Kobieta miała spore kłopoty z Tepigiem, Snivym i Oshawottem, które rozpoczęły walkę w jej laboratorium w wyniku czego pozostawiły po sobie spory bałagan.
Kobieta nie miała czasu na dostarczenie pokemonów osobiście, wiec wynajęła listonosza. Paczka dotarła do Blacka, który wypuścił przypadkowo wszystkie pokemony. W wyniku czego Tepig uciekł a Snivy i Oshawott zniszczyły wejście do laboratorium Profesor Juniper.
Przez ten incydent kobieta zniechęciła się do chłopca, jednak zmieniła o nim zdanie, gdy Black poradził sobie z dzikim Sewaddle.
Podarowała Cherenowi oraz Biance Sinvy’ego i Oshawotta oraz dała misję odnalezienia Blacka do czasu, kiedy nie naprawi zniszczonych pokedexów.
Kolejnym razem kobieta pojawiła się podczas walki z N’em, gdzie król Zespołu Plasma oskarżył ją o nieprawidłowe traktowanie pokemonów. Chłopak podkreślił, że były one głodne podczas pobytu w laboratorium. Potępił też pomysł z wysłaniem pokemonów w paczce, interpretując to, że pokemony zostały potraktowane przedmiotowo.
Profesor pojawiła się również podczas zawodów Ligi Pokemon. Kobieta miała okazję zobaczyć zrealizowane badania Fennel na temat sennej mgły Musharny. Widziała zaciętą walkę miedzy Cherenem a Blackiem, który zdolny był do ożywienia białego kamienia, z którego powstał Reshiram. Później już mogła przyglądać się walce N’a i Blacka.
Profesor Juniper pojawiła się w serii BW2. Kobieta słuchała w radiu relacjeina temat postępującego zamrażania Unovy. Kobieta, wraz z Fennel, Amanitą, Bianką i ojcem ukryła się w laboratorium, by uniknąć zamrożenia. Tam Fennel poinformowała kobietę, że przez dwa lata badała Senną Mgłę. Dzięki uprzejmości profesor Burnet dowiedziała się, że Black znajduje się w Świecie Snów, który jest połączony z Entralinkiem.