Proton odbył swój debiut w rozdziale „Koffing”, gdzie wraz z Petrelem, Arianą oraz Archerem obalił Carra z dowodzenia Zespołem Rocket, stając się tym samym jednym z głównych oficerów odrodzonego Zespołu R.
Jego zadaniem jako oficera było znalezienie ruin Sinjoh. Podczas ich szukania, został zagadany przez dwóch gruntów mówiących o odebraniu kolejnych dwóch płytek. Proton był temu obojętny i rozkazał im zgłosić to Arianie. On był dosyć pochłonięty przez poszukiwanie legendarnych ruin.
Gdy Ariana walczyła z Crystal, przyszedł w miejsce ich walki z Petrelem i Archerem. Kobieta byłą zdziwiona pojawieniem się jej współpracowników, jednak Archer to jej wyjaśnił. Chwilę potem Arceus się zjawił, co nie zdziwiło przybyłych oficerów. Gdy Crystal zaczęła próby złapania Arceusa i oddaliła się z nim, trzech oficerów wyjaśniło Arianie, że to jest sposób na znalezienie ruin. W podobny sposób chcieli też zebrać płytki. Po skończeniu pościgu za legendarnym pokemonem weszli do stworzonego przez niego obszaru. To były poszukiwane przez nich ruiny, co pozwoliło na zakończenie zadania Protona.
Gdy byli już na miejscu, zniewolili Arceusa. Zadaniem Protona, Petrela oraz Ariany było chwilowe zatrzymanie trójki posiadaczy PokeDexów. Nie musieli tego długo robić, ponieważ po chwili Arceus był już do ich dyspozycji. Mogli swobodnie zmieniać jego typy oraz wydawać także inne polecenia; ich następnym rozkazem było stworzenie Dialgi, Palki i Giratiny, by zyskać władzę absolutną. Arceus posłuchał Zespołu R, jednak trzy ostateczne ataki były na tyle silne, by na chwilę przerwać stworzenie. Legendarny pokemon po chwili ponownie odtworzył trzy smoki. Gdy wydawało się, że ich obecny przywódca, Archer, zwariował, zjawił się poprzedni – Giovanni. Ten, zamiast przyłączyć się do Zespołu Rocket postanowił zatrzymać to wszystko i wraz z Pryce’em i Lance’em zaczął zatrzymywać legendarne pokemony. Powrót Giovanniego było czymś, czego chciała cała czwórka oficerów, jednak ten chciał zatrzymać ich dzieło. Proton nie miał wiele do powiedzenia, ponieważ nie miał teraz władzy, ani nie był silny. Po pokonaniu legend Giovanni ponownie objął władzę w Zespole Rocket, jednak prawdopodobnie nie znalazło się tam miejsca dla Protona.