie działają na dzikich pokemonach. Trenowany pokemon nawiązuje więź z trenerem, dlatego połączenie może zdarzyć się tylko tą drogą. Kimberly nie kryje zaskoczenia, ponieważ po raz pierwszy w życiu widziała megaewolucje. Kobieta stwierdza, że pokemony trenerów w pełni opanowały ostateczne ataki, nawet przybierając swoje nowe formy, więc pozwala na dalszy ich trening.
Sapphire pociesza Zuzu, że niedługo Ruby również dołączy do treningu i sam uzyska megaewolucję. Dziewczyna zwraca się do Stevena z pytaniem, kim są przeciwnicy. Człowiek cieszy się z wyczucia czasu dziewczyny i wyciąga list z ostrzeżeniem. Dziewczyna jednak wciąż ma problemy z czytaniem, więc treścią zajmuje się Emerald. W liście napisane jest, by Devon natychmiast zaprzestał stosowania swojej technologii, która według nadawcy jest zakłamana. Jeżeli jednak Devon nie dostosuje się do ostrzeżenia, autor listu postara się, bo firma została zniszczona. Podpisali Drakonidy. Sapphire jest zaskoczona, ponieważ myślała, że zespół Aqua i Magma to jedyne złe organizacje w regionie. Steven stwierdza, że drakonidy to ludzie żyjący w zgodzie ze smoczymi pokemonami. Są silni i niesamowicie odważni. Człowiek stwierdza, że nie sądzi, by byli wrogami. Sapphire obiecuje Stevenowi, że opanuje megaewolucje do perfekcji, więc pogania do tej roboty Emeralda. Zostaje jednak powstrzymana przez samego pana Stone w towarzystwie Drake’a i Brineya. Po przywitaniu ojciec chce poważnie porozmawiać ze Stevenem, w tym celu zaprasza wszystkich na pokład statku, którym przypłynęli. Mężczyzna tłumaczy to tym, że miasto Dewford jest zbyt mocno zaludnionym miastem, więc plotki mogłyby się szybko rozsiać. Pan Stone postanawia zabrać trenerów w miejscu, gdzie by mogły spokojnie trenować, czyli do opuszczonego Morskiego Mauville.
Tymczasem na wchód od Lilycove, w starej kryjówce zespołu Aqua. Na miejsce przyszedł Amber z nadzieją, że odnajdzie swoich towarzyszy. Wspomina, jak jego organizacja zdołała przebudzić legendarnego pokemona, który miał zmyć wszystkich, którzy przeciwstawiali się oceanom. Teraz jednak wszyscy go opuścili. Wie, że sam zdradził swój zespół, ale po tym wszystkim pragnął wrócić, by znów dołączyć się do organizacji, chociaż wie, że świetność jego zespołu należy do przeszłości. Nagle oczom chłopaka ukazują się Matt i Shelly, którzy w radosnym geście machają do mężczyzny. Człowiek jest przez chwilkę szczęśliwy, jednak natychmiast uświadamia sobie, że coś jest nie tak. Przypomina sobie mężczyznę, który specjalizował się w ognistej iluzji. Człowiek wybiera Gorebyssa, który atakuje w iluzję swoich przyjaciół. Za plecami Ambera pojawia się członek Zespołu Magma – Mack/Blaise, który stwierdza, że mają wspólny interes…
Japońska nazwa: スピアー、かまえる
W dawnej kryjówce zespołu Aqua dochodzi do konfrontacji jego dawnego członka, Amber, ze specjalistą ognistej iluzji z zespołu Magma, Mackiem — jednym z byłych przywódców. Okazuje się, że ten drugi chce podjąć współpracę z napotkanym mężczyzną, jednak tamten stanowczo odmawia i każe Mackowi odpuścić to miejsce. Gdy członek Magma zdaje się nie brać na poważnie jego słów, Amber wykorzystuje zebraną zewsząd wodę, pozostałą po Hydro Pompie, i atakuje nią Macka oraz jego Slugmę. Ten ruch to tak zwana Kropla Terroru, która tworzy atak silniejszy niż nawet sama Hydro Pompa, jak i również uniemożliwia odnalezienie jego źródła. Mack, podnosząc się z ziemi, wyraża podziw dla umiejętności byłego podprzywódcy Aqua. Amber zaś grozi mu, że jeśli jeszcze raz się tu pojawi, to pożałuje. Mack wyjaśnia, że nie ma zamiaru się bić i wyjawia prawdziwy powód swojej wizyty — chce połączyć z nim siły ze względu na skaner, który wykrywa Niebieską i Czerwoną Kulę. Amber jest zszokowany i upewnia się, czy chodzi o przedmioty, za pomocą których ich liderzy kontrolowali legendarne Pokemony. Mack potwierdza jego słowa i wyjaśnia, że cztery lata temu, kiedy Kyogre i Groudon przestały walczyć, a liderzy zespołów zaginęli, Mack wykorzystał skaner, by odnaleźć Kule — zostały one roztrzaskane i przyjęły kształt kamieni. Na miejscu spotkał również czworo podejrzanych ludzi, którzy prawdopodobnie przyszli po to samo, co on. Jeden z nich uwalnia Beedrilla. Mack jest sparaliżowany ze strachu i nie wie, co ma robić. Ostatecznie Kule zostają zabrane do innego regionu, Kanto, jednak były członek zespołu Magma nie poddał się i przez ostanie l
ata prowadził życie normalnego trenera, cały czas monitorując położenie Kul. W końcu ich odłamki zaczęły się przemieszać w stronę regionu Hoenn. Mogą stać za tym ci tajemniczy ludzie, którzy wywieźli je do Kanto, ktoś, kogo zupełnie nie znają lub ich dawni szefowie, którzy znowu je odnaleźli.Amber postanawia połączyć siły z Mackiem, mając nadzieję na reaktywację zespołu Aqua i powrót dawnych przyjaciół. Mack zaś ma co do przyszłości inne plany i wie o czymś, czego nie wyjawił Amberowi.
Oddział stacji telewizyjnej w Hoenn. Tyler i Maryann chcą bezzwłocznie przeprowadzić wywiad z Rubym, gdyż są zaniepokojeni jego ostatnim zachowaniem. Maryann nie dają spokoju jego słowa mówiące o “ostatnim razie” – chce za wszelką cenę dowiedzieć się, co miał na myśli i ma zamiar objechać pół Hoenn i wypytać o to, kogo się da. Przy wyjściu z budynku napotykają Absola, który pojawia się, by ostrzec ich przed nadchodzącym niebezpieczeństwem. Maryann prosi Pokemona, by zabrał ich tam, gdzie dzieje się coś niepokojącego.
Tymczasem bohaterowie docierają w końcu do Morskiego Mauville. Dawniej było to miejsce, z którego wydobywano surowce z głębin morza; należało do korporacji, będącej największą konkurencją Devon. Z powodu braku decyzji o rozbiórce, obiekt stał się miejscem dla roślin i Pokemonów, a potem przekształcono go w pomnik przyrody. Emerald i Sapphire są w tym miejscu po raz pierwszy i bardzo im się tu podoba; chłopak chce pobrać próbki gleby, a koleżanka ma zamiar mu pomóc. W tym samym czasie Steven rozmawia ze swoim ojcem na temat pochłaniacza, który trzeba najpierw rozładować, a potem naładować, a że zajmie to pół dnia, trenerzy dostają czas wolny. Podekscytowana Sapphire od razu wskakuje do wody, nie czekając, aż łódka dopłynie do brzegu i zachęca Emeralda, żeby zrobił to samo.
Wszyscy docierają już na miejsce i Kimberly pyta Brineya, co to jest ten cały pochłaniacz, jednak ten zbywa ją, z powrotem wsiada do łódki i odpływa.
Emerald dowiaduje się, że spowodowana częściowym zanurzeniem w wodzie erozja pozwoliła na stworzenie w obiekcie idealnych warunków do życia pewnego rzadkiego gatunku roślin.
Sapphire oznajmia towarzyszowi, że codzienne czytanie przewodnika nie jest najlepszym sposobem na spędzanie wolnego czasu, a chłopak przyznaje jej rację i postanawiają rozejrzeć się po okolicy.
W jednym z pomieszczeń Emerald znajduje mnóstwo zabawek w kształcie Pokemonów. Jego uwagę zwracają Plusle i Minun, które, w przeciwieństwie do reszty, nie są pokryte kurzem. Okazuje się, że są to prawdziwe stworki, które kopią trenera
prądem. Zamieszanie zwraca uwagę Sapphire, która rusza koledze z odsieczą. Na widok elektrycznych myszy jest zszokowana i okazuje się, że skądś już je zna.Kimberly nie może spać i rozmyśla, siedząc na relingu łodzi. Dołącza do niej Briney, a kobieta wyjaśnia mu, że jej bezsenność spowodowana jest zbliżającą się katastrofą i przeciwnikami Devon. Spokoju nie daje jej również to, co Briney powiedział jej o maszynie absorbującej — urządzenie zasilane jest energią życiową Pokemonów Emerlada i Sapphire, dlatego poddali je specjalnemu treningowi. Kimberly pyta mężczyznę, co sądzi o strategii Josepha Stone’a, lecz on sam nie jest jej pewien. Wie zaś, że niedługo ich planeta może zniknąć.
Emerald budzi się w nocy, bo zachciewa mu się siku. Idąc na zewnątrz, podsłuchuje rozmowę Stevena z ojcem, jednak puszcza ją mimo uszu, twierdząc, że gadanie dorosłych jest nudne. Zastanawia się również, dlaczego Ruby tak długo nie wraca, tymczasem za jego plecami zaczyna otwierać się coś w rodzaju portalu.
Konus
Japońska nazwa: フーパ、ゆがめる
Emerald odwraca się i spostrzega tajemniczą obręcz. Na jednej z jej krawędzi zauważa rękę w czarnej rękawiczce, a gdy próbuje jej dotknąć, obrywa ową obręczą po głowie. Zaaferowany wbiega z powrotem do swojego pokoju, chwyta urządzenie ze swoją podobizną i uwalnia Sceptile’a, po czym ponownie udaje się na miejsce niesamowitego zjawiska. Widzi jedynie zacieniony obiekt, który nie reaguje na żadne próby komunikacji. Używa zatem swojego urządzenia i Gleby Spokoju. Wtem nadbiega zszokowany Steven, a Emerald wyjaśnia mu zaistniałą sytuację. Gleba Spokoju jednak okazuje się nieskuteczna i Pokemon wciąż pała agresją – prawdopodobnie nie należy on do fauny Morskiego Mauville. Steven poleca trenerowi oszczędzać siły Sceptile’a, sam zaś przywołuje Metagrossa. Następnie łączy Kluczowy Kamień z Metagrossitem, dzięki czemu Pokemon przechodzi Megaewolucję. Emerald jest podekscytowany, gdyż widzi ten proces pierwszy raz w życiu. Wyjaśnia się również, że brosza przy marynarce młodego Stone’a jest tak naprawdę Mega Kamieniem. Steven rozkazuje użyć swojemu podopiecznemu Metalowego Pazura, jednak chybia ze względu na szybkość tajemniczego Pokemona. Emerald po raz kolejny używa swojego urządzenia. Wtedy stworek uśmiecha się i znika. Bohaterowie są zaniepokojeni pojawieniem się kolejnego niebezpieczeństwa. Steven pyta Emeralda o jego umiejętność uspokajania Pokemonów za pomocą gleby. Działa to w ten sposób, że aplikuje do swojego E-shootera próbkę gleby ze środowiska, z którego wie, że pochodzi dany Pokemon. Stworki łagodnieją, gdyż popadają w nostalgię związaną z obecnością ich rodzimej ziemi. Wyjaśnia, że czasem nie wie, jaka gleba jest domem dla konkretnego stworka, lecz nie stanowi to największego problemu. Najbardziej trapi go fakt, ż
e nie zadziałała gleba z wyspy Faraway. Miejsce jest bowiem domem legendarnego Mew, który uznawany jest za protoplastę wszystkich Pokemonów, zatem ziemia stamtąd jest bliska każdemu kieszonkowemu stworkowi.Jeszcze jedna rzecz nie daje mu spokoju — odniósł wrażenie, że mieli do czynienia z dwoma Pokemonami, bo wewnątrz obręczy zobaczył parę oczu.
Ruby wraz z Latiosem są u kresu swojej misji, więc chłopak ma zamiar udać się do Stevena i opowiedzieć mu o ostatnich wydarzeniach. Latios pyta trenera co sądzi o tym wszystkim. Ciekawi go również, że wiedział, kim jest dziewczyna, mimo że widział ją po raz pierwszy. Ruby wyjaśnia mu, że po spotkaniu ze Stevenem, kiedy ustalili, by informację o zbliżającym się niebezpieczeństwie zataić przed Sapphire, wraz z Emeraldem udali się na rozmowę. Chłopcy zgodnie uznali, że trzeba by było zasięgnąć czyjejś rady w tej sprawie, jednak nie mieli pojęcia czyjej. W końcu postanowili nie martwić swoich bliskich i zachować wszystko w sekrecie. Nagle Ruby przypomniał sobie członkinię zespołu Magma, Marge, twierdząc, że chciałby teraz z nią porozmawiać. Wyciągnął z plecaka zapalniczkę w kształcie rogu, która pomogła mu znalezieniu informacji o ojcu. Każdy członek zespołu Magma posiadał takową zapalniczkę, która zapisywała ich wspomnienia. Jedno z nich dotyczyło odkrycia przez Marge szpiega — była nim właśnie Zinnia, Drakonid. Znalazłszy potrzebne jej informacje, uciekła. Marge już miała ruszyć za nią w pościg, jednak jej szef powstrz
ymał ją, twierdząc, że dziewczyna dała im informacje konieczne do pokonania Archiego.
Ruby uważa, że rozmowa ze Stevenem nie będzie należała do najłatwiejszych. Zastanawia się, czy nie zostawić wszystkiego w rękach Zinni, w końcu Drakonidy już od tysiąca lat wiedzieli o katastrofie, więc z pewnością są na nią przygotowani. Nie jest jednak do końca przekonany co do samej dziewczyny. Rozmowę trenera z Latiosem przerywa nagłe pojawienie się grupy mężczyzn, lecących z pomocą Flygonów, którzy osaczają Rubiego.
Konus
Japońska nazwa: ヤドラン、ひらめく
Mężczyźni przywołują Mawile, Slowbro i Sableye, które, zaatakowane przez Latiosa, zdają się nie odnieść żadnych obrażeń, do tego utrzymują się w powietrzu. Gdy Ruby pyta o to wrogów, odpowiadają, że to oni są od zadawania pytań i chcą wiedzieć, co robił w Podniebnej Wieży. Okazuje się, że przeciwnicy Rubiego to Drakonidy – Renza, Jinga i Toma-Toma. Slowbro Jingi przechodzi Megaewolucję i używa Ziewania na Latiosie. Kiedy trener nazywa ich przyjaciółmi Zinni, stanowczo zaprzeczają i Slowbro ponownie rusza do ataku, tym razem Skupionym Uderzeniem. Drakonidy dociekają, o czym chłopak rozmawiał z Zinnią i pytają go, co planuje. Ruby jest skonsternowany i nie wie, o co w całej sytuacji chodzi. Dodatkowo dalej nurtuje go kwestia Pokemonów utrzymujących się w powietrzu. Latios objaśnia mu, że to wszystko przez chmury aerodynamiczne, które pozostawia za sobą lecący smok. Nie są one jednak widoczne gołym okiem. Renza potwierdza jego słowa, dodając przy okazji, iż ze względu na bliskie relacje Drakonidów ze smokami, są oni w stanie je zobaczyć i do tego manipulować nimi w taki sposób, by umożliwić swoim stworkom lewitację. Ruby uznaje te informacje za zbędne — bardziej interesuje się tym, dlaczego mężczyźni twierdzą, że nie przyjaźnią się z Zinnią. Mówi, że sam osobiście stoi po stronie korporacji Devon i pyta, czy to dlatego go zaatakowali. Drakonidy wydają się zszokowani tą informacją i przerywają walkę, żeby się naradzić. Następnie po raz kolejny pytają go, o czym rozmawiał z Zinnią. Ruby opowiada, iż dziewczyna oznajmiła mu, że Drakonidy wiedzą o zbliżającym się końcu świata już od tysiąca lat, sama zaś jest następczynią tej wiedzy i uważa Devon za wroga. Mężczyźni twierdzą, że to kłamstwo, a prawdziwym następcą jest Aster. Trener przypomina sobie, że Aster to Whismur i wydaje mu się to nieco dziwne. Drakonidy wyjaśniają, że Aster była prawdziwą następczynią, której niestety już z nimi nie ma. Zinnia to tylko kandydatka, wybrana na jej miejsce. Mężczyźni nie są z tego powodu zadowoleni, gdyż młoda Drakonidka nie ma specjalnej umiejętności, niezbędnej do powstrzymania katastrofy. Pytają jeszcze, czy miała prz
y sobie zwój, lecz Ruby jest niemal przekonany, że nie. Nagle Toma-Toma ostrzega go przed spadającym kawałkiem meteoru – wygląda na to, że katastrofa powoli się rozpoczyna. Renza mówi, że działania Zinni są bezsensowne i wspomina coś o ujeżdżaniu smoka oraz Rayquazie. Jego wywód przerywają kolejne spadające meteory, więc mężczyźni żegnają się z trenerem i uciekają. Latios również proponuje Rubiemu, żeby się stąd wynieść. Chłopak zamyśla się na temat tego, co powiedział Renza i spada z Latiosa. Pokemon próbuje go złapać, jednak obrywa odłamkiem meteoru w plecy i obaj wpadają do wody.Ruby odzyskuje przytomność w nieznanym miejscu. Jego największym problemem po przebudzeniu okazują się brudne ubrania i brak czystych zamienników w plecaku. Dopiero chwilę później sprawdza, czy wszystkie jego Pokemony są bezpieczne w Pokeballach i gdzie podział się Latios. Pokemon znajduje się kilka kroków dalej i zwraca na siebie uwagę chłopaka, będąc w towarzystwie stworka zamieszkującego tę wsypę. Jak się okazuje, to on zajął się nimi, gdy byli nieprzytomni. Ruby jest zauroczony wyglądem nowo poznanego Pokemona i uważa, że świetnie nadawałby się do Pokazów. Chwilę później jego zapał gaśnie, bo przypomina sobie, że być może już z nikim się nie zobaczy. Latios jest zdziwiony zachowaniem chłopaka. Ten wyjaśnia mu, że gdy zobaczył spadające części meteoru, uświadomił sobie, że koniec świata jest coraz bliżej. Ruby jest załamany, że ma tak mało czasu, by zrobić jeszcze tak wiele rzeczy, których nigdy nie doświadczył. Ma również żal do siebie za skrywanie swoich prawdziwych uczuć. Szkoda mu jeszcze wielu innych rzeczy, których mógłby dokonać, gdyby nie fakt, że katastrofa jawi się coraz bardziej realną. Kiedy już wylewa wszystkie swoje tłumione uczucia, dostaje nowej energii i zastanawia się, co powinien zrobić teraz. Uzyskał wiele no
wych i ważnych informacji, jednak nie ma jak się nimi podzielić z innymi. Latios proponuje, by wykorzystać jego umiejętność przekazywania myśli ze swoją siostrą, Latias, dzięki czemu Ruby będzie mógł zobaczyć to, co ona. Chłopakowi ukazują się jego przyjaciele w towarzystwie pana Stone’a w momencie, gdy ich Pokemony – Blaziken i Sceptile – przechodzą Megaewolucję. Stone mówi trenerom, by kazali użyć swoim podopiecznym Ostatecznych Ataków, by podnieść ich energię życiową, konieczną do naładowania pochłaniaczy. Nagle całe Morskie Mauville zaczyna się trząść, a Pokemony stojące w pochłaniaczu zdają się cierpieć. Wtedy wizja się urywa, bo Latias nie mogła już dłużej tego oglądać. Ruby zaczyna wtedy wątpić w słuszność działań korporacji Devon. Mówi Latiosowi, że powinni wyruszyć w drogę. Pokemon uświadamia go, że jeśli nie chce pomóc Devon, pomaga w ten sposób Zinni. Ruby zaprzecza, mówiąc, że ma inny plan – jeśli ktoś chce na Rayquazie przedrzeć się przez niebo, by zostać następcą wiedzy i ochronić Ziemię przed tragedią, nie będzie to Zinnia, a on.Konus
Japońska nazwa: ヌメルゴン、吐く
Ruby przyznaje, że gdy wreszcie pozbył się tłumionych emocji, czuje się rześko. Latios jest zadziwiony, że ludzie potrafią tak drastycznie się zmieniać w tak krótkim odstępie czasu. Uważa, iż Ruby nie jest już tym samym chłopakiem, którego poznał w Strefie Walk. Jego przemiana pozwoliła Pokemonowi na Megaewolucję i mówi, że trener jest jedynym człowiekiem, z którym mógł połączyć się w tej erze. Ruby objaśnia Latiosowi swój plan: udadzą się do Morskiego Mauville, gdzie ma zamiar przeprosić Sapphire, podziękować Emeraldowi i jednocześnie poprosić ich o pomoc w odnalezieniu Rayquazy. Zaznacza, że mają mało czasu i niewiele wskazówek. Na pytanie Pokemon chłopak odpowiada, że są dokładnie cztery: Podniebna Wieża, którą już sprawdzili i nie znaleźli nic; Planetarium w mieście Mosdeep, gdzie znajdują się nagrania z poszukiwań jego ojca; trzecią poszlaką może być wioska Drakonidów, której położenia, niestety, nie znają – Ruby liczy, że Sapphire posiada jakieś dane na ten temat; ostatnią zaś jest miejsce, z którego uciekła ostatnim razem – Laboratorium Stowarzyszenia Pokemon.Sapphire zauważa, że róg Ruru zaczyna świecić i zastanawia się, czy Pokemon nie wyczuwa przypadkiem uczuć Ruby’ego. Spostrzega też przerażenie Plusle i Minun, które czepiły się jej nóg; równy niepokój wzbudzają w niej miny stworków znajdujących się w pochłaniaczu. Zwraca się z tym do Stevena – pyta, czemu służył ich specjalny trening, czy wywoływanie bólu ich Pokemonom jest konieczne i czym jest to całe „przesunięcie rzeczywistości”. Ni
e otrzymuje jednak odpowiedzi, gdyż w laboratorium zjawiają się byli członkowie zespołów Aqua i Magma, z Zinnią na czele. Dziewczyna wyjaśnia Sapphire, że właśnie taka jest korporacja Devon – nie zawaha się użyć zarówno ludzi, jak i Pokemonów. Emerald rozpoznaje ją jako szpiega zespołu Magma, który wskazał, jak obudzić Groudona. Zinnia wyjaśnia, że była szpiegiem również w zespole Aqua i podpowiedziała im, jak zbudzić Kyogre’a. Steven pyta, czy to ona wysłała ostrzeżenie. Dziewczyna jest wściekła, że nie potraktował jej słów poważnie i Devon wciąż korzysta z nieskończonej energii. Zinnia przywołuje Goodrę, który atakuje Stevena Falą Szlamu. Dziewczyna wydaje rozkaz swoim wspólnikom, by dołączyli do walki. Dochodzi do starcia między zespołem Zinni a Drakiem, Kimberly i Brineyem. Pan Stone próbuje powstrzymać młodą Drakonidkę, mówiąc, że jeśli zniszczy pochłaniacz, energia Sceptile’a i Blaziken przepadnie. Zinnia ma jednak inny cel: chce zniszczyć przesuwacz rzeczywistości. Wysyła Aster, która zabiera urządzenie. Chwilę później odbierają je Plusle i Minun, a następnie oddają Sapphire. Zinnia jest oburzona zachowaniem dziewczyny i pyta, po co to robi, skoro i tak nic nie rozumie. Sapphire odpowiada, że właśnie dlatego chce się dowiedzieć. Drakonidka postanawia wyjaśnić jej sytuację. Pan Stone mówi trenerce, żeby nie słuchała, co mówi Zinnia. Ta zaś informuje dziewczynę, że przesuwacz ma na celu stworzenie „otworu osnowy”, czyli dziury w kosmosie, która przeniesie lecący w stronę Ziemi meteoroid do innej rzeczywistości. Sapphire jest zszokowana tymi informacjami i jednocześnie zła, że jako jedyna o niczym nie wiedziała. Po tym, jak Zinnia wyjawia, że widziała się z Rubym, Sapphire chce zapytać, gdzie miało to miejsce, jednak chwilowo traci głos. Drakonidka wykorzystuje moment i próbuje zabrać dziewczynie przesuwacz, jednak trenerce udaje się wyrwać – Zinnia kradnie jednak jej Kamień Kluczowy. Wrogowie ruszają w pościg za Sapphire. Emerald zaś próbuje ją przeprosić i przekonać, że zataili tę informację tylko dla jej dobra. Proponuje, żeby znaleźli jakąś kryjówkę, jednak zostają spostrzeżeni przez przeciwników. Emerald każe Sapphire uciekać, lecz wtem znów pojawia się tajemniczy Pokemon, który otwiera swój portal i wciąga do niego trenerkę.W tym samym czasie Zinnia walczy ze Stevenem. Pan Stone pyta, dlaczego Zinnia próbuje im za wszelką cenę przeszkodzić i przekonuje ją, że bez tej technologii nie przeżyją katastrofy. Dziewczyna odpowiada, że nie tylko pomnaża on błędy sprzed tysiąca lat, ale dodatkowo naraża na szwank życie wielu istnień. Zarzuca mu, że wyśle meteoroid do innego miejsca, a nawet nie będzie obchodziło go, do jakiego. Wtem zagubiony Swampert spostrzega
na niebie znajomy kształt i biegnie do niego na powitanie.Steven wraz ze swoim Metagrossem przegrywa walkę z Goodrą Zinni. Nagle coś łapie wrogiego Pokemona za szyję i ciska nim o ziemię. Okazuje się, że Ruby nareszcie się zjawił, do tego w towarzystwie Megaewoluowanego Swamperta. Prosi on Zinnię, by zaprzestała walki. Oczywiście, dziewczyna nie ma najmniejszego zamiaru się poddać i kontynuuje natarcie. Tymczasem Ruby zastanawia się, gdzie podziała się Sapphire.
Gabby i Ty docierają na miejsce, z którego mogą zaobserwować przewidzianą przez Absola katastrofę. Stojąc na klifie, ujrzeli już sześć spadających meteoroidów – wszystkie wylądowały w okolicy miasta Sootopolis, na szczęście, w morzu. Reporterzy wracają do swojego biura, gdzie mają zamiar obejrzeć nagrania dokonane przez Ty’a. Postanawiają udać się z materiałem do Planetarium w mieście Mosdeep. Zostawiają swoje odkrycie w komputerze, gdy jednak opuszczają pomieszczenie, jeden z pracowników znajduje ich film i jest nim szczególnie zainteresowany.
Zinnia jest zadowolona, chociaż z tego, że udało jej się zatrzymać przepływ energii i zdobyć Kamień Kluczowy Sapphire. Jej następnym celem jest klejnot należący do Stevena. Sapphire zaś wciąż ukrywa się przed napastnikami. Znajduje ją Emerald i prosi, by poszła z nim poszukać lepszej kryjówki, jednak dziewczyna odrzuca jego pomoc, bo wciąż jest wściekła, że tyle czasu była trzymana w niewiedzy.
Konus
Japońska nazwa: ラグラージ、たたく
Sapphire trafia do nieznanego miejsca, w którym nie widzi nic poza ciemnością; jej ruchy ograniczone są przez małą przestrzeń. Nagle zaczyna słyszeć odgłosy kroków i rozmowę. Dochodzi do wniosku, że głosy są cztery – wspominają o wystrzeleniu jakiejś rakiety. Jak się okazuje, jej celem jest umieszczenie przesuwacza rzeczywistości na meteoroidzie i ostateczne uratowanie Ziemi przed katastrofą. Gdy pada nazwisko procesora Cozmo, trenerka uświadamia sobie, że znajduje się w Planetarium Mosdeep, a dokładniej – wewnątrz rakiety. Wtedy przypomina sobie Pokémona z pierścieniem, przez który przeleciała i dochodzi do wniosku, że taka możliwość ma sens. Chwilę później ludzie mówią o urządzeniu, które ma pobrać energię życiową z Pokémonów i zostać tu dzisiaj dostarczone – i w sumie zostało, bo Sapphire ma je ze sobą. Jeden z rozmówców pyta, o co tak właściwie chodzi z tą nieskończoną energią i na czym polega działanie przesuwacza. Profesor przedstawia mu sytuację raz jeszcze: ludzie i Pokémony posiadają tzw. “energię życiową”, czyli połączenie sił psychicznych i fizycznych. Maszyna pobiera tę moc i tworzy jej zupełnie nowy rodzaj, który po przetworzeniu zamienia się nieskończoną energię. Rakieta ma przenieść przesuwacz w przestrzeń kosmiczną – wtedy otworzy się dziura osnowy, która pochłonie meteoroidę i przeniesie ją do innego wymiaru. Pytanie tylko, gdzie zatem trafi meteoroida? Cozmo wyraźnie podkreśla, że nasz świat będzie bezpieczny. Potwierdza się zatem teoria Zinni.Sapphire jest wściekła na Ruby’ego, że o niczym jej nie powiedział. Czuje się oszukana przez najlepszego przyjaciela. Wspomina ich ostanie spotkanie w Dewford, kiedy to Ruby podarował nowy strój i powierzył opiekę nad Ruru i Zuzu. Zakomunikował jej przy okazji, że musi coś załatwić, ale po powrocie chciałby, że dziewczyna gdzieś z nim poszła – proponuje jej pokaz spadających gwiazd, na który naprawdę trudno zdobyć bilety. Sapphire zgadza się i prosi go, by pozdrowił przy okazji Stevena.
Dziewczyna kończy rozmyślania i sprawdza, czy odzyskała głos; nadal jednak nie może mówić. Wyciąga ze schowka Pokéball z Kiruru i w myślach przeprasza go, że była zawiedziona jego ewolucją w Gallade‘a zamiast w Gardevoir. Chwilę później Sapphire decyduje się wziąć sprawy w swoje ręce. Trenerka wyskakuje z rakiety i przekazu
je przesuwacz rzeczywistości profesorowi Cozmo.Tymczasem walka z Drakonidami trwa nadal, a konflikt nawet się zaostrza. Drake zauważa, że Metagross Stevena jest osłabiony. Chłopak przyznaje, że kilka miesięcy temu jego Pokémon również oddał swoją energię życiową, która była konieczna do zbudowania rakiety. Drake jest zszokowany, że po tak długim czasie Pokémona nie odzyskał jeszcze pełni sił.
Nagle Zinnia otrzymuje informację, że zniknęła dziewczyna wraz z urządzeniem. Zaskoczeni wydają się wszyscy poza Emeraldem. Wskazuje na znajdującego się za nim Pokémona i wyjaśnia, że to jego sprawka. Walczył już z nim dzień wcześniej i mówi, stworek lubi rozrabiać. Gdy tylko się pojawił, Sapphire zniknęła, więc prawdopodobnie umieścił ją w pierścieniu. Zinnię śmieszy ta sytuacja i postanawia odwrót, jednak przed odejściem ma do załatwienia coś jeszcze. Szlam, którym Goodra oblał Stevena i jego Pokémona podczas walki, nagle zastyga, a Zinnia rozkazuje swojemu Pokémonowi zabrać Kamień Kluczowy Stevena. Goodra napotyka przeszkodę w postaci Ruby’ego. Chłopak wyrywa się z objęć stworka i zachodzi Zinnię od tyłu. Mówi, że skoro aż tak jej na tym zależy, to może zabrać Mega Bransolety jego i Emeralda. Dziewczyna szuka podstępu, lecz Ruby wyjaśnia, że chce po prostu powstrzymać bezsensowną walkę. Dziewczyna za
biera artefakty i znika. Briney nie jest pewny słuszności decyzji chłopaka. On tymczasem pokazuje mu zwój, który niepostrzeżenie ukradł Zinni. Mówi, że teraz już wie, co musi zrobić. Przeprasza Emeralda za to, że kazał mu kłamać. Następnie prosi nieznanego Pokémona, by przeniósł ich do miejsca, w którym znajduje się Sapphire. Niestety, stworek sam nie wie, dokąd trafiła trenerka. Chwilę później Drake proponuje Ruby’emu, że zaprowadzi go do Meteor Falls.Bohaterowie obserwowani są przez byłych członków Aqua i Magma, Ambera i Blaise’a, którzy wydają się zainteresowani pochwyceniem Pokémona z pierścieniem.
W tym samym czasie Gabby i Ty w przestrachu oglądają dzisiejsze wiadomości – podczas przerwy ktoś ukradł ich materiał i poinformował całe Hoenn o zbliżającej się katastrofie.
Japońska nazwa: ディアンシー、輝く
Bohaterowie są już blisko celu podróży. Przy okazji Latias wyjaśnia im, że Pokémon, który uratował Ruby’ego i Latiosa to Diancie, zaś “towarzysz“ Emeralda to stworek zwany Hoopa. Ruby nagle przypomina sobie, że nie opowiedział jeszcze koledze ostatnich wydarzeń. Emerald uprzedza go, że wie już o wszystkim dzięki Latias i jej Dzieleniu Wizji. Zastanawia się przy okazji, czy jest szansa, że trafią na kolejnych Drakonidów. Ruby pyta, czy ich wioska znajduje się w pobliżu Meteor Falls, na co Drake odpowiada, że nie jest pewny, jednak trafią tam na trenerów smoczych Pokémonów, a “gdzie są ludzie, tam są informacje”.Gdy dobijają do brzegu, młodzi trenerzy od razu chcą wyruszyć do akcji, jednak Drake gasi ich zapał. Tłumaczy, że będąc zmęczonym, łatwiej jest popełnić błąd i powinni przeznaczyć kilka godzin na odpoczynek. Ekipa zgodnie przyznaje mu rację.
Po wspólnej kolacji Ruby pyta Brineya i Kimberly, czemu chcą wybrać się do Meteor Fall
s z nimi. Kobieta przyznaje, że tak naprawdę intryguje ją zwój odebrany Zinni. Prosi więc trenera o możliwość rzucenia na niego okiem. Zwój okazuje się antycznym TM-em, który zawiera Smokowstąpienie. Ponadto w tekście wciąż pojawia się wzmianka o “świętym smoku”. Ruby domyśla się, że może chodzić o Rayquazę i to właśnie ona ma ten ruch opanować. Chłopak dochodzi do wniosku, że być może to jest rozwiązanie ich problemu.Tymczasem ojciec Stevena jest rozczarowany samym sobą – uważa, że poświęcił dla tego projektu zbyt wiele, nawet własnych przyjaciół, a wszystko to poszło na marne. Steven pociesza go faktem, że skoro pierścień Hoopy jest pomostem między dwoma przestrzeniami, to ani Sapphire, ani przesuwacz nie zniknęli – po prostu są gdzieś indziej. Przy okazji pan Stone zauważa, że obaj trochę zaniedbali swoją relację ojciec-syn. Nagle Steven otrzymuje telefon, że przesuwacz dotarł na miejsce. Profesor Cozmo wyjaśnia, że dostarczyła go Sapphire, jednak z jakiegoś powodu wciąż nie może mówić. Zdołała jedynie przekazać za pomocą tablicy do pisania, że rakieta może być celem ataku – na chwilę obecną akurat głodnych informacji mediów. Mężczyźni dosiadają więc Metagrossa i ruszają do Mosdeep.
Emeralda budzi jego własne kichnięcie. Spostrzega Ruby’ego, który nagrywa bawiących się Diancie i Hoopę. Diancie na oczach treneró
w tworzy klejnot, Hoopa zaś ze swojego pierścienia wyciąga ich garść. Wychodzi przy okazji, że moc Hoopy działa w dwie strony. Chłopcy zastanawiają się, czy mogliby z niego przywołać Sapphire.W pewnej odległości od nich Amber i Blaise mają zamiar wcielić swój plan w życie. Z pomocą Gorebyssa atakują Hoopę od tyłu. Zdezorientowany Pokémon szuka źródła ataku, po czym za pomocą pierścienia przenosi się bliżej mężczyzn, którzy tym razem celują do środka obręczy. Następnie wywołują iluzję, która sprawia, że Pokémon przyzywa Kyogre‘a i Groudona.
Tymczasem z laboratorium Sea Cottage w pobliżu miasta Celurean skradziono Czerwoną i Niebieską Kulę. Okazuje się, że złodzieje, Archie i Maxie, są już w drodze powrotnej do Hoenn.
Japońska nazwa: カメックス、化わる
Archie i Maxie docierają w końcu do Hoenn. Zauważają, że Kule wraz z powrotem na ojczyste ziemie zaczynają odzyskiwać blask i czystość. Mówią, że niedługo ich kształty będą odzwierciedlać moc. Stwierdzenie to zainteresowało Reda, który w towarzystwie Blue właśnie przybył na miejsce, by powstrzymać dawnych liderów wrogich zespołów. Mężczyźni są pod wrażeniem, że trenerzy, którzy przedstawiają się jako posiadacze Pokédexów, podążali za nimi aż z Kanto. Młodzi żądają zwrotu Kul i dochodzi do walki. Blue przywołuje Blastoise‘a, Red Venusaura, zaś Archie i Maxie Camerupta i Sharpedo. Dawni szefowie są ciekawi, jak trenerzy dowiedzieli się o ich obecności. Red wyjaśnia, że od jego przyjaciela, Billa.Ostatnio rozmawiał z nim na temat owych Kul. Bill spostrzegł, że kryształy pobierając energię z otoczenia, zaczęły zmieniać kształt. Przypomniał Redowi jego walkę z Deoxysem na wyspach Sevii. Pokémon połączył się wtedy z obiema Kulami i zyskał moc zmiany formy. Niestety, region Kanto ograniczył ją tylko do formy defensywy i ataku, w Hoenn jednak może przyjąć też normalną i szybką. Zespół R wykorzystał przy Deoxysie obie Kule, nazywając je rubinem i szafirem, co doprowadziło do zaistnienia klimatu regionu Hoenn w regionie Kanto. Lanette i Bridgette, zajmujące się system przekazu Pokémonów, próbowały znaleźć jakieś przydatne informacje na temat klejnotów, jednak bez skutku. Wiadomo jedynie tyle, że są one esencją naturalnej energii Hoenn. Bill przy okazji poprosił Reda, by zjawił się u niego z wizytą, gdyż trochę przeraża go przebywanie w obecności Kul. Trener skontaktował się zatem z Blue i Daisy, po czym na drugi dzień udali się do laboratorium Billa. Zastali go pobitego i okradzionego nie tylko z Kul, ale i z łodzi. Chłopak wyjaśnił im, że pojazd posiada systemem namierzający – zostawili go zatem pod opieką Daisy, a sami wyruszyli w pościg.
Blue informuje Archiego i Maxiego, że ich poczynania są już w mediach, tuż obok zbliżającej się katastrofy. Dziewczyna jest zdziwiona podejrzaną reakcją mężczyzn, którzy nagle Megaewoluują swoje Pokémony. Trenerzy są zszokowani tym widokiem, jednak sami też mają asa w rękawie, a dokładniej – Kamienie Kl
uczowe i Mega Kamienie.
Tymczasem Ruby i Emerald podziwiają widowisko wywołane przez Hoopę – Pokémon wezwał Kyogre‘a i Groudona. Dodatkowo urządzenie wykrywające obecność Czerwonej i Niebieskiej Kuli pokazało Amberowi i Blaise’owi, że wróciły one do Hoenn. Byli członkowie Aqua i Magma podejrzewają, że stoją za tym ich dawni szefowie.
Ruby i Emerald postanawiają zrobić coś z przywołanymi legendami. Do trenerów dołącza reszta ekipy i pyta, co się dzieje. Ruby’emu przypomina się, że zostawił uruchomioną kamerę. Oglądając zarejestrowany obraz, spostrzega, że Hoopa został zaatakowany i to w jakiś sposób sprowokowało go do wezwania legend. Ruby wskazuje kierunek, z którego nadszedł atak. Bohaterowie dochodzą do wniosku, że cała sytuacja nie jest przypadkowa i powinni rozprawić się z przeciwnikiem, zanim spróbują okiełznać tytanów. Nagle Latios wpada na jakiś pomysł.
Ruby wraz z Diancie wzlatują na grzbiecie Latiosa ponad unoszące się na wodzie legendy. Chłopak prosi Diancie o użycie Księżycowego Zni
szczenia, które odpycha Kyogre‘a i Groudona. Następnie Emerald wskakuje na Latias i dołącza do Ruby’ego. Trenerzy wdają się w walkę z byłymi członkami wrogich zespołów, jednak ich Mimi i Dusclops mają pewne problemy. Dodatkowo legendy podnoszą się i ruszają za mężczyznami, którzy za pomocą Slugmy rzucają na młodych trenerów iluzję i uciekają.
Mężczyźni docierają na miejsce, w którym powinny znajdować się Kule. Druga część planu obejmuje powrót Kyogre‘a i Groudona do ich pierwotnych form. Jednak gdy złoczyńcy dostrzegają, kto posiada kryształ, doznaje szoku.
W wiosce Drakonidów mężczyźni zaalarmowani prawdopodobnym pojawieniem się legend na trasie 115 biegną do starszej, by prosić ją o pozwolenie na sprawdzenie tego. Kobieta odsyła ich z kwitkiem, gdyż nie udało im się jeszcze odnaleźć Zinni. Dostrzega też na niebie linię smoka, czyli podłużną chmurę pozostawioną przez ich “świętego smoka”.
~Konus
Japońska nazwa: グラードン、戻る
Amber i Blaise nie mają zielonego pojęcia, kim są rzekomi “Archie“ i “Maxie“. Blue i Red nie wiedzą z kolei, czy traktować nowo przybyłych jako wrogów, czy przyjaciół. Po chwili dołączają do nich Kyogre i Groudon. Byli szefowie Aqua i Magma cieszą się, że mają ułatwioną robotę i zdają się nawet znać imiona byłych członków zespołów. Amber natychmiast zaczyna odpowiadać im zrealizowany plan, uwzględniający Hoopę, jednak Blaise ucisza go, bo nie ma pewności, czy mężczyźni są tymi, za których się podają. Tymczasem oni zamierzają wcielić w życie swój projekt z użyciem Kul. Red postanawia im to uniemożliwić, jednak legendy bronią byłych bossów. Dzieje się tak dlatego, że Pokémony te również chcą odzyskać swoją pierwotną formę. Mężczyźni objaśniają pokrótce, do czego tak naprawdę służą Czerwona i Niebieska Kula. Jak się okazuje, kontrola nad legendami nie jest ich jedynym zastosowaniem. Dwa tysiące lat temu, Hoenn było pełne pierwotnej energii, która z biegiem czasu zaczęła maleć. Spowodowało to zmianę formy Kyogre‘a i Groudona, które nie mogły już utrzymać swojej prawdziwej postaci. Jednak część tej mocy została skupiona w kryształach – wystarczy, że Pokémony się z nimi połączą. Archie i Maxie uwalniają potęgę Kul, a Kyogre i Groudon przyjmują swoje Formy Pierwotne.Tymczasem Ruby i Emerald wciąż tkwią w iluzji wywołanej przez Blaise’a. Emerald zaczyna powoli wpadać w panikę, jednak Ruby ze stoickim spokojem zauważa, że skoro te ogniste miraże są dziełem Slugmy, to 
wystarczy ją wyeliminować. Gdy już udaje im się wydostać, wyruszają w dalszą drogę do Meteor Falls na grzbietach Latiosa i Latias. Nagle niebo przed nimi rozbłyska. Z początku wydaje im się, że być może to meteoroida uderzyła w ziemię wcześniej, jednak trafiają wprost na przemianę legendarnych tytanów. Ich rozmiary przekraczają wszelkie wyobrażenia, a fala gorąca, która uderzyła w nich podczas lotu, nie jest zwykłym podmuchem powietrza. Latias wyjaśnia trenerom, że nie mogą lecieć dalej, gdyż odpycha ich potęga Kyogre‘a i Groudona.
Red i Blue pokonują Pokémony Archiego i Maxiego. Wraz z powrotem legend do ich właściwych form, nastąpiła gwałtowna zmiana klimatu – jednoczesny upał i ulewa są naprawdę uciążliwe. Maxie informuje trenerów, że są dla niego jedynie przeszkodą i rozkazuje Groudonowi się ich pozbyć. Archie również ma zamiar sprawdzić możliwości Kyogre‘a – wywołuje ogromną falę pływową, która zatapia S. S. Tidal. Emerald od razu chce ruszyć załodze na pomoc, jednak Ruby powstrzymuje go. Muszą skupić się na ich prawdziwej misji, czyli ochronie świata przed katastrofą.
Steven i pan Stone docierają wreszcie do Mosdeep. Udają się do laboratorium, by jak najszybciej wysłać rakietę w przestrzeń kosmiczną. Steven wita się z Sapphire, która wciąż nie odzyskała głosu. Chłopak jest przekonany, że problem
y z mową spowodował szok związany z jego kłamstwami. Mimo to wciąż widzi w oczach dziewczyny respekt, a nie złość. Zaczyna mieć wyrzuty sumienia, że zgodził się okłamać koleżankę. Pan Stone informuje go, że wystrzelenie rakiety zaplanowano na godzinę piątą, tymczasem wraz z profesorem Cozmo mają zamiar zająć się dopracowaniem szczegółów. Sapphire natomiast chwyta Stevena za rękę i za pomocą gestów przekazuje mu, że Zinnia jest już w drodze do laboratorium. Na pytanie, skąd o tym wie, dziewczyna dodaje, że jest stanie wyczuć jej zapach i ma zamiar zaatakować pierwsza. Następnie zrzuca z siebie większą część ubrań, pozostawiając tylko spodenki i koszulkę, po czym naciera się jagodą i ucieka.
Zinnia jest już gotowa do inwazji na planetarium Mosdeep. Nagle za nią zjawia się Sapphire i z pomocą Gallade‘a ucina gałąź drzewa, na której stoi przywódczyni Drakonidów. Trenerka przywołuje do siebie jeszcze Aggrona i rozpoczyna się walka.
~Konus
Japońska nazwa: カイオーガ、戻る
Zinnia rozpoznaje w Sapphire dziewczynę, która zabrała przesuwacz rzeczywistości i wpadła do portalu Hoopy. Drakonidka jest pod wrażeniem, że młodej trenerce udało się ją zaskoczyć, ale nie powstrzymuje jej to przed zaatakowaniem Aggrona Sapphire. Zanim zajmie się kwestią laboratorium, Zinnia chce odzyskać skradziony zwój. Drakonidka zauważa w spojrzeniu Sapphire, że to nie ona stoi za jego zniknięciem i po prostu traci czas, walcząc z nią. Przerywa zatem pojedynek i ma zamiar zająć się rakietą. Zaistniała sytuacja jest jej nie na rękę – poświęciła bardzo wiele, by zdobyć pięć Kamieni Kluczowych, potrzebnych do odprawienia rytuału świętego smoka, jednak utraciła przy okazji niezbędny do niego zwój. Zinnia rozkazuje Goodrze zająć się Sapphire, a sama dosiada Salamence’a i szykuje się ucieczki. Nie zdąża nawet wznieść się w powietrze, gdyż Sapphire doskakuje do niej i strąca ją z grzbietu Pokémona. Drakonidka ląduje w wodzie i puszczają jej nerwy: ze złością pyta trenerkę, po co wciąż tak uparcie wspiera korporację Devon, skoro przyczyniła się ona do cierpień jej Blazikena. Dziewczyna, która w końcu odzyskała głos, odpowiada, że właśnie dlatego. Nie chce, by poświęcenie Toro oraz Sceptile’a poszło na marne i ma zamiar doprowadzić plan Stevena do końca. Zinnia dopiero teraz zauważa zanik głosu trenerki i nagle uderza ją przykre wspomnienie związane z Aster, jej Whismurem. Po chwili walka wznawia się – Zinnia rozkazuje Salamence’owi użyć Ognistego Kła na Aggronie, jednak ten odpiera atak Metalicznym Wybuchem, nie czekając nawet na polecenie Sapphire. Zinnia jest 
zadziwiona siłą więzi, zbudowanej między trenerką a jej Aggronem. Na podstawie rogów Pokémona stwierdza, że muszą być razem blisko dziesięć lat. Wtem zjawia się grupa ludzi, którzy przedstawiają się jak Zespoły Neo Magma i Neo Aqua – Mitch i Marge oraz Angie i Ark. Sapphire przypomina sobie te imiona, jednak złoczyńcy uświadamiają ją, że to tak naprawdę pseudonimy poprzedników, które teraz należą do nich. W dodatku Marge i Mitch, podobnie jak Zinnia, pochodzą z dawnego zespołu badawczego Devon. Do uszu wszystkich zebranych dociera komunikat, że do startu rakiety pozostały zaledwie trzy minuty. Angie proponuje Zinni założyć kombinezon kosmiczny, który pozwoli jej oddychać w stratosferze, jednak dziewczyna ma zamiar zniszczyć przesuwacz, jeszcze zanim opuści on Ziemię. Sapphire chce ją powstrzymać, jednak na drodze stają jej Neo Aqua i Neo Magma. Trenerka wie, że jeśli zajmie się walką, to nie nadąży za Zinnią, więc wzywa Tropiusa i na jego grzbiecie wzlatuje w niebo.Do wystrzelenia rakiety pozostaje coraz mniej czasu. Gdy odliczanie dochodzi do ośmiu, ekipa z laboratorium zauważa Zinnię, zbliżającą się do umieszczonego na rakiecie przesuwacza. Dziewczyna już celuje w niego przy pomocy Salamence’a, gdy znienacka uderza w nią Liściaste Tornado. W tej samej chwili rakieta zostaje wysłana w kosmos. Jeden z asystentów profesora Cozmo spostrzega, że coś przyczepiło się do jej czubka. Okazuje się, że to nie coś, ale ktoś – Sapphire i Zinnia wraz ze swoimi Pokémonami. Żadna z dziewcząt nie ma zamiaru ustąpić i konflikt przekracza granicę – Salamence atakuje Sapphire.
Ruby i Emerald nada
l nie mogą przebić się przez pole siłowe Kyogre’a i Groudona, nie pomagają nawet ataki Latiosa i Latias. Ruby uważa, że może ma to związek ze zmianą typu lub zdolności tych Pokémonów po przejściu w formę Pierwotną. Archie i Maxie potwierdzają jego przypuszczenia i mają zamiar zaatakować młodych trenerów. Ruby powoli zaczyna zadawać sobie sprawę, że mężczyźni naprawdę są tymi, za których się podają. Nagle Emerald i Latias obrywają. Gdy trenerzy upewniają się, że Archie i Maxie, ci sami, którzy rzekomo zginęli cztery lata temu, stoją przed nimi, zostają znokautowani przez Kyogre’a i Groudona.
~Konus
Japońska nazwa: フーパ、繋げる
Starsza wioski Drakonidów nie wie, co ma dalej robić i prosi świętego smoka o radę. W tej samej chwili pod jej stopy przetacza się Pokéball, który wysunął się z ręki Ruby’ego. Kobieta cieszy się, że on, Emerald i towarzyszące im Pokémony odzyskali wreszcie przytomność. Bohaterowie są zdezorientowani – nie wiedzą, gdzie są i kim jest ich rozmówczyni. Nazywa ona młodych trenerów “spadkobiercami Megaewolucji” i zauważa, że są razem z nimi Pokémony, które mają przy sobie Mega Kamienie. Odpowiada też w końcu na zadane przez nich pytania: znajdują się w wiosce Drakonidów, w Meteor Falls, a ją nazywają po prostu Starszą. Dodaje, że ich osada powiązana jest z Megaewolucjami. Emerald przypomina sobie, że coś podobnego powiedział kiedyś Drake. Nagle wracają do nich wspomnienia ostatnich wydarzeń. Starsza jednak uspokaja ich, mówiąc, że ich przyjaciele są bezpieczni i zaprowadza chłopców do pokoju, w którym śpią – trafili tu dzięki pozostałym Drakonidom. Okazuje się, że Starsza zna Drake’a, gdyż kiedyś bardzo często odwiedzał Meteor Falls. Następnie mówi im, że ci, którzy mają władzę nad Kyogrem i Groudonem, niebawem pojawią się w wiosce, by ukończyć misję ratowania planety. Wyjaśnienia Starszej nie mieszczą się trenerom w głowie. Kobieta dodaje, że legendarni tytani musieli wejść w swoje formy Pierwotne, by móc przeciwstawić się meteorytowi; pozostało im jeszcze nauczenie się Pierwotnego Pulsu i Ostrza Piekieł, a dokonać tego mają właśnie w wiosce Drakonidów. Okazuje się, że sposoby na uratowanie Ziemi są trzy: wysłanie rakiety przez Devon, wiara w pomoc świętego smoka, której ufają Drakonidy i trzeci, wybrany przez Archiego i Maxiego. Niestety, jedyną szansą na powodzenie jest połączenie sił natury i wiary w tradycję – plan Devon nie wypali. Emerald nie może w to uwierzyć. Starsza wzywa poddanego, Tomę-Tomę, który pokazuje nagranie najnowszych wiadomości: rakieta wylądowała w mo
rzu. Najprawdopodobniejszą przyczyną była walka między dwiema trenerkami, które jakimś cudem znalazły się na jej czubku. Uniemożliwiło to pojazdowi przebicie się przez atmosferę. Na filmie widać wyraźnie, jak Salamence atakuje Tropiusa i Sapphire, po czym niszczy silnik, a Zinnia wyrywa z niego przesuwacz rzeczywistości. Nadal nie wiadomo jednak, co stało się z Sapphire, a Starsza nie może podjąć żadnych działań bez zwoju Zinni. Ruby pyta, jak długo już znajdują się w wiosce. Toma-Toma odpowiada, że dwa dni, co oznacza, że do uderzenia meteorytu pozostały tylko cztery. Kobieta zapewnia ich, że Zinnia nie jest tą złą i zależy jej tylko na ochronie tego miejsca. Toma-Toma zaprzecza, mówiąc, że dziewczyna połączyła misję strażniczki z osobistymi urazami. Starsza bierze za jej czyny wszelką odpowiedzialność, bo to ona zaakceptowała ją jako opiekunkę wiedzy. Słowa dotyczące byłych bossów nie przekonują Ruby’ego. Nie może on zapomnieć ostatnich wydarzeń z ich udziałem i nie wierzy w ich dobre zamiary, a jego przyjaciel się z nim w pełni zgadza. Ruby pociesza jednak staruszkę, że mogą kontynuować drogę tradycji Drakonidów i wyciąga zwój ukradziony Zinni. Starsza pyta, czy czytał jego treść, ale chłopak zaprzecza, mówiąc, że zrobiła to Kimberly. Trener przypuszcza, że zwój ze Smoczym Wzlotem przeznaczony jest dla Rayquazy, która ma wykorzystać ruch do zniszczenia meteorytu. Kobieta potwierdza jego teorię i pyta, co ma zamiar z tym zrobić. Ruby chce przejąć obowiązek opiekuna wiedzy. Wydaje mu się, że ma do tego predyspozycje, gdyż już raz wzniósł się na Rayquazie, a do tego posiada niezbędny zwój. Starsza śmieje się, że “jaki ojciec, taki syn”. Przypomina sobie, jak kiedyś Norman pojawił się w wiosce Drakonidów i chciał, by pokazać mu drogę do Rayquazy. Nagle uświadamia sobie, że miała powiadomić go, gdy Ruby się ocknie, lecz okazuje się to niepotrzebne – ojciec chłopaka już się zjawił. Norman ma zamiar podzielić się ze swoim synem informacjami o Rayquazie. Chcą za pomocą chmur pozostawionych przez smoka odnaleźć miejsce jego pobytu. Nie ma jednak żadnej gwarancji, że się to uda. Toma-Toma jest zrozpaczony, uważa, 
że ci ludzie chcą Drakonidom wszystko odebrać. Starsza uspokaja go i wyjawia, że widziała ostatnio linię pozostawioną przez smoczego Pokémona – wskazywała ona drogę do Johto. Znajduje się tam główna siedziba Stowarzyszenia Pokémon i Ruby uważa, że powinni się tam udać. Norman przypomina sobie o mikrokartach, które dostał od profesora Bircha, przeznaczonych do ulepszenia Pokédexów. Ruby wciąż martwi się o Sapphire, jednak Emerald uspokaja go, że prędzej czy później się znajdzie. Nie chce on brać udziału w podróży, by nie tracić i tak już ograniczonego czasu. Ma zamiar wykorzystać moce Hoopy – chłopak wydedukował, że Pokémon wysyła do miejsca, które jest wolą i wyobrażeniem osoby wysyłanej. Ruby i Norman decydują się spróbować, po czym, myśląc o Rayquazie, wstępują do pierścienia Hoopy.~Konus
Japońska nazwa: メブキジカ、貫く
Ruby i Norman docierają do Johto, do ruin placówki Stowarzyszenia Pokémon. Młody trener jest zdziwiony, że nikt nie podjął się renowacji miejsca po ucieczce Rayquazy. Zauważa złość, którą ojciec stara się tłumić. Domyśla się, że chodzi o jego udział w akcji ratowania świata, o czym nawet nie wspomniał rodzicom. Norman najbardziej nie może znieść, że matka Ruby’ego tak strasznie się martwi o syna. Mówi chłopakowi, że powinien działać bardziej przemyślanie, bo może zranić kogoś, na kim mu zależy – chłopak w pełni rozumie jego troskę. Jego ojciec postanawia przyjrzeć się temu miejscu od środka i za pomocą Ssącego Poroża Sawsbucka wyważa drzwi. W razie problemów, Norman ma wymówkę dla swojego wtargnięcia na ten teren – dostał pozwolenie od pochodzącej z Sinnoh rodziny sławnych badaczy nazwiskiem Berlitz. To oni byli pomysłodawcami projektu “Przechwycenia Rayquazy”, a także jego fundatorami. Brała w nim udział również korporacja Devon, a także stowarzyszenie zwane Wielkim Mauville. Według Yanase Berlitz, dane zebrane podczas obserwacji Pokémona są w komputerze, znajdującym się w magazynie, jednak awaryjne zasilanie może spowodować zatrzaśnięcie się drzwi. Norman chce zaryzykować i wraz z synem wchodzą do pomieszczenia. Ruby zauważa tam słój z kawałkiem nadpalonego materiału, pochodzącego z ubrania Drakonida. Chłopak domyśla się, że należy do Zinni. Tymczasem Norman znajduje nagranie z okolic Drogi 47, na którym widać próbę opanowania Rayquazy urządzeniem o nazwie „Kwiat”, które potrafi osłabiać energię Pokémonów. Legendarny smok zjawia się znienacka i wprowadza zamęt, więc badacze chcą użyć na nim wspomnianej maszyny. Ruby każe ojcu zatrzymać nagranie, gdyż nad głową Rayquazy widzi podejrzany cień – osobę, która prawdopodobnie steruje Pokémonem. Norman wznawia film. W 
momencie, gdy „Kwiat” ma zostać uruchomiony, Rayquaza nagle zmienia formę i nagranie się urywa. Bohaterowie domyślają się, że była to Megaewolucja. Ruby zastanawia się, czy może mieć to jakiś związek z Zinnią. Norman nagle uświadamia sobie, gdzie powinni szukać smoka – w wieży na Drodze 47, którą Pokémon niegdyś zamieszkiwał. Przedtem pokazuje jeszcze synowi zielony kryształ Emeralda , który miał pozwolić na kontrolę nad Rayquazą. Nie został on dopracowany przed ucieczką Pokémona i Norman chce go oczyścić za pomocą urządzenia, które znalazł w dawnym laboratorium. Klejnot zaczyna zmieniać kolor, jednak wtedy nadchodzi trzęsienie Ziemi. Ruby i jego ojciec wybiegają na zewnątrz i trafiają na scenę niczym z filmu katastroficznego – rozpoczął się deszcz meteorytów. Ten lecący w stronę ośrodka zostaje zatrzymany przez Rayquazę – Pokémon zwyczajnie go zjada. Jak się okazuje, jest to jego pożywienie. Chwilę później Rayquaza zaczyna uciekać. Ruby upewnia się, że ma przy sobie zwój, po czym oboje z Normanem ruszają za uciekinierką. Dosiadają Staraptora i gdy zbliżają się do smoka, ten niespodziewanie odwraca się i wygląda, jakby chciał ich pożreć. Tak naprawdę Pokémon nie zwraca uwagi na przybyszów i pochłania kolejny m
eteoryt. Ruby przywołuje Popo i za pomocą Słonecznego Dnia dezorientuje Rayquazę, a ta obrywa spadającą z nieba skałą. Znienacka smok porywa Ruby’ego. Norman każe Staraptorowi użyć Życiowego Ryzyka, lecz syn każe mu poczekać. Rozwija zwój, a gdy Rayquaza na niego spogląda, skrypt zaczyna świecić i wyparowuje. Chłopiec nie ma jednak pewności, czy Pokémon nauczył się Smoczego Wzlotu, zaś Rayquaza wzmacnia uścisk. Norman próbuje przejąć kontrolę na Pokémonem za pomocą kryształu, jednak zdaje się on nie mieć na smoka żadnego wpływu. Tymczasem Ruby prosi go, by skontaktował się z Emeraldem – gdy przeniesie ich w tej chwili, to razem z Rayquazą. Mówi, iż jej oswajanie może zaczekać. Dodaje, że meteoryt zmierza w stronę Wodnej Trasy 131 z legendarną wyspą, a on chce rozprawić się nie sam, a z Sapphire. 
Japońska nazwa: ジバコイル、撃つ
Brandon kontaktuje się z Palmerem, który aktualnie spędza czas z rodziną w Sinnoh. Informuje go, że w towarzystwie innych Mózgów Strefy Walk udał się na miejsce upadku rakiety. Trafili tam na bandę podejrzanych ludzi, których unieszkodliwili. Teraz próbują wyciągnąć z nich jakieś użyteczne informacje, jednak bez skutku. Nagle na ich głowami pojawia się pierścień Hoopy, w którym widzą Emeralda. Chłopak próbuje odnaleźć Sapphire, a gdy okazuje się, że jej tu nie ma, żegna się z zebranymi i znika. Postanawia przenieść poszukiwania do laboratorium w Mosdeep i skupia się wyobrażeniu sobie koleżanki. W pierścieniu ukazuje mu się nieznane dotąd miejsce. Mężczyzna imieniem Aarune, pochodzący z Unovy, był w pobliżu Trasy 120, gdy Sapphire wraz z Tropiusem wpadli do wody. Zaopiekował się nimi w kryjówce chłopaka, którego na chwilę obecną nie ma w pobliżu. Dziewczyna podnosi się, gdy słyszysz jakiś nieokreślony dźwięk. Zauważa wtedy pierścień Hoopy zawieszony w powietrzu, a w nim Emeralda, który beszta Pokémona, że nie pokazał mu planetarium Mosdeep. Chłopak właśnie dostrzega Sapphire, gdy nagle w wiosce Drakonidów zjawiają się Archie i Maxie w towarzystwie Kyogre’a i Groudona. Informują zebranych, że legendarni tytani nauczyli się już Pierwotnego Pulsu i Ostrza Piekieł, a teraz mają zamiar je przetestować. Hoopa traci cierpliwość i rzuca się do ataku – używa swojego pierścienia i otwiera portal 
w miejscu, w którym znajdują się Ruby, Norman i Rayquaza. Okazuje się, że klejnot zadziałał i młody trener może swobodnie siedzieć na grzbiecie smoka. Ten jednak zauważa w portalu Kyogre’a i Groudona, po czym wpada w złość i kieruje atak do środka okręgu. Rayquaza już leci w stronę przejścia, jednak Hoopa w panice zbliża dwa pierścienie do siebie – Rayquaza wlatuje i od razu wylatuje z wioski. Trafia do miejsca, w którym znajduje się obecnie Sapphire. Ruby próbuje uspokoić Pokémona za pomocą klejnotu, jednak bezskutecznie. Rayquaza zrzuca z siebie chłopaka, lecz Ruby nadal się nie poddaje, bo nie może zginąć, nie przepraszając Sapphire. Nagle łapie go Altaria, należąca do Wally’ego. Trener wyjaśnia, że zaniepokoiło go pojawienie się legendarnego smoka niedaleko jego kryjówki. Podejrzewa, że ma to związek ze zbliżającą się katastrofą. Wally z pomocą Magnezone’a zaczyna atakować Rayquazę i udaje mu się ją osłabić. Wtedy do akcji wkracza Ruby i używa szmaragdu, by wpłynąć na Pokémona, a następnie oferuje mu współpracę – chce pomóc smokowi znaleźć powód jego wściekłości w zamian za pomoc Rayquazy przy zatrzymaniu katastrofy. Wtedy nadlatuje Sapphire na Tropiusie.
Japońska nazwa: トロピウス、漂う
Dochodzi do konfrontacji Ruby’ego i Sapphire. Dziewczyna próbuje coś powiedzieć, jednak ponownie nie może wydobyć z siebie głosu. Jej przyjaciel jest zszokowany, ale uświadamia sobie, że zadając trenerce pytania, do niczego nie dojdzie. Przyznaje się, że to z jego winy Sapphire nie dowiedziała się o zbliżającej się katastrofie. Dziewczyna zaś wyciąga miniaturową tablicę, na której kredą pisze odpowiedź na przeprosiny Ruby’ego – „dosyć”. Następnie Sapphire zapisuje kolejne słowa: pragnie dowiedzieć się, jak może pomóc przy uratowaniu planety, bo chce coś dla niej zrobić. Ostatnie zdanie jest dla chłopaka dość bolesne – dziewczyna nie wybaczy mu, jeśli po raz kolejny ją zostawi. W tej chwili Rayquaza zauważa spadający meteoryt. Ruby prosi przyjaciółkę, by wycofała Tropiusa i przesiadła się do niego na Rayquazę. W ostatniej chwili smok łapie w zęby kierujący się na trenerkę kawałek skały. Chłopak nie przestaje przekonywać koleżanki. Wyjawia jej, że atak Smoczego Wzlotu, którego ma nauczyć się Rayquaza, może uratować planetę. Chce, by zniszczyli meteoryt we dwoje, on i Sapphire. Dziewczyna ignoruje wyciągniętą rękę Ruby’ego i przeskakuje na smoka. Następnie przekazuje koledze za pomocą gestów, że zgadza się na współpracę, po czym zajmuje miejsce na grzbiecie Rayquazy.Scenę podziwiają Wally i Aarune. Mężczyzna uważa ją za dość romantyczną, a młody trener przyznaje 
mu rację. Wally zauważa, że między Rayquazą a Rubym powstała więź zrozumienia i bardzo go to cieszy. Aarune wspomina legendę z jego rodzinnego regionu o bohaterach, którzy potrafią budować silne relacje ze smoczymi Pokémonami. Nagle zaczyna dziać się coś niepokojącego – z bazy Wally’ego zaczynają wydobywać się kłęby dymu, a następnie wyłania się z niej Kyogre.
Emerald podróżuje w towarzystwie Latiosa i Latias. Z Pokémonami na szczęście wszystko jest w porządku, co jest zasługą niespodziewanej interwencji Rayquazy. Niestety, przywołanie legend bardzo osłabiło Hoopę.
Tymczasem za Kyogrem pojawia się Groudon. Emerald pyta Duet Eon, czy wiedzą, gdzie aktualnie znajdują się tytani, a ci odpowiadają, że są w stanie wyczuć ich energię.
Archie i Maxie, znajdujący się na grzbietach Kyogre’a i Groudona, mają zamiar przetestować Pierwotny Puls i Ostrze Piekieł na Rayquazie. Pokémony już szykują się do ataku, gdy nagle z nieba spada kolejny meteoryt – jest jednak znacznie większy od reszty. Byli bossowie zauważają, że trenerzy bardziej skupiają się teraz na uratowaniu planety i mają zamiar wykorzystać ich nieuwagę w celu sprawdzenia potęgi ataków. Sapphire wydaje się zaskoczona ich obecnością, ale Ruby wyjaśnia, że nie są to już ci sami ludzie i także zależy im na przetrwaniu Ziemi. Chłopak zgadza się więc zejść mężczyznom z drogi, ale ma zamiar trzymać się z tyłu. Nie wie, że mają oni nieco odmienne zamiary. Wszystkie trzy legendy używają swoich specjalnych ruchów – Rayquaza Smoczego Wzlotu, Kyogre Pierwotnego Pulsu, a Groudon Ostrza Piekieł.
Blue prosi Reda, by się obudził. Chłopak odzyskuje przytomność i pyta, gdzie się znajdują. Dziewczyna nie jest w stanie odp
owiedzieć mu na to pytanie. Zauważają Blaise’a i Ambera, po czym pytają ich, czy to mężczyźni przyszli im z pomocą. Blaise wyjaśnia, że uratował ich ktoś inny, jednak odebrał im przy okazji wszystkie Pokémony. Nagle cała grupa zdaje sobie sprawę, że się unoszą. Red uświadamia sobie, co to za miejsce – statek powietrzny Zespołu R. Wtem zjawia się Giovanni. Red żąda zwrotu swoich Pokémonów, a mężczyzna uważa, że nie tak powinien dziękować za ratunek. Wyjaśnia przy okazji, że odebrał je, by uniknąć bezsensownej walki i oznajmia, że zniszczenie planety jemu też nie jest na rękę.
Japońska nazwa: オオスバメ、羽ばたく
Red zdaje się nie dowierzać słowom lidera Zespołu R, więc Giovanni pokazuje zebranym nagranie w czasie rzeczywistym, na którym widać wszystkie trzy legendy Hoenn, używające swoich najpotężniejszych ruchów, by powstrzymać spadający meteoryt. Blaise i Amber są zszokowani Pierwotnymi Formami Kyogre’a i Groudona, Red i Blue zaś wspominają zniszczenia, jakie Pokémony te zasiały cztery lata temu. Okazuje się, że nie jest to jednak właściwy meteor, a zaledwie jego odłamek. Tymczasem Blaise nie może uwierzyć, że jego mistrz może współpracować z byłym liderem Aqua, nawet w obliczu zagrożenia. Giovanni zdaje się rozumieć jego frustrację – w końcu zniszczoną Ziemią on sam nie będzie mógł kierować, nie rozwiązał zatem jeszcze Zespołu R. Red jest wściekły podejściem mężczyzn, jednak Blue każe mu się uspokoić i pyta Giovanniego, w jakiej znajdują się sytuacji. Ten oznajmia, że na razie nie ma potrzeby, by interweniować – na ekranie trenerzy widzą, jak za sprawą ataków Tria Pogody meteoryt wyparowuje. Mimo siły ataków, zniszczenie go wymaga naprawdę dużo czasu. Archie i Maxie mają wątpliwości, czy aby na pewno uda im się powstrzymać ten właściwy, który ma uderzyć za trzy dni. Nagle Archie upada. Okazuje się, że jego ciało zaczyna zanikać – to samo dzieje się z ciałem Maxiego. Mężczyźni wykorzystali zbyt wiele energii i organizmy zwyczajnie nie wytrzymują już przeciążenia. Wtem Sapphire zauważa coś niepokojącego i klepie Rayquazę, która zrywa się do lotu. Niszczony przez nich meteoryt wybucha niespodziewanie kanonadą kamiennych odłamków i uderza znajdujące się w pobliżu Pokémony.Oglądający całe zajście Amber i Blaise są dumni ze swoich byłych szefów i żądają, by Giovanni pozwolił im się z nimi spotkać. Przy pomocy Swellowa opuszczają statek powietrzny i lądują obok swoich liderów. Przeżywają kolejne zaskoczenie – ciała Archiego i Maxiego rozpływają się w powietrzu. Blaise chce im jakoś pomóc, jednak mężczyźni każą mu odpuścić, mówiąc, że ich czas dobiega końca. Byli członkowie Aqua i Magma nadal nie mają pojęcia, co się dzieje. Archie proponuje Maxiemu, by przed odejściem wyjaśnili, o co chodzi w całej sytuacji. Ich ciała wchłonęły energię Czerwonej i Niebieskiej kuli. Wytrzymanie jej tak dużych pokładów graniczyło z cudem, a utrzymać ich przy życiu mogła jedynie specjalnie skonstruowana do tego zbroja. Niestety, istniała taka tylko jedna, więc mężczyźni stoczyli o nią walkę, którą zwyciężył Archie. Maxie natomiast trafił do nieznanego miejsca, w którym nic nie miało sensu: nie wiadomo było, gdzie jest góra, a gdzie dół i jak szybko płynie czas. Nied
ługo potem, po przegranym pojedynku w Strefie Walk, dołączył do niego Archie. Zachowała się jedynie ich świadomość i nie było możliwości, by mogli znów fizycznie zaistnieć. Wtedy ich dusze scaliły się. Pewnego dnia w tym dziwnym wymiarze pojawił się otwór, z którego wydobywał się głos wzywający ich do siebie. Podążając za nim, mężczyźni znaleźli się w Kanto. Głos opowiedział im o Megaewolucjach, po czym kazał zabrać Kule do Hoenn i ponownie stać się jednością z Kyogrem i Groudonem. Do dzisiaj nie wiedzą, czy głos mógł należeć do jednego z Pokémonów, czy może do samej Ziemi. Są jednak pewni, że zostali wezwani w większym celu. Na odchodne Archie wyznaje, że gdyby dane mu było żyć jeszcze raz, mogliby z Maxiem połączyć siły i stworzyć naprawdę zgraną organizację. Proszą jeszcze swoich byłych współpracowników, by ocalili tę planetę i ostatecznie znikają. Amber i Blaise popadają w rozpacz, a Kyogre i Groudon wracają do swoich normalnych form.
Red nie wie, co o tym wszystkim myśleć. Giovanni wyjaśnia, że Pokémony zużyły całą energię na zniszczenie jednego meteorytu, a ten, który ma spaść niebawem, jest tysiąckroć większy. Chłopak pyta zatem, co mogą zrobić.
Rayquaza stała się niespokojna i Ruby nie może jej opanować. Sapphire wyciąga wtedy szmaragd, którym chłopak wcześniej kontrolowa
ł smoka i przykłada go do piersi. Wpada w pewnego rodzaju trans, po czym gestami przekazuje Ruby’emu, że potrzebują więcej siły i to jest powodem złości Rayquazy. Wtedy chłopak przypomina sobie fresk naścienny z Filaru Włóczni i wyciąga aparat cyfrowy, by lepiej przyjrzeć się jego zdjęciu. Pokazuje je Sapphire, a ta wskazuje na palcem na Rayquazę. Trener zgaduje, że może chodzić o Megaewolucję Pokémona. Wtem w ostatniej chwili udaje im się uniknąć ataku. Ruby kpi z Zinni, że w końcu jest punktualna. Ta natomiast uważa za bezczelność urządzanie sobie pogaduszek na grzbiecie Rayquazy, po czym grozi trenerom, że ich zniszczy.
Japońska nazwa: オンバーン、導く
Zinnia jest wściekła, że Ruby i Sapphire mają czelność siedzieć na Rayquazie. Wtedy Sapphire przywołuje swojego Gallade’a i Gardevoir Ruby’ego. Pokémony zostają zaatakowane przez Salamence’a Zinni i jeszcze jednego stworka, który zjawił się niespodziewanie. Zinnia rozkazuje Salamence’owi użyć Smoczego Puslu, na co Ruby odpowiada Mglistą Przestrzenią. Kontra okazuje się bezskuteczna w spotkaniu z atakiem drugiego Pokémona, którym jest Noivern. Zinnia wyjaśnia, że Ruby nie da rady powstrzymać Dźwiękowego Wybuchu. Chłopak jest zdziwiony, bo nie słyszał, by Drakonidka wydała Noivernowi polecenie. Dziewczyna odpowiada, że nie walczy sama. Wtedy Rayquaza coś zauważa i zaczyna podążać za Noivernem, który zrywa się do ucieczki. Sapphire również coś wyczuwa – ktoś steruje Noivernem, mimo że go tu fizycznie nie ma. Święty smok wciąż ściga Noiverna, który prowadzi go wprost na atak Salamence’a. Rayquaza uchyla się, jednak Ruby zostaje trafiony i zepchięty z grzbietu Pokémona. Wtedy Sapphire odzyskuje głos i wykrzykuje jego imię. Następnie rozpędza się i wyskakuje w stronę Ruby’ego, po czym chwyta go za rękę.Tymczasem Rayquaza, wciąż śledząca Noiverna, dołącza do Zinni. Ta przeprasza świętego smoka za zwłokę i tłumaczy, że szukała go, odkąd uwolniła go z rąk Stowarzyszenia Pokémon. Wyznaje, że pozwoliła na sprowadzenie Kyogre’a i Groudona z nadzieją, że Rayquaza się pojawi. Smok został jednak opanowany przez “durniów” i ponownie uciekł. Zinnia z rodu Drakonidów, zastępczyni Aster, prosi Rayquazę o połączenie się z nią. W odpowiedzi smok zamachuje się i ogonem przebija pierś dziewczyny. Zinnia nie wie, o co chodzi. Mówi Rayquazie, że zdobyła pięć Kluczowych Kamieni i ponownie prosi o połączenie się z nią. Wtem Rayquaza atakuje ją Hiper Promieniem i Zinnia zostaje odrzucona do tyłu, po czym traci świadomość.
Emerald na grzbiecie Latias w końcu dociera na miejsce. Mówi, że widział ich upadek z Rayquazy i cieszy się, że nic im nie jest – uratował ich Tropius Sapphire. Trener widzi, że Rayquaza krąży nad Sootopolis i zastanawia się, czy mógłby coś zrobić, by się uspokoiła. Wyciąga wtedy swoje urządzenie, a Ruby pyta, jakiej ziemi chce do tego użyć. Emerald odpowiada, że tej z wioski Drakonidów w Meteor Falls. Ruby jest wściekły, że nie mogą teraz skorzystać ze swoich Mega Bransolet, a Sapphire pyta, co stało się Zinnią. Rald wyjaśnia, że została odrzucona przez Rayquazę i wpadła do morza. Latias oznajmia, że jej brat już wyruszył, by zająć się Drakonidką. Grupa wyrusza nad brzeg Sootopolis, a gdy docierają na miejsce, Latios informuje ich, że życiu Zinni nie zagraża niebezpieczeństwo. Chwilę później przybywają również Steven i jego ojciec. Wtedy Zinnia odzyskuje przytomność. Zauważa
pana Stone’a i nie wie, co powiedzieć. Ten jednak cieszy się, że ją widzi i chce przeprosić dziewczynę i pozostałych Drakonidów – łapiąc Rayquazę, nie wiedział, jak ważna jest ona dla rodu Zinni. Grupa biorąca udział w projekcie była tak zaślepiona chęcią zdobycia pełnej kontroli nad Rayquazą, że straciła bezpowrotnie zaufanie Drakonidów i zrobiła coś strasznego, czego nie mogą zmienić żadne przeprosiny. Gdy Zinnia uwolniła świętego smoka, wykorzystali pretekst, by porzucić projekt i rozpocząć pracę nad maszyną do przesuwania wymiarów. Mówi, że wszystko robili w dobrej wierze, a jednak wciąż lekceważyli Zinnię i za to właśnie ją przeprasza. Następnie pada na kolana i kłania się przed dziewczyną. Wtedy Zinnia pyta na głos, czy Aster też to widzi i słyszy. Pan Stone wydaje się zszokowany. Dziewczyna twierdzi, że przeprosiny nie są pełne, a on po prostu chce zrzucić z siebie poczucie winy. Nazywa Stone’a arogantem i mówi, że przy pomocy nauki mogą osiągnąć wszystko to, czego nie potrafią Drakonidy. Pyta, czy w ogóle pomyślał o tym, gdzie trafi meteoryt, gdy go przeniesie i jaką ma pewność, że nie uderzy on w planetę podobną do Ziemi. Zinnia sądzi, że właśnie to samo zdarzyło się w Ukrytej Wieży, a Stone bez zastanowienia niszczy inne życie, by ratować własne. Zinnia zaczyna płakać, że Stone nie ma zielonego pojęcia, do czego doprowadziła ich utrata Aster. Zinnia chciała po prostu kontynuować jej zadanie, chciała ocalić świat, mimo że była świadoma, iż nie dorasta jej do pięt. Do tego wielu z mieszkańców wioski nie wierzyło w siły Zinni i jak się okazało, słusznie. Emerald przerywa jej, mówiąc, że zamiast “robić z siebie ciepłe kluchy”, powinni wziąć się do roboty.
Japońska nazwa: エルレイド、切り裂く
Steven jest zdziwiony, że można coś jeszcze zrobić. Emerald odpowiada, że tak, tylko najpierw pyta Zinnię, dlaczego właśnie Drakonid musi połączyć się z Rayquazą – do tej pory Ruby’emu udało się nauczyć Pokémona Smoczego Wzlotu, a także zasiąść na jego grzbiecie wraz z Sapphire. Chłopak rozumie, że nie zgadza się to z legendą i jest nie po myśli Drakonidki, ale chce wiedzieć też, dlaczego niby muszą wybierać między nauką a legendą, by uratować planetę. Mówi, że skoro Drakonidy gromadziły informacje przez tysiące lat, na pewno Zinnia wie coś, czego nie wiedzą pozostali. Emerald wyjaśnia, że jeśli nie połączą sił i nie pozbędą się uprzedzeń, do niczego nie dojdą. Jeśli Zinnia i pan Stone chcą w końcu zaznać spokoju, muszą podjąć współpracę. Wtedy dziewczyna zaczyna mówić – opiekun łączy się z Rayquazą, po czym wzlatuje na jej grzbiecie w przestrzeń kosmiczną, by następnie za pomocą Smoczego Wzlotu zniszczyć meteor. Bohaterowie są zszokowani. Zinnia wyjaśnia, że Rayquaza może Megaewoluować bez kamienia, gdyż prawdopodobnie ma w sobie odpowiedzialny za to organ, który zamienia zjedzony meteoryt w Mega Kamień. Poza silną więzią z Pokémonem, trener potrzebuje również jak największej ilości Kamieni Kluczowych i właśnie dlatego Zinnia zabrała je trenerom. Jednak pięć tych, które posiada, to zdecydowanie za mała ilość. Steven zauważa, że Rayquaza otacza się ozonem, by przeżyć, jednak gaz ten jest trujący dla człowieka. Wtedy Zinnia wyjawia, że Megaewolucja Rayquazy to jedyny obowiązek opiekuna – nikt nie rozważa jego powrotu, więc właśnie dlatego musi być to Drakonid. Nagle pan Stone wpada na pomysł i każe Stevenowi sprowadzić tu złapanych przez Mózgi Strefy Walk ludzi, gdyż są wśród nich jacyś naukowcy. Wtedy zjawia się Giovanni w towarzystwie Beedrilla, a także Blaise’a, Ambera, Reda i Blue. Ruby, Sapphire i Emerald są zdziwieni tym niecodziennym połączeniem sił, jednak Red zbywa ich, mówiąc, że to “długa historia”. Giovanni pyta Zinnię, czy tą rzeczą, aby na pewno jest meteor, bo ponoć Megaewolucji nie da się osiągnąć poza walką. Wtedy używa swojego Kamienia Kluczowego i jego Beedrill Megaewoluuje. Okazuje się, że Pokémony pozostałych trenerów też są w stanie dokonać tego poza pojedynkiem. Zebrani zaczynają podejrzewać, że mają do czynienia nie z meteorytem, a z Pokémonem z kosmosu. Według profesora Cozmo zmienił on nawet trajektorię lotu, jakby miał w tym jakiś cel. Blue wpada przy okazji na pomysł, by przy pomocy zjednoczonych sił różnych stworków powstrzymać deszcz meteorytów, gdyż wcześniej udało się to legendarnym tytanom. To jest właśnie połączenie trzech początkowo sprzecznych rzeczy – nauki, natury i legendy.Kilka godzin później rozpoczynają się przygotowania do ochrony Ziemi. Wszyscy: Mózgi Strefy Walk, Elitarna Czwórka, liderzy, a także naukowa elita Hoenn zrzeszają się, by stawić czoła przeznaczeniu. Naukowcy ustalają szczegóły kosmicznego kombinezonu, który ma ochronić opiekuna i w odpowiedniej chwili przenieść go z powrotem do Sootopolis. Tymczasem Emerald kontaktuje się z trenerami z Johto i Kanto, prosząc o pomoc ich i liderów tych regionów.
Sapphire poznaje Starszą rodu Drakonidów, a ta dziękuje trenerom, że w końcu powinność Drakonidów zostanie wypełniona. Kobieta wspomina, że Sapphire i Ruby mają pasujących do siebie Gallade’a i Gardevoir i chce wręczyć im Mega Kamienie, lecz Sapphire przerywa jej swoją reakcją zawstydzonej nastolatki. Wtedy Steven pokazuje zebranym słój pełen Mega Kamieni, które zebrali w wieży Rayquazy w trakcie trwania projektu. Jest ich dziewięć, a Steven domyśla się, że to właśnie ich użyła Aster, by połączyć się ze smokiem, lecz teraz powinny wrócić one do Drakonidów. Widząc reakcję Zinni chłopak szybko wyjaśnia, że nie użyli Kamieni Aster, tylko własnych, które otrzymali od eksperta od Megaewolucji z Kalos. Ruby jest zaciekawiony tą informacją. Steven wyjaśnia, że to właśnie od niego dowiedział się o istnieniu Megaewolucji. Otrzymał również przyzwolenie na przekazywanie podstawowej wiedzy innym. Starsza przyznaje, że słyszała o istnieniu Drakonidów w innych regionach i są to być może ich przodkowie. Zinnia obejmuje słój i cieszy się, że wreszcie będzie mogła nawiązać więź ze świętym smokiem, lecz nagle naczynie wyślizguje jej się z rąk i rozbija o ziemię, a dziewczyna traci przytomność. Ruby zdaje się rozumieć, że Zinnia pomimo bólu starała się wykonać swoje zadanie opiekuna jak najlepiej. Atak Rayquazy był potężny i pewnie Zinnia nie odzyska sił dość szybko – nie da rady polecieć w kosmos. Mimo to cieszy się, że odzyskali w końcu Mega Bransolety, jednak Sapphire domyśla się, że Ruby znów myśli o czymś, co jej się nie spodoba. Chłopak udaje, że nie wie, o co jej chodzi, ale Sapphire jest już pewna, że ma on zamiar zająć miejsce Zinni i polecieć w kosmos. Trener próbuje się wykręcić, mówiąc, że koleżanka źle to zrozumiała, jednak ta nie daje za wygraną i przypomina, że nie wybaczy mu, jeśli znów ją zostawi. Wtedy zjawiają się kolejni przyjaciele: Lisia, Tate, Liza, Wallace i Juan. Ruby rozgaduje się z Lisią na temat pokazów i ostatniego zamówienia, po czym chce ją poznać z Sapphire, lecz ta znika. Zebrani pokazują mu, w którą stronę się udała, a chłopak biegnie za nią. Sapphire każe Kiruru pozbyć się Ruby’ego. Wtedy Ruby wzywa Ruru, by zajęła się Pokémonem, a on sam próbuje pogadać z Sapphire, jednak ta mówi mu, że ma się odwalić. Dziewczyna jest wściekła, że przyjaciel wciąż coś przed nią ukrywa, a do tego na jej oczach flirtuje z jakąś “lafiryndą”. Chłopak twierdzi, że Sapphire za m
ocno się nakręca i każe jej ochłonąć, ta zaś każe mu się zamknąć. Następnie Megaewoluuje Gallade’a i atakuje Ruby’ego. Wtedy Ruby Megaewoluuje Gardevoir i odbija natarcie Kiruru. Znów zaczyna mówić o strojach na konkurs, na co koleżanka reaguje kolejnym wybuchem wściekłości, że wciąż zmienia temat. Wtedy chłopak mówi, że to stroje dla niego i dla niej. Poprosił Lisię, by je przywiozła, bo chciał zobaczyć jak będą w nich wyglądać – a wszystko po to, by mógł wziąć udział w konkursie wraz z Sapphire, jednak na razie to nie ma znaczenia. Teraz chce, by dziewczyna założyła ubranie i została opiekunem razem z nim. Ruby wyznaje, że początkowo chciał sam zostać opiekunem w miejsce Zinni, jednak przypomniał sobie słowa Drakonidki, że może nie wrócić z tego żywy i trochę się wystraszył. Pomyślał wtedy, co byłoby, gdyby to Sapphire udała się w kosmos sama. Nie mógł dopuścić do siebie myśli, że mogłaby go zostawić na zawsze. Przypomniał sobie, jak bardzo bolało go zniknięcie dziewczyny w pierścieniu Hoopy, jej walka z Zinnią na czubku rakiety, jej utrata głosu. Nie chciał być od niej odseparowany, ale jednocześnie nie mógł narażać jej na niebezpieczeństwo. A wszystko po to, by uratować planetę i jej ukochane Hoenn. Prosi Sapphire, by poleciała z nim w kosmos, bo chce być z nią aż do końca życia. Wtedy Sapphire przewraca się od nadmiaru emocji.
W planetarium Mosdeep asystenci profesora Cozmo doszukują się związku między tym meteorytem, a innym, odkrytym przez nich cztery lata temu. Dane się zgadzają, jednak wychodzi, że zwiększył on swoją masę tysiąckrotnie. Nadają mu nową nazwę – Delta.
Ruby i Sapphire przekazują Zinni, że zdecydowali się zastąpić ją w wykonaniu misji. Dziewczyna przypomina im, że może pozostać z nich tylko kosmiczny pył, jednak Ruby zdaje się tym nie przejmować – wszyscy pracują, by do tego nie doszło. Ruby uważa, że bez sensu jest poświęcać życie za planetę. Drakonidka pyta, czy Sapphire się na to godzi. Trenerka odpowiada, że przekonał ją Ruby swoim płaczem o tym, że chce być z nią do końca życia. Chłopak zaprzecza, żeby płakał, na co trenerka odpowiada, że zasmarkał się jak kiedyś Zuzu. Zinnia zaczyna się śmiać i żałuje, że nie poznali się w innych okolicznościach. Sapphire uspokaja ją, że jeszcze nic straconego i ma do niej mnóstwo pytań, ale wszystko to po powrocie.
Emerald informuje przyjaciół, że kombinezony zostały wreszcie ukończone.
Japońska nazwa: –
Prace nad kombinezonami dobiegły końca. Zostały one wyposażone w czujniki, które w razie potwierdzenia zniszczenia meteorytu automatycznie przetransportują Ruby’ego i Sapphire z powrotem do Sootopolis. Dodatkowo przyłączono do nich Kamienie Kluczowe, należące niegdyś do Aster. W stroju Sapphire znajduje się także klejnot kontrolujący Rayquazę. Emerald śmieje się, że przyjaciele nie mogą teraz zobaczyć swoich konkursowych kostiumów, które mają na sobie pod spodem, na co Sapphire odpowiada, że jeszcze zdążą im się znudzić. Ruby reaguje oburzeniem na to stwierdzenie i zaczynają się kłócić. Wallace przerywa im i proponuje, że podrzuci ich do Rayquazy swoim samochodem. Okazuje się to zbędne, gdyż Rayquaza zjawia się sama i porywa trenerów. Steven każe jak najszybciej poinformować pozostałe regiony o nagłej zmianie planów.Ruby, Sapphire i Rayquaza docierają do przestrzeni kosmicznej. Trener nie dowierza, że tak wielki meteor, jakim jest Delta, może zostać zniszczony przez samą Rayquazę. Sapphire uspokaja go, widząc, że Pokémon zwyczajnie czeka na dalszą część planu. Przyjaciele używają zatem zebranych Kamieni i Rayquaza Megaewoluuje. Następnie każą smokowi użyć Smoczego Wzlotu.
Z laboratorium zajście obserwują naukowcy i pozostali bohaterowie. Z radością zauważają zmniejszającą się masę meteorytu. Steven otrzymuje dobrą nowinę, po czym przekazuje ją pozostałym – pięć sekund później wszyscy zgromadzeni trenerzy uwalniają jednocześny atak skierowany w niebo. Meteor zostaje zniszczony, a pan Stone każe poinformować atakujących, by przygotowali się d
o pozbycia się spadających odłamków, a oni tymczasem ściągną z powrotem Ruby’ego i Sapphire. Wtem Emerald zauważa na ekranie coś niepokojącego – z początku dość niepozorny ostrosłup otwiera się i wybucha światłem, a laboratorium traci połączenie z systemem podtrzymywania życia.
Mieszkańcem meteorytu okazał się Deoxys, która zaczyna atakować Rayquazę.
W tym samym czasie Emerald prosi Hoopę, by użył pierścienia do sprowadzenia przyjaciół na Ziemię, jednak jedyne, co Pokémonowi udaje się z niego wyciągnąć, są kawałki meteorytu.
Deoxys używa swoich mocy i skupia odłamki w jednym miejscu, po czym posyła je w stronę Sootopolis. Giovanni wychodzi z laboratorium i, patrząc w niebo, mówi coś, co może wskazywać na to, że wie więcej, niż pozostali – nazywa Deoxysa “tym, którego stworzył, a którego odtrącił”.
Ruby i Sapphire próbują powstrzymać Pokémona z kosmosu i proszą Rayquazę, by ponownie użyła Smoczego Wzlotu, tym razem jedna
k celując w rdzeń Deoxysa. Legendarny smok wykonuje polecenie i unieszkodliwia Pokémona. Ruby cieszy się z odniesionego sukcesu, lecz Sapphire zaczyna płakać. Chłopak wydaje się zdezorientowany; koleżanka wyznaje mu, że upuściła bilety do oceanu i już nie będą mieli szansy, by obejrzeć pokaz spadających gwiazd. Ruby pociesza ją, że nie potrzebują biletów i każe spojrzeć jej na widowisko, jakie mają przed sobą – spadające odłamki meteorytu, a pośród nich oni sami. Trenerka jest szczęśliwa, że mogli być razem aż do końca, po czym uścisk ich rąk poluźnia się i zaczynają się od siebie oddalać. Na ratunek przybywa im Rayquaza, która chwyta trenerów w łapy i wyrusza z nimi z powrotem do Sootopolis, gdzie czekają na nich przyjaciele.
~Konus
