Po raz pierwszy pojawiła się, gdy została porwana i zaatakowana przez członka zespołu Aqua (miała być przynętą na Sapphire). Dziewczyna omal się nie utopiła, ponieważ znajdowała się w kabinie pełnej wody bez możliwości złapania oddechu, jednak została uratowana przez Sapphire (która wbiła zęby Sharpedo w okno pancerne, tworząc w ten sposób dziurę).
Dziewczyna chciała ochronić Górę Pyłu, która została zaatakowana przez zespół Aqua.
Niestety dziewczynie nie udało się uratować wulkanu, który został uśpiony. W dziewczynie wzbudził nadzieje na obudzenie góry jeden z członków zespołu Magma, Matt, który próbował ogrzać wulkan. Nie udało mu się to, ale sprawił, że Fllanery przekonała się do mężczyzny i Zespołu Magma.
Kolejnym razem pojawiła się na zebraniu liderów, gdzie stanęła po stronie zespołu Magma. Zmieniła zdanie gdy Groudon i Kyogre rozpoczęły szaleńczą walkę.
Flannery zmierzyła się z Shelly. W walce chciała zemścić się za uśpienie góry Pyłu. Dziewczyna, i jej Vulpix próbowały pokonać przeciwniczkę, jednak Ludicolo Shelly, który posiadał atak “Mocy Natury” okazał się trudnym przeciwnikiem. Dziewczyna została pokonana, jednak jej pokemon użył ataku, który uniemożliwił dalsze atakowanie Ludicolo. Z tego powodu Shelly się wycofała. Kiedy walka między tytanami zmierzała ku końcowi Amber podrzucił Fllanery i Winonie czarną skrzynkę z łodzi podwodnej Kaien1, co umożliwiło im odnalezienie porwanego profesora Cozmo.
Dziewczyna przyznała, że jej, nieżyjący już, dziadek był członkiem elitarnej czwórki. Mężczyzna zmotywował ją w ten sposób, by ta stała się liderem sali gimnastycznej.
W serii ORAS Flannery, wraz z pozostałymi pojawiła się w mieście Sootopolis, by asystować w powstrzymaniu meteoroidu, który miał uderzyć w ich planetę. Jej pokemony miały zaatakować w tym samym czasie, by móc opóźnić zagrożenie. Ostatecznie świat został uratowany.